Insights into SARS-CoV-2 in Angola during the COVID-19 peak: Molecular epidemiology and genome surveillance.

Background: In Angola, COVID-19 cases have been reported in all provinces, resulting in >105,000 cases and >1900 deaths. However, no detailed genomic surveillance into the introduction and spread of the SARS-CoV-2 virus has been conducted in Angola. We aimed to investigate the emergence and epidemic progression during the peak of the COVID-19 pandemic in Angola. Methods: We generated 1210 whole-genome SARS-CoV-2 sequences, contributing West African data to the global context, that were phylogenetically compared against global strains. Virus movement events were inferred using ancestral state reconstruction. Results: The epidemic in Angola was marked by four distinct waves of infection, dominated by 12 virus lineages, including VOCs, VOIs, and the VUM C.16, which was unique to South-Western Africa and circulated for an extended period within the region. Virus exchanges occurred between Angola and its neighboring countries, and strong links with Brazil and Portugal reflected the historical and cultural ties shared between these countries. The first case likely originated from southern Africa. Conclusion: A lack of a robust genome surveillance network and strong dependence on out-of-country sequencing limit real-time data generation to achieve timely disease outbreak responses, which remains of the utmost importance to mitigate future disease outbreaks in Angola.

Prevalence and factors associated with human brucellosis in livestock professionals.

OBJECTIVE: The objective of this study is to estimate the seroprevalence of human brucellosis in livestock professionals and analyze the factors associated with brucellosis focusing on sociodemographic variables and the variables of knowledge and practices related to the characteristics of the activities carried out in livestock. METHODS: This is a cross-sectional seroepidemiological study with a population of 131 workers of butchers, slaughter rooms, and slaughterhouse and 192 breeders sampled randomly in Namibe province, Angola. The data were obtained from the collection of blood and use of questionnaires. The laboratory tests used were rose bengal and slow agglutination. The questionnaire allowed us to collect sociodemographic information and, specifically on brucellosis, it incorporated questions about knowledge, attitudes, and behaviors of livestock professionals. In addition to the descriptive statistical approach, we used the Chi-square test of independence, Fisher's test, and logistic regression models, using a significance level of 10%. RESULTS: The general weighted prevalence of brucellosis was 15.6% (95%CI 13.61-17.50), being it 5.3% in workers and 16.7% (95%CI 11.39-21.93) in breeders. The statistical significance was observed between human seroprevalence and category (worker and breeder) (p < 0.001) and education level (p = 0.032), start of activity (p = 0079), and service location (p = 0.055). In a multivariate context, the positive factor associated with brucellosis in professionals was the professional category (OR = 3.54; 95%CI 1.57-8.30, related to breeders in relation to workers). CONCLUSIONS: Human brucellosis in livestock professionals is prevalent in Namibe province (15.6%), where the professional category was the most important factor. The seroprevalence levels detected are high when compared with those found in similar studies. OBJECTIVO: Estimar a seroprevalência da brucelose humana em profissionais da pecuária e analisar os factores associados à brucelose com foco em variáveis sociodemográficas, de conhecimento e práticas relativas às características das actividades desenvolvidas na pecuária. MÉTODOS: Estudo transversal seroepidemiológico em população de 131 trabalhadores de talhos, salas de abate e matadouro e 192 criadores amostrados aleatoriamente na província do Namibe, Angola. Os dados foram obtidos por meio de colheita de sangue e aplicação de questionário. Os testes laboratoriais utilizados foram o Rosa de Bengala e a aglutinação lenta em tubos. O questionário permitiu recolher informação sociodemográfica e, especificamente sobre a brucelose, incorporou questões sobre conhecimento, atitudes e comportamentos dos profissionais da pecuária. Além da abordagem estatística descritiva, foram utilizados os testes de Independência do Qui-quadrado, Fisher e modelos de regressão logística, utilizando um nível de significância de 10%. RESULTADOS: A prevalência geral ponderada da brucelose foi de 15.6% (IC95% 13.61-17.50), sendo 5.3% em trabalhadores e 16.7% (IC95% 11.39-21.93) em criadores. A significância estatística foi observada entre a seroprevalência humana e a categoria (trabalhador e criador) (p < 0.001) e o nível de instrução (p = 0.032), início de actividade (p = 0.079) e local de serviço (p = 0.055). Em um contexto multivariado, o factor positivamente associado à brucelose em profissionais foi a categoria profissional (OR = 3.54; IC95% 1.57-8.30, relativo aos criadores em relação a trabalhadores). CONCLUSÕES: A brucelose humana em profissionais da pecuária é prevalente na província do Namibe (15.6%), onde a categoria profissional foi o factor mais relevante. Os níveis de seroprevalência detectados são elevados se comparados com outros encontrados em estudos semelhantes.

Prevalence and factors associated with human brucellosis in livestock professionals / Prevalência e factores associados à brucelose humana em profissionais da pecuária

ABSTRACT OBJECTIVE The objective of this study is to estimate the seroprevalence of human brucellosis in livestock professionals and analyze the factors associated with brucellosis focusing on sociodemographic variables and the variables of knowledge and practices related to the characteristics of the activities carried out in livestock. METHODS This is a cross-sectional seroepidemiological study with a population of 131 workers of butchers, slaughter rooms, and slaughterhouse and 192 breeders sampled randomly in Namibe province, Angola. The data were obtained from the collection of blood and use of questionnaires. The laboratory tests used were rose bengal and slow agglutination. The questionnaire allowed us to collect sociodemographic information and, specifically on brucellosis, it incorporated questions about knowledge, attitudes, and behaviors of livestock professionals. In addition to the descriptive statistical approach, we used the Chi-square test of independence, Fisher’s test, and logistic regression models, using a significance level of 10%. RESULTS The general weighted prevalence of brucellosis was 15.6% (95%CI 13.61–17.50), being it 5.3% in workers and 16.7% (95%CI 11.39–21.93) in breeders. The statistical significance was observed between human seroprevalence and category (worker and breeder) (p < 0.001) and education level (p = 0.032), start of activity (p = 0079), and service location (p = 0.055). In a multivariate context, the positive factor associated with brucellosis in professionals was the professional category (OR = 3.54; 95%CI 1.57–8.30, related to breeders in relation to workers). CONCLUSIONS Human brucellosis in livestock professionals is prevalent in Namibe province (15.6%), where the professional category was the most important factor. The seroprevalence levels detected are high when compared with those found in similar studies.

RESUMO OBJECTIVO Estimar a seroprevalência da brucelose humana em profissionais da pecuária e analisar os factores associados à brucelose com foco em variáveis sociodemográficas, de conhecimento e práticas relativas às características das actividades desenvolvidas na pecuária. MÉTODOS Estudo transversal seroepidemiológico em população de 131 trabalhadores de talhos, salas de abate e matadouro e 192 criadores amostrados aleatoriamente na província do Namibe, Angola. Os dados foram obtidos por meio de colheita de sangue e aplicação de questionário. Os testes laboratoriais utilizados foram o Rosa de Bengala e a aglutinação lenta em tubos. O questionário permitiu recolher informação sociodemográfica e, especificamente sobre a brucelose, incorporou questões sobre conhecimento, atitudes e comportamentos dos profissionais da pecuária. Além da abordagem estatística descritiva, foram utilizados os testes de Independência do Qui-quadrado, Fisher e modelos de regressão logística, utilizando um nível de significância de 10%. RESULTADOS A prevalência geral ponderada da brucelose foi de 15.6% (IC95% 13.61–17.50), sendo 5.3% em trabalhadores e 16.7% (IC95% 11.39–21.93) em criadores. A significância estatística foi observada entre a seroprevalência humana e a categoria (trabalhador e criador) (p < 0.001) e o nível de instrução (p = 0.032), início de actividade (p = 0.079) e local de serviço (p = 0.055). Em um contexto multivariado, o factor positivamente associado à brucelose em profissionais foi a categoria profissional (OR = 3.54; IC95% 1.57–8.30, relativo aos criadores em relação a trabalhadores). CONCLUSÕES A brucelose humana em profissionais da pecuária é prevalente na província do Namibe (15.6%), onde a categoria profissional foi o factor mais relevante. Os níveis de seroprevalência detectados são elevados se comparados com outros encontrados em estudos semelhantes.