Búsqueda | Portal de Búsqueda de la BVS España

1.

Improving the organization and interactivity of metabolic pathfinding with precomputed pathways.

Kim, Sarah M; Peña, Matthew I; Moll, Mark; Bennett, George N; Kavraki, Lydia E.

BMC Bioinformatics; 21(1): 13, 2020 Jan 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31924164

2.

Machine Learning Guided Atom Mapping of Metabolic Reactions.

Litsa, Eleni E; Peña, Matthew I; Moll, Mark; Giannakopoulos, George; Bennett, George N; Kavraki, Lydia E.

J Chem Inf Model; 59(3): 1121-1135, 2019 03 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30500191

3.

Structure-guided selection of specificity determining positions in the human Kinome.

Moll, Mark; Finn, Paul W; Kavraki, Lydia E.

BMC Genomics; 17 Suppl 4: 431, 2016 08 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27556159

4.

Combinatorial clustering of residue position subsets predicts inhibitor affinity across the human kinome.

Bryant, Drew H; Moll, Mark; Finn, Paul W; Kavraki, Lydia E.

PLoS Comput Biol; 9(6): e1003087, 2013.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23754939

5.

The LabelHash server and tools for substructure-based functional annotation.

Moll, Mark; Bryant, Drew H; Kavraki, Lydia E.

Bioinformatics; 27(15): 2161-2, 2011 Aug 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21659320

6.

The LabelHash algorithm for substructure matching.

Moll, Mark; Bryant, Drew H; Kavraki, Lydia E.

BMC Bioinformatics; 11: 555, 2010 Nov 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21070651

7.

Analysis of substructural variation in families of enzymatic proteins with applications to protein function prediction.

Bryant, Drew H; Moll, Mark; Chen, Brian Y; Fofanov, Viacheslav Y; Kavraki, Lydia E.

BMC Bioinformatics; 11: 242, 2010 May 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20459833

8.

Tracing conformational changes in proteins.

Haspel, Nurit; Moll, Mark; Baker, Matthew L; Chiu, Wah; Kavraki, Lydia E.

BMC Struct Biol; 10 Suppl 1: S1, 2010 May 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20487508

9.

HLA-Arena: A Customizable Environment for the Structural Modeling and Analysis of Peptide-HLA Complexes for Cancer Immunotherapy.

Antunes, Dinler A; Abella, Jayvee R; Hall-Swan, Sarah; Devaurs, Didier; Conev, Anja; Moll, Mark; Lizée, Gregory; Kavraki, Lydia E.

JCO Clin Cancer Inform; 4: 623-636, 2020 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32667823

10.

Using parallelized incremental meta-docking can solve the conformational sampling issue when docking large ligands to proteins.

Devaurs, Didier; Antunes, Dinler A; Hall-Swan, Sarah; Mitchell, Nicole; Moll, Mark; Lizée, Gregory; Kavraki, Lydia E.

BMC Mol Cell Biol; 20(1): 42, 2019 09 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31488048

11.

Roadmap methods for protein folding.

Moll, Mark; Schwarz, David; Kavraki, Lydia E.

Methods Mol Biol; 413: 219-39, 2008.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-18075168

12.

Maintaining and Enhancing Diversity of Sampled Protein Conformations in Robotics-Inspired Methods.

Abella, Jayvee R; Moll, Mark; Kavraki, Lydia E.

J Comput Biol; 25(1): 3-20, 2018 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29035572

13.

General Prediction of Peptide-MHC Binding Modes Using Incremental Docking: A Proof of Concept.

Antunes, Dinler A; Devaurs, Didier; Moll, Mark; Lizée, Gregory; Kavraki, Lydia E.

Sci Rep; 8(1): 4327, 2018 03 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29531253

14.

Native State of Complement Protein C3d Analysed via Hydrogen Exchange and Conformational Sampling.

Devaurs, Didier; Papanastasiou, Malvina; Antunes, Dinler A; Abella, Jayvee R; Moll, Mark; Ricklin, Daniel; Lambris, John D; Kavraki, Lydia E.

Int J Comput Biol Drug Des; 11(1-2): 90-113, 2018.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30700993

15.

Defining Low-Dimensional Projections to Guide Protein Conformational Sampling.

Novinskaya, Anastasia; Devaurs, Didier; Moll, Mark; Kavraki, Lydia E.

J Comput Biol; 24(1): 79-89, 2017 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27892695

16.

Coarse-Grained Conformational Sampling of Protein Structure Improves the Fit to Experimental Hydrogen-Exchange Data.

Devaurs, Didier; Antunes, Dinler A; Papanastasiou, Malvina; Moll, Mark; Ricklin, Daniel; Lambris, John D; Kavraki, Lydia E.

Front Mol Biosci; 4: 13, 2017.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28344973

17.

DINC 2.0: A New Protein-Peptide Docking Webserver Using an Incremental Approach.

Antunes, Dinler A; Moll, Mark; Devaurs, Didier; Jackson, Kyle R; Lizée, Gregory; Kavraki, Lydia E.

Cancer Res; 77(21): e55-e57, 2017 11 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29092940

18.

A review of parameters and heuristics for guiding metabolic pathfinding.

Kim, Sarah M; Peña, Matthew I; Moll, Mark; Bennett, George N; Kavraki, Lydia E.

J Cheminform; 9(1): 51, 2017 Sep 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29086092

19.

SIMS: a hybrid method for rapid conformational analysis.

Gipson, Bryant; Moll, Mark; Kavraki, Lydia E.

PLoS One; 8(7): e68826, 2013.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23935893

20.

Matching of structural motifs using hashing on residue labels and geometric filtering for protein function prediction.

Moll, Mark; Kavraki, Lydia E.

Comput Syst Bioinformatics Conf; 7: 157-68, 2008.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19642277

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