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1.

Tuning cytokine receptor signaling by re-orienting dimer geometry with surrogate ligands.

Moraga, Ignacio; Wernig, Gerlinde; Wilmes, Stephan; Gryshkova, Vitalina; Richter, Christian P; Hong, Wan-Jen; Sinha, Rahul; Guo, Feng; Fabionar, Hyna; Wehrman, Tom S; Krutzik, Peter; Demharter, Samuel; Plo, Isabelle; Weissman, Irving L; Minary, Peter; Majeti, Ravindra; Constantinescu, Stefan N; Piehler, Jacob; Garcia, K Christopher.

Cell; 160(6): 1196-208, 2015 Mar 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25728669

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4766813
https://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.02.011

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2.

crisprSQL: a novel database platform for CRISPR/Cas off-target cleavage assays.

Störtz, Florian; Minary, Peter.

Nucleic Acids Res; 49(D1): D855-D861, 2021 01 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33084893

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7778913
https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa885

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3.

Comprehensive computational analysis of epigenetic descriptors affecting CRISPR-Cas9 off-target activity.

Mak, Jeffrey K; Störtz, Florian; Minary, Peter.

BMC Genomics; 23(1): 805, 2022 Dec 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36474180

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9724382
https://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-09012-7

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4.

Hierarchical natural move Monte Carlo refines flexible RNA structures into cryo-EM densities.

Chang, Jeng-Yih; Cui, Zhicheng; Yang, Kailu; Huang, Jianhua; Minary, Peter; Zhang, Junjie.

RNA; 26(12): 1755-1766, 2020 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32826323

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7668250
https://dx.doi.org/10.1261/rna.071100.119

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5.

Training-free measures based on algorithmic probability identify high nucleosome occupancy in DNA sequences.

Zenil, Hector; Minary, Peter.

Nucleic Acids Res; 47(20): e129, 2019 11 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31511887

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6846163
https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz750

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6.

In silico structural modeling of multiple epigenetic marks on DNA.

Krawczyk, Konrad; Demharter, Samuel; Knapp, Bernhard; Deane, Charlotte M; Minary, Peter.

Bioinformatics; 34(1): 41-48, 2018 01 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29028987

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7.

HLA-DM Stabilizes the Empty MHCII Binding Groove: A Model Using Customized Natural Move Monte Carlo.

Demharter, Samuel; Knapp, Bernhard; Deane, Charlotte; Minary, Peter.

J Chem Inf Model; 59(6): 2894-2899, 2019 06 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31070900

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7007188
https://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00104

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8.

Exploring peptide/MHC detachment processes using hierarchical natural move Monte Carlo.

Knapp, Bernhard; Demharter, Samuel; Deane, Charlotte M; Minary, Peter.

Bioinformatics; 32(2): 181-6, 2016 Jan 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26395770

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4708099
https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv502

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9.

Training-free atomistic prediction of nucleosome occupancy.

Minary, Peter; Levitt, Michael.

Proc Natl Acad Sci U S A; 111(17): 6293-8, 2014 Apr 29.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24733939

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4035975
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1404475111

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10.

Modeling Functional Motions of Biological Systems by Customized Natural Moves.

Demharter, Samuel; Knapp, Bernhard; Deane, Charlotte M; Minary, Peter.

Biophys J; 111(4): 710-721, 2016 Aug 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27558715

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5002067
https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2016.06.028

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11.

Tertiary Element Interaction in HIV-1 TAR.

Krawczyk, Konrad; Sim, Adelene Y L; Knapp, Bernhard; Deane, Charlotte M; Minary, Peter.

J Chem Inf Model; 56(9): 1746-54, 2016 09 26.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27500460

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12.

Multiscale natural moves refine macromolecules using single-particle electron microscopy projection images.

Zhang, Junjie; Minary, Peter; Levitt, Michael.

Proc Natl Acad Sci U S A; 109(25): 9845-50, 2012 Jun 19.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22665770

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3382478
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1205945109

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13.

Modeling and design by hierarchical natural moves.

Sim, Adelene Y L; Levitt, Michael; Minary, Peter.

Proc Natl Acad Sci U S A; 109(8): 2890-5, 2012 Feb 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22308445

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3287004
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1119918109

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14.

piCRISPR: Physically informed deep learning models for CRISPR/Cas9 off-target cleavage prediction.

Störtz, Florian; Mak, Jeffrey K; Minary, Peter.

Artif Intell Life Sci; 3: None, 2023 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38047242

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10316064
https://dx.doi.org/10.1016/j.ailsci.2023.100075

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15.

Modeling nucleic acids.

Sim, Adelene Y L; Minary, Peter; Levitt, Michael.

Curr Opin Struct Biol; 22(3): 273-8, 2012 Jun.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22538125

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4028509
https://dx.doi.org/10.1016/j.sbi.2012.03.012

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16.

Conformational optimization with natural degrees of freedom: a novel stochastic chain closure algorithm.

Minary, Peter; Levitt, Michael.

J Comput Biol; 17(8): 993-1010, 2010 Aug.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20726792

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3119633
https://dx.doi.org/10.1089/cmb.2010.0016

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17.

Probing protein fold space with a simplified model.

Minary, Peter; Levitt, Michael.

J Mol Biol; 375(4): 920-33, 2008 Jan 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-18054792

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18.

Reaction mechanism of cis-1,3-butadiene addition to the Si(100)-2 x 1 surface.

Minary, Peter; Tuckerman, Mark E.

J Am Chem Soc; 127(4): 1110-1, 2005 Feb 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-15669844

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19.

Ab initio molecular dynamics: concepts, recent developments, and future trends.

Iftimie, Radu; Minary, Peter; Tuckerman, Mark E.

Proc Natl Acad Sci U S A; 102(19): 6654-9, 2005 May 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-15870204

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20.

Reaction pathway of the [4 + 2] Diels-Alder adduct formation on Si(100)-2 x 1.

Minary, Peter; Tuckerman, Mark E.

J Am Chem Soc; 126(43): 13920-1, 2004 Nov 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-15506742

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