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1.
Mining literature and pathway data to explore the relations of ketamine with neurotransmitters and gut microbiota using a knowledge-graph.
Bioinformatics;
40(1)2024 01 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38147362
2.
PIPENN: protein interface prediction from sequence with an ensemble of neural nets.
Bioinformatics;
38(8): 2111-2118, 2022 04 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35150231
3.
Ten quick tips for sequence-based prediction of protein properties using machine learning.
PLoS Comput Biol;
18(12): e1010669, 2022 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36454728
4.
SeRenDIP-CE: sequence-based interface prediction for conformational epitopes.
Bioinformatics;
37(20): 3421-3427, 2021 Oct 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33974039
5.
A framework for exhaustive modelling of genetic interaction patterns using Petri nets.
Bioinformatics;
36(7): 2142-2149, 2020 04 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31845959
6.
SeRenDIP: SEquential REmasteriNg to DerIve profiles for fast and accurate predictions of PPI interface positions.
Bioinformatics;
35(22): 4794-4796, 2019 11 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31116381
7.
Tailor-made multiple sequence alignments using the PRALINE 2 alignment toolkit.
Bioinformatics;
35(24): 5315-5317, 2019 12 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31368486
8.
The ability of transcription factors to differentially regulate gene expression is a crucial component of the mechanism underlying inversion, a frequently observed genetic interaction pattern.
PLoS Comput Biol;
15(5): e1007061, 2019 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31083661
9.
Motif-Aware PRALINE: Improving the alignment of motif regions.
PLoS Comput Biol;
14(11): e1006547, 2018 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30383764
10.
Seeing the trees through the forest: sequence-based homo- and heteromeric protein-protein interaction sites prediction using random forest.
Bioinformatics;
33(10): 1479-1487, 2017 May 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28073761
11.
BioASF: a framework for automatically generating executable pathway models specified in BioPAX.
Bioinformatics;
32(12): i60-i69, 2016 06 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27307645
12.
Interaction of 14-3-3 proteins with the estrogen receptor alpha F domain provides a drug target interface.
Proc Natl Acad Sci U S A;
110(22): 8894-9, 2013 May 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23676274
13.
Sequence specificity between interacting and non-interacting homologs identifies interface residues--a homodimer and monomer use case.
BMC Bioinformatics;
16: 325, 2015 Oct 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26449222
14.
Bioinformatics and systems biology: bridging the gap between heterogeneous student backgrounds.
Brief Bioinform;
14(5): 589-98, 2013 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23603092
15.
Coarse-grained versus atomistic simulations: realistic interaction free energies for real proteins.
Bioinformatics;
30(3): 326-34, 2014 Feb 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24273239
16.
Hard-wired heterogeneity in blood stem cells revealed using a dynamic regulatory network model.
Bioinformatics;
29(13): i80-8, 2013 Jul 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23813012
17.
HIV-1 envelope glycoprotein signatures that correlate with the development of cross-reactive neutralizing activity.
Retrovirology;
10: 102, 2013 Sep 23.
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| MEDLINE | ID: mdl-24059682
18.
Enabling grand-canonical Monte Carlo: extending the flexibility of GROMACS through the GromPy python interface module.
J Comput Chem;
33(12): 1207-14, 2012 May 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22370965
19.
Multi-Harmony: detecting functional specificity from sequence alignment.
Nucleic Acids Res;
38(Web Server issue): W35-40, 2010 Jul.
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| MEDLINE | ID: mdl-20525785
20.
Multi-task learning to leverage partially annotated data for PPI interface prediction.
Sci Rep;
12(1): 10487, 2022 06 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35729253