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1.

Eukaryotic core promoters and the functional basis of transcription initiation.

Haberle, Vanja; Stark, Alexander.

Nat Rev Mol Cell Biol; 19(10): 621-637, 2018 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29946135

2.

Coordinating the human looks.

Haberle, Vanja; Stark, Alexander.

Cell; 163(1): 24-6, 2015 Sep 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26406365

3.

Differential cofactor dependencies define distinct types of human enhancers.

Neumayr, Christoph; Haberle, Vanja; Serebreni, Leonid; Karner, Katharina; Hendy, Oliver; Boija, Ann; Henninger, Jonathan E; Li, Charles H; Stejskal, Karel; Lin, Gen; Bergauer, Katharina; Pagani, Michaela; Rath, Martina; Mechtler, Karl; Arnold, Cosmas D; Stark, Alexander.

Nature; 606(7913): 406-413, 2022 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35650434

4.

Functionally distinct promoter classes initiate transcription via different mechanisms reflected in focused versus dispersed initiation patterns.

Serebreni, Leonid; Pleyer, Lisa-Marie; Haberle, Vanja; Hendy, Oliver; Vlasova, Anna; Loubiere, Vincent; Nemcko, Filip; Bergauer, Katharina; Roitinger, Elisabeth; Mechtler, Karl; Stark, Alexander.

EMBO J; 42(10): e113519, 2023 05 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37013908

5.

Transcriptional cofactors display specificity for distinct types of core promoters.

Haberle, Vanja; Arnold, Cosmas D; Pagani, Michaela; Rath, Martina; Schernhuber, Katharina; Stark, Alexander.

Nature; 570(7759): 122-126, 2019 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31092928

6.

Epigenetic reprogramming enables the transition from primordial germ cell to gonocyte.

Hill, Peter W S; Leitch, Harry G; Requena, Cristina E; Sun, Zhiyi; Amouroux, Rachel; Roman-Trufero, Monica; Borkowska, Malgorzata; Terragni, Jolyon; Vaisvila, Romualdas; Linnett, Sarah; Bagci, Hakan; Dharmalingham, Gopuraja; Haberle, Vanja; Lenhard, Boris; Zheng, Yu; Pradhan, Sriharsa; Hajkova, Petra.

Nature; 555(7696): 392-396, 2018 03 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29513657

7.

Resolving systematic errors in widely used enhancer activity assays in human cells.

Muerdter, Felix; Boryn, Lukasz M; Woodfin, Ashley R; Neumayr, Christoph; Rath, Martina; Zabidi, Muhammad A; Pagani, Michaela; Haberle, Vanja; Kazmar, Tomás; Catarino, Rui R; Schernhuber, Katharina; Arnold, Cosmas D; Stark, Alexander.

Nat Methods; 15(2): 141-149, 2018 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29256496

8.

The aurora B kinase and the polycomb protein ring1B combine to regulate active promoters in quiescent lymphocytes.

Frangini, Alberto; Sjöberg, Marcela; Roman-Trufero, Monica; Dharmalingam, Gopuraja; Haberle, Vanja; Bartke, Till; Lenhard, Boris; Malumbres, Marcos; Vidal, Miguel; Dillon, Niall.

Mol Cell; 51(5): 647-61, 2013 Sep 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24034696

9.

Two independent transcription initiation codes overlap on vertebrate core promoters.

Haberle, Vanja; Li, Nan; Hadzhiev, Yavor; Plessy, Charles; Previti, Christopher; Nepal, Chirag; Gehrig, Jochen; Dong, Xianjun; Akalin, Altuna; Suzuki, Ana Maria; van IJcken, Wilfred F J; Armant, Olivier; Ferg, Marco; Strähle, Uwe; Carninci, Piero; Müller, Ferenc; Lenhard, Boris.

Nature; 507(7492): 381-385, 2014 Mar 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24531765

10.

A promoter-level mammalian expression atlas.

Forrest, Alistair R R; Kawaji, Hideya; Rehli, Michael; Baillie, J Kenneth; de Hoon, Michiel J L; Haberle, Vanja; Lassmann, Timo; Kulakovskiy, Ivan V; Lizio, Marina; Itoh, Masayoshi; Andersson, Robin; Mungall, Christopher J; Meehan, Terrence F; Schmeier, Sebastian; Bertin, Nicolas; Jørgensen, Mette; Dimont, Emmanuel; Arner, Erik; Schmidl, Christian; Schaefer, Ulf; Medvedeva, Yulia A; Plessy, Charles; Vitezic, Morana; Severin, Jessica; Semple, Colin A; Ishizu, Yuri; Young, Robert S; Francescatto, Margherita; Alam, Intikhab; Albanese, Davide; Altschuler, Gabriel M; Arakawa, Takahiro; Archer, John A C; Arner, Peter; Babina, Magda; Rennie, Sarah; Balwierz, Piotr J; Beckhouse, Anthony G; Pradhan-Bhatt, Swati; Blake, Judith A; Blumenthal, Antje; Bodega, Beatrice; Bonetti, Alessandro; Briggs, James; Brombacher, Frank; Burroughs, A Maxwell; Califano, Andrea; Cannistraci, Carlo V; Carbajo, Daniel; Chen, Yun.

Nature; 507(7493): 462-70, 2014 Mar 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24670764

11.

Promoter architectures and developmental gene regulation.

Haberle, Vanja; Lenhard, Boris.

Semin Cell Dev Biol; 57: 11-23, 2016 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26783721

12.

CAGEr: precise TSS data retrieval and high-resolution promoterome mining for integrative analyses.

Haberle, Vanja; Forrest, Alistair R R; Hayashizaki, Yoshihide; Carninci, Piero; Lenhard, Boris.

Nucleic Acids Res; 43(8): e51, 2015 Apr 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25653163

13.

Dynamic regulation of the transcription initiation landscape at single nucleotide resolution during vertebrate embryogenesis.

Nepal, Chirag; Hadzhiev, Yavor; Previti, Christopher; Haberle, Vanja; Li, Nan; Takahashi, Hazuki; Suzuki, Ana Maria M; Sheng, Ying; Abdelhamid, Rehab F; Anand, Santosh; Gehrig, Jochen; Akalin, Altuna; Kockx, Christel E M; van der Sloot, Antoine A J; van Ijcken, Wilfred F J; Armant, Olivier; Rastegar, Sepand; Watson, Craig; Strähle, Uwe; Stupka, Elia; Carninci, Piero; Lenhard, Boris; Müller, Ferenc.

Genome Res; 23(11): 1938-50, 2013 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24002785

14.

Genomewide DNA methylation analysis identifies novel methylated genes in non-small-cell lung carcinomas.

Carvalho, Rejane Hughes; Hou, Jun; Haberle, Vanja; Aerts, Joachim; Grosveld, Frank; Lenhard, Boris; Philipsen, Sjaak.

J Thorac Oncol; 8(5): 562-73, 2013 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23524404

15.

Genome-wide DNA methylation profiling of non-small cell lung carcinomas.

Carvalho, Rejane Hughes; Haberle, Vanja; Hou, Jun; van Gent, Teus; Thongjuea, Supat; van Ijcken, Wilfred; Kockx, Christel; Brouwer, Rutger; Rijkers, Erikjan; Sieuwerts, Anieta; Foekens, John; van Vroonhoven, Mirjam; Aerts, Joachim; Grosveld, Frank; Lenhard, Boris; Philipsen, Sjaak.

Epigenetics Chromatin; 5(1): 9, 2012 Jun 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22726460

16.

Dissecting genomic regulatory elements in vivo.

Haberle, Vanja; Lenhard, Boris.

Nat Biotechnol; 30(6): 504-6, 2012 Jun 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22678387

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