Detalles de la búsqueda
1.
Deep generative design of RNA family sequences.
Nat Methods;
21(3): 435-443, 2024 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38238559
2.
Recent trends in RNA informatics: a review of machine learning and deep learning for RNA secondary structure prediction and RNA drug discovery.
Brief Bioinform;
24(4)2023 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37232359
3.
Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines.
Nucleic Acids Res;
51(15): 7820-7831, 2023 08 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37463833
4.
RaptGen-Assisted Generation of an RNA/DNA Hybrid Aptamer against SARS-CoV-2 Spike Protein.
Biochemistry;
63(7): 906-912, 2024 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38457656
5.
Structure-based screening for functional non-coding RNAs in fission yeast identifies a factor repressing untimely initiation of sexual differentiation.
Nucleic Acids Res;
50(19): 11229-11242, 2022 10 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36259651
6.
Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model.
Bioinformatics;
37(Suppl_1): i16-i24, 2021 07 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34252954
7.
PBSIM2: a simulator for long-read sequencers with a novel generative model of quality scores.
Bioinformatics;
37(5): 589-595, 2021 05 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32976553
8.
G0S2 regulates innate immunity in Kawasaki disease via lncRNA HSD11B1-AS1.
Pediatr Res;
92(2): 378-387, 2022 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35292727
9.
RaptRanker: in silico RNA aptamer selection from HT-SELEX experiment based on local sequence and structure information.
Nucleic Acids Res;
48(14): e82, 2020 08 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32537639
10.
Multi-resBind: a residual network-based multi-label classifier for in vivo RNA binding prediction and preference visualization.
BMC Bioinformatics;
22(1): 554, 2021 Nov 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34781902
11.
Impact of human gene annotations on RNA-seq differential expression analysis.
BMC Genomics;
22(1): 730, 2021 Oct 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34625021
12.
Long Non-Coding RNA CRNDE Is Involved in Resistance to EGFR Tyrosine Kinase Inhibitor in EGFR-Mutant Lung Cancer via eIF4A3/MUC1/EGFR Signaling.
Int J Mol Sci;
22(8)2021 Apr 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33924522
13.
MoAIMS: efficient software for detection of enriched regions of MeRIP-Seq.
BMC Bioinformatics;
21(1): 103, 2020 Mar 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32171255
14.
Discovering novel mutation signatures by latent Dirichlet allocation with variational Bayes inference.
Bioinformatics;
35(22): 4543-4552, 2019 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30993319
15.
Identification of RNA biomarkers for chemical safety screening in neural cells derived from mouse embryonic stem cells using RNA deep sequencing analysis.
Biochem Biophys Res Commun;
512(4): 641-646, 2019 05 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30497775
16.
Beyond similarity assessment: selecting the optimal model for sequence alignment via the Factorized Asymptotic Bayesian algorithm.
Bioinformatics;
34(4): 576-584, 2018 02 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29040374
17.
DeepM6ASeq: prediction and characterization of m6A-containing sequences using deep learning.
BMC Bioinformatics;
19(Suppl 19): 524, 2018 Dec 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30598068
18.
Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA.
BMC Genomics;
19(Suppl 10): 906, 2018 Dec 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30598103
19.
Identification and analysis of ribosome-associated lncRNAs using ribosome profiling data.
BMC Genomics;
19(1): 414, 2018 May 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29843593
20.
RIblast: an ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach.
Bioinformatics;
33(17): 2666-2674, 2017 Sep 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28459942