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1.

Prediction and comparative analysis of CTCF binding sites based on a first principle approach.

Oiwa, Nestor Norio; Li, Kunhe; Cordeiro, Claudette E; Heermann, Dieter W.

Phys Biol; 19(3)2022 04 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35290214

2.

Inter-nucleosomal potentials from nucleosomal positioning data.

Li, Kunhe; Oiwa, Nestor Norio; Mishra, Sujeet Kumar; Heermann, Dieter W.

Eur Phys J E Soft Matter; 45(4): 33, 2022 Apr 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35403917

3.

Telomerase subunit Est2 marks internal sites that are prone to accumulate DNA damage.

Pandey, Satyaprakash; Hajikazemi, Mona; Zacheja, Theresa; Schalbetter, Stephanie; Neale, Matthew J; Baxter, Jonathan; Guryev, Victor; Hofmann, Andreas; Heermann, Dieter W; Juranek, Stefan A; Paeschke, Katrin.

BMC Biol; 19(1): 247, 2021 11 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34801008

4.

Elucidation of the Clustered Nano-Architecture of Radiation-Induced DNA Damage Sites and Surrounding Chromatin in Cancer Cells: A Single Molecule Localization Microscopy Approach.

Hausmann, Michael; Falk, Martin; Neitzel, Charlotte; Hofmann, Andreas; Biswas, Abin; Gier, Theresa; Falkova, Iva; Heermann, Dieter W; Hildenbrand, Georg.

Int J Mol Sci; 22(7)2021 Mar 31.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33807337

5.

Author Correction to: Telomerase subunit Est2 marks internal sites that are prone to accumulate DNA damage.

Pandey, Satyaprakash; Hajikazemi, Mona; Zacheja, Theresa; Schalbetter, Stephanie; Neale, Matthew J; Baxter, Jonathan; Guryev, Victor; Hofmann, Andreas; Heermann, Dieter W; Juranek, Stefan A; Paeschke, Katrin.

BMC Biol; 20(1): 29, 2022 Feb 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35101021

6.

Using Persistent Homology as a New Approach for Super-Resolution Localization Microscopy Data Analysis and Classification of Î³H2AX Foci/Clusters.

Hofmann, Andreas; Krufczik, Matthias; Heermann, Dieter W; Hausmann, Michael.

Int J Mol Sci; 19(8)2018 Aug 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30072594

7.

A Three-Pronged Attack To Investigate the Electronic Structure of a Family of Ferromagnetic Fe₄Ln₂ Cyclic Coordination Clusters: A Combined Magnetic Susceptibility, High-Field/High-Frequency Electron Paramagnetic Resonance, and ⁵⁷Fe Mössbauer Study.

Schmidt, Sebastian F M; Koo, Changhyun; Mereacre, Valeriu; Park, Jaena; Heermann, Dieter W; Kataev, Vladislav; Anson, Christopher E; Prodius, Denis; Novitchi, Ghenadie; Klingeler, Rüdiger; Powell, Annie K.

Inorg Chem; 56(9): 4796-4806, 2017 May 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28186414

8.

A topological similarity measure for proteins.

Máté, Gabriell; Hofmann, Andreas; Wenzel, Nicolas; Heermann, Dieter W.

Biochim Biophys Acta; 1838(4): 1180-90, 2014 Apr.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24036226

9.

A multiscale approach to simulating the conformational properties of unbound multi-C2H2 zinc finger proteins.

Liu, Lei; Wade, Rebecca C; Heermann, Dieter W.

Proteins; 83(9): 1604-15, 2015 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26062035

10.

DNA double-strand breaks: linking gene expression to chromosome morphology and mobility.

Zhang, Yang; Heermann, Dieter W.

Chromosoma; 123(1-2): 103-15, 2014 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23982751

11.

Depletion of the chromatin looping proteins CTCF and cohesin causes chromatin compaction: insight into chromatin folding by polymer modelling.

Tark-Dame, Mariliis; Jerabek, Hansjoerg; Manders, Erik M M; van der Wateren, Ingrid M; Heermann, Dieter W; van Driel, Roel.

PLoS Comput Biol; 10(10): e1003877, 2014 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25299688

12.

Chromosome segregation by the Escherichia coli Min system.

Di Ventura, Barbara; Knecht, Benoît; Andreas, Helena; Godinez, William J; Fritsche, Miriam; Rohr, Karl; Nickel, Walter; Heermann, Dieter W; Sourjik, Victor.

Mol Syst Biol; 9: 686, 2013.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24022004

13.

A model for Escherichia coli chromosome packaging supports transcription factor-induced DNA domain formation.

Fritsche, Miriam; Li, Songling; Heermann, Dieter W; Wiggins, Paul A.

Nucleic Acids Res; 40(3): 972-80, 2012 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21976727

14.

The role of nucleotide opening dynamics in facilitated target search by DNA-repair proteins.

Mishra, Sujeet Kumar; Heermann, Dieter W; Bhattacherjee, Arnab.

Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech; 1867(2): 195026, 2024 Jun.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38641240

15.

Chromatin folding--from biology to polymer models and back.

Tark-Dame, Mariliis; van Driel, Roel; Heermann, Dieter W.

J Cell Sci; 124(Pt 6): 839-45, 2011 Mar 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21378305

16.

A model for the 3D chromatin architecture of pro and eukaryotes.

Heermann, Dieter W; Jerabek, Hansjoerg; Liu, Lei; Li, Yixue.

Methods; 58(3): 307-14, 2012 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22677104

17.

Mitotic chromosome structure.

Heermann, Dieter W.

Exp Cell Res; 318(12): 1381-5, 2012 Jul 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22507271

18.

The environmentally-regulated interplay between local three-dimensional chromatin organisation and transcription of proVWX in E. coli.

Rashid, Fatema-Zahra M; Crémazy, Frédéric G E; Hofmann, Andreas; Forrest, David; Grainger, David C; Heermann, Dieter W; Dame, Remus T.

Nat Commun; 14(1): 7478, 2023 Nov 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37978176

19.

Spatially confined folding of chromatin in the interphase nucleus.

Mateos-Langerak, Julio; Bohn, Manfred; de Leeuw, Wim; Giromus, Osdilly; Manders, Erik M M; Verschure, Pernette J; Indemans, Mireille H G; Gierman, Hinco J; Heermann, Dieter W; van Driel, Roel; Goetze, Sandra.

Proc Natl Acad Sci U S A; 106(10): 3812-7, 2009 Mar 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19234129

20.

A chromosomal loop anchor mediates bacterial genome organization.

Dugar, Gaurav; Hofmann, Andreas; Heermann, Dieter W; Hamoen, Leendert W.

Nat Genet; 54(2): 194-201, 2022 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35075232

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