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1.

Copy number variation alters local and global mutational tolerance.

Avecilla, Grace; Spealman, Pieter; Matthews, Julia; Caudal, Elodie; Schacherer, Joseph; Gresham, David.

Genome Res; 33(8): 1340-1353, 2023 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37652668

2.

Host obesity impacts genetic variation in influenza A viral populations.

Knoll, Marissa; Honce, Rebekah; Meliopoulos, Victoria; Segredo-Otero, Ernesto Alejandro; Johnson, Katherine E E; Schultz-Cherry, Stacey; Ghedin, Elodie; Gresham, David.

J Virol; : e0177823, 2024 May 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38785423

3.

Influenza A virus reassortment is strain dependent.

Taylor, Kishana Y; Agu, Ilechukwu; José, Ivy; Mäntynen, Sari; Campbell, A J; Mattson, Courtney; Chou, Tsui-Wen; Zhou, Bin; Gresham, David; Ghedin, Elodie; Díaz Muñoz, Samuel L.

PLoS Pathog; 19(3): e1011155, 2023 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36857394

4.

Neural networks enable efficient and accurate simulation-based inference of evolutionary parameters from adaptation dynamics.

Avecilla, Grace; Chuong, Julie N; Li, Fangfei; Sherlock, Gavin; Gresham, David; Ram, Yoav.

PLoS Biol; 20(5): e3001633, 2022 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35622868

5.

Functional genomics and metabolomics advance the ethnobotany of the Samoan traditional medicine "matalafi".

Molimau-Samasoni, Seeseei; Woolner, Victoria Helen; Foliga, Su'emalo Talie; Robichon, Katharina; Patel, Vimal; Andreassend, Sarah K; Sheridan, Jeffrey P; Te Kawa, Tama; Gresham, David; Miller, Darach; Sinclair, Daniel J; La Flamme, Anne C; Melnik, Alexey V; Aron, Allegra; Dorrestein, Pieter C; Atkinson, Paul H; Keyzers, Robert A; Munkacsi, Andrew B.

Proc Natl Acad Sci U S A; 118(45)2021 11 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34725148

6.

Best Practices in Microbial Experimental Evolution: Using Reporters and Long-Read Sequencing to Identify Copy Number Variation in Experimental Evolution.

Spealman, Pieter; De, Titir; Chuong, Julie N; Gresham, David.

J Mol Evol; 91(3): 356-368, 2023 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37012421

7.

High-performance single-cell gene regulatory network inference at scale: the Inferelator 3.0.

Skok Gibbs, Claudia; Jackson, Christopher A; Saldi, Giuseppe-Antonio; Tjärnberg, Andreas; Shah, Aashna; Watters, Aaron; De Veaux, Nicholas; Tchourine, Konstantine; Yi, Ren; Hamamsy, Tymor; Castro, Dayanne M; Carriero, Nicholas; Gorissen, Bram L; Gresham, David; Miraldi, Emily R; Bonneau, Richard.

Bioinformatics; 38(9): 2519-2528, 2022 04 28.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35188184

8.

Fluctuating Environments Maintain Genetic Diversity through Neutral Fitness Effects and Balancing Selection.

Abdul-Rahman, Farah; Tranchina, Daniel; Gresham, David.

Mol Biol Evol; 38(10): 4362-4375, 2021 09 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34132791

9.

Inverted duplicate DNA sequences increase translocation rates through sequencing nanopores resulting in reduced base calling accuracy.

Spealman, Pieter; Burrell, Jaden; Gresham, David.

Nucleic Acids Res; 48(9): 4940-4945, 2020 05 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32255181

10.

Cellular quiescence in budding yeast.

Sun, Siyu; Gresham, David.

Yeast; 38(1): 12-29, 2021 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33350503

11.

A Bright IDEA.

Jackson, Christopher; Gresham, David.

Mol Syst Biol; 16(4): e9502, 2020 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32253808

12.

Genetic interaction profiles of regulatory kinases differ between environmental conditions and cellular states.

Sun, Siyu; Baryshnikova, Anastasia; Brandt, Nathan; Gresham, David.

Mol Syst Biol; 16(5): e9167, 2020 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32449603

13.

Single-cell copy number variant detection reveals the dynamics and diversity of adaptation.

Lauer, Stephanie; Avecilla, Grace; Spealman, Pieter; Sethia, Gunjan; Brandt, Nathan; Levy, Sasha F; Gresham, David.

PLoS Biol; 16(12): e3000069, 2018 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30562346

14.

Systematic identification of factors mediating accelerated mRNA degradation in response to changes in environmental nitrogen.

Miller, Darach; Brandt, Nathan; Gresham, David.

PLoS Genet; 14(5): e1007406, 2018 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29782489

15.

A complete statistical model for calibration of RNA-seq counts using external spike-ins and maximum likelihood theory.

Athanasiadou, Rodoniki; Neymotin, Benjamin; Brandt, Nathan; Wang, Wei; Christiaen, Lionel; Gresham, David; Tranchina, Daniel.

PLoS Comput Biol; 15(3): e1006794, 2019 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30856174

16.

An evolving view of copy number variants.

Lauer, Stephanie; Gresham, David.

Curr Genet; 65(6): 1287-1295, 2019 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31076843

17.

Molecular specificity, convergence and constraint shape adaptive evolution in nutrient-poor environments.

Hong, Jungeui; Gresham, David.

PLoS Genet; 10(1): e1004041, 2014 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24415948

18.

"Hit-and-Run" transcription: de novo transcription initiated by a transient bZIP1 "hit" persists after the "run".

Doidy, Joan; Li, Ying; Neymotin, Benjamin; Edwards, Molly B; Varala, Kranthi; Gresham, David; Coruzzi, Gloria M.

BMC Genomics; 17: 92, 2016 Feb 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26843062

19.

Hst3p, a histone deacetylase, promotes maintenance of Saccharomyces cerevisiae chromosome III lacking efficient replication origins.

Irene, Carmela; Theis, James F; Gresham, David; Soteropoulos, Patricia; Newlon, Carol S.

Mol Genet Genomics; 291(1): 271-83, 2016 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26319649

20.

Determination of in vivo RNA kinetics using RATE-seq.

Neymotin, Benjamin; Athanasiadou, Rodoniki; Gresham, David.

RNA; 20(10): 1645-52, 2014 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25161313

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