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1.
Adaptive Ensemble Refinement of Protein Structures in High Resolution Electron Microscopy Density Maps with Radical Augmented Molecular Dynamics Flexible Fitting.
J Chem Inf Model;
63(18): 5834-5846, 2023 09 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37661856
2.
#COVIDisAirborne: AI-enabled multiscale computational microscopy of delta SARS-CoV-2 in a respiratory aerosol.
Int J High Perform Comput Appl;
37(1): 28-44, 2023 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36647365
3.
High-Throughput Virtual Screening and Validation of a SARS-CoV-2 Main Protease Noncovalent Inhibitor.
J Chem Inf Model;
62(1): 116-128, 2022 01 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34793155
4.
AI-driven multiscale simulations illuminate mechanisms of SARS-CoV-2 spike dynamics.
Int J High Perform Comput Appl;
35(5): 432-451, 2021 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38603008
5.
High-throughput binding affinity calculations at extreme scales.
BMC Bioinformatics;
19(Suppl 18): 482, 2018 Dec 21.
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| MEDLINE | ID: mdl-30577753
6.
Perspective: Computational chemistry software and its advancement as illustrated through three grand challenge cases for molecular science.
J Chem Phys;
149(18): 180901, 2018 Nov 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30441927
7.
Comparative analysis of nucleotide translocation through protein nanopores using steered molecular dynamics and an adaptive biasing force.
J Comput Chem;
35(9): 692-702, 2014 Apr 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24403093
8.
The impact of a ligand binding on strand migration in the SAM-I riboswitch.
PLoS Comput Biol;
9(5): e1003069, 2013.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23704854
9.
Pathway-based analyses of gene expression profiles at low doses of ionizing radiation.
Front Bioinform;
4: 1280971, 2024.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38812660
10.
Mechanism-centric regulatory network identifies NME2 and MYC programs as markers of Enzalutamide resistance in CRPC.
Nat Commun;
15(1): 352, 2024 Jan 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38191557
11.
Optimal decision-making in high-throughput virtual screening pipelines.
Patterns (N Y);
4(11): 100875, 2023 Nov 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38035191
12.
AI-accelerated protein-ligand docking for SARS-CoV-2 is 100-fold faster with no significant change in detection.
Sci Rep;
13(1): 2105, 2023 02 06.
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| MEDLINE | ID: mdl-36747041
13.
Quantized water access to the HIV-1 protease active site as a proposed mechanism for cooperative mutations in drug affinity.
Biochemistry;
51(33): 6487-9, 2012 Aug 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22866962
14.
A new hourly dataset for photovoltaic energy production for the continental USA.
Data Brief;
40: 107824, 2022 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35141367
15.
A mechanism for S-adenosyl methionine assisted formation of a riboswitch conformation: a small molecule with a strong arm.
Nucleic Acids Res;
37(19): 6528-39, 2009 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19720737
16.
Large-Scale Molecular Dynamics Simulations of Cellular Compartments.
Methods Mol Biol;
2302: 335-356, 2021.
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| MEDLINE | ID: mdl-33877636
17.
Pandemic drugs at pandemic speed: infrastructure for accelerating COVID-19 drug discovery with hybrid machine learning- and physics-based simulations on high-performance computers.
Interface Focus;
11(6): 20210018, 2021 Dec 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34956592
18.
#COVIDisAirborne: AI-Enabled Multiscale Computational Microscopy of Delta SARS-CoV-2 in a Respiratory Aerosol.
bioRxiv;
2021 Nov 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34816263
19.
Extensible and Scalable Adaptive Sampling on Supercomputers.
J Chem Theory Comput;
16(12): 7915-7925, 2020 Dec 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33170696
20.
AI-Driven Multiscale Simulations Illuminate Mechanisms of SARS-CoV-2 Spike Dynamics.
bioRxiv;
2020 Nov 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33236007