Detalles de la búsqueda
1.
Genome-Scale Identification of Essential Metabolic Processes for Targeting the Plasmodium Liver Stage.
Cell;
179(5): 1112-1128.e26, 2019 11 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31730853
2.
A workflow for annotating the knowledge gaps in metabolic reconstructions using known and hypothetical reactions.
Proc Natl Acad Sci U S A;
119(46): e2211197119, 2022 Nov 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36343249
3.
Symbolic kinetic models in python (SKiMpy): intuitive modeling of large-scale biological kinetic models.
Bioinformatics;
39(1)2023 01 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36495209
4.
Genome-scale models of metabolism and expression predict the metabolic burden of recombinant protein expression.
Metab Eng;
2024 Jun 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38880390
5.
Emergence of diauxie as an optimal growth strategy under resource allocation constraints in cellular metabolism.
Proc Natl Acad Sci U S A;
118(8)2021 02 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33602812
6.
NICEpath: Finding metabolic pathways in large networks through atom-conserving substrate-product pairs.
Bioinformatics;
37(20): 3560-3568, 2021 Oct 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34003971
7.
ARBRE: Computational resource to predict pathways towards industrially important aromatic compounds.
Metab Eng;
72: 259-274, 2022 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35381376
8.
Spatio-temporal modeling of the crowding conditions and metabolic variability in microbial communities.
PLoS Comput Biol;
17(7): e1009140, 2021 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34292935
9.
The influence of the crowding assumptions in biofilm simulations.
PLoS Comput Biol;
17(7): e1009158, 2021 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34292941
10.
Enzyme annotation for orphan and novel reactions using knowledge of substrate reactive sites.
Proc Natl Acad Sci U S A;
116(15): 7298-7307, 2019 04 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30910961
11.
The effects of model complexity and size on metabolic flux distribution and control: case study in Escherichia coli.
BMC Bioinformatics;
22(1): 134, 2021 Mar 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33743594
12.
Constraint-based metabolic control analysis for rational strain engineering.
Metab Eng;
66: 191-203, 2021 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33895366
13.
pyTFA and matTFA: a Python package and a Matlab toolbox for Thermodynamics-based Flux Analysis.
Bioinformatics;
35(1): 167-169, 2019 01 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30561545
14.
Investigating the deregulation of metabolic tasks via Minimum Network Enrichment Analysis (MiNEA) as applied to nonalcoholic fatty liver disease using mouse and human omics data.
PLoS Comput Biol;
15(4): e1006760, 2019 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31002661
15.
Statistical inference in ensemble modeling of cellular metabolism.
PLoS Comput Biol;
15(12): e1007536, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31815929
16.
Enhanced flux prediction by integrating relative expression and relative metabolite abundance into thermodynamically consistent metabolic models.
PLoS Comput Biol;
15(5): e1007036, 2019 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31083653
17.
Uncertainty reduction in biochemical kinetic models: Enforcing desired model properties.
PLoS Comput Biol;
15(8): e1007242, 2019 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31430276
18.
Modeling metabolic networks of individual bacterial agents in heterogeneous and dynamic soil habitats (IndiMeSH).
PLoS Comput Biol;
15(6): e1007127, 2019 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31216273
19.
Particle-Based Simulation Reveals Macromolecular Crowding Effects on the Michaelis-Menten Mechanism.
Biophys J;
117(2): 355-368, 2019 07 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31311624
20.
Impact of iron reduction on the metabolism of Clostridium acetobutylicum.
Environ Microbiol;
21(10): 3548-3563, 2019 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31020759