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1.

Millisecond molecular dynamics simulations of KRas-dimer formation and interfaces.

Ngo, Van A; Garcia, Angel E.

Biophys J; 121(19): 3730-3744, 2022 10 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35462078

2.

The voltage-sensing domain of a hERG1 mutant is a cation-selective channel.

Kudaibergenova, Meruyert; Guo, Jiqing; Khan, Hanif M; Lees-Miller, James; Mousaei, Mahdi; Miranda, Williams; Ngo, Van A; Noskov, Sergei Yu; Tieleman, D Peter; Duff, Henry J.

Biophys J; 121(23): 4585-4599, 2022 12 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36815709

3.

The Single Residue K12 Governs the Exceptional Voltage Sensitivity of Mitochondrial Voltage-Dependent Anion Channel Gating.

Ngo, Van A; Queralt-Martín, María; Khan, Farha; Bergdoll, Lucie; Abramson, Jeff; Bezrukov, Sergey M; Rostovtseva, Tatiana K; Hoogerheide, David P; Noskov, Sergei Yu.

J Am Chem Soc; 144(32): 14564-14577, 2022 08 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35925797

4.

Molecular determinants of pro-arrhythmia proclivity of d- and l-sotalol via a multi-scale modeling pipeline.

DeMarco, Kevin R; Yang, Pei-Chi; Singh, Vikrant; Furutani, Kazuharu; Dawson, John R D; Jeng, Mao-Tsuen; Fettinger, James C; Bekker, Slava; Ngo, Van A; Noskov, Sergei Y; Yarov-Yarovoy, Vladimir; Sack, Jon T; Wulff, Heike; Clancy, Colleen E; Vorobyov, Igor.

J Mol Cell Cardiol; 158: 163-177, 2021 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34062207

5.

Mapping Ryanodine Binding Sites in the Pore Cavity of Ryanodine Receptors.

Ngo, Van A; Perissinotti, Laura L; Miranda, Williams; Chen, S R Wayne; Noskov, Sergei Y.

Biophys J; 112(8): 1645-1653, 2017 Apr 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28445755

6.

Computational membrane biophysics: From ion channel interactions with drugs to cellular function.

Miranda, Williams E; Ngo, Van A; Perissinotti, Laura L; Noskov, Sergei Yu.

Biochim Biophys Acta Proteins Proteom; 1865(11 Pt B): 1643-1653, 2017 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28847523

7.

Stereoselective recognition of morphine enantiomers by µ-opioid receptor.

Wang, Yibo; Ngo, Van A; Wang, Xiaohui.

Natl Sci Rev; 11(3): nwae029, 2024 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38410825

8.

Taming Conformational Heterogeneity on Ion Racetrack to Unveil Principles that Drive Membrane Permeation of Cyclosporines.

Limbach, Miranda N; Lindberg, Edward T; Olivos, Hernando J; van Tetering, Lara; Steren, Carlos A; Martens, Jonathan; Ngo, Van A; Oomens, Jos; Do, Thanh D.

JACS Au; 4(4): 1458-1470, 2024 Apr 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38665661

9.

Improving Estimation of the Koopman Operator with Kolmogorov-Smirnov Indicator Functions.

Ngo, Van A; Lin, Yen Ting; Perez, Danny.

J Chem Theory Comput; 19(20): 7187-7198, 2023 Oct 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37800673

10.

Identifying key determinants and dynamics of SARS-CoV-2/ACE2 tight interaction.

Ngo, Van A; Jha, Ramesh K.

PLoS One; 16(9): e0257905, 2021.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34582502

11.

Correction: Identifying key determinants and dynamics of SARS-CoV-2/ACE2 tight interaction.

Ngo, Van A; Jha, Ramesh K.

PLoS One; 16(11): e0259705, 2021.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34731214

12.

How Anionic Lipids Affect Spatiotemporal Properties of KRAS4B on Model Membranes.

Ngo, Van A; Sarkar, Sumantra; Neale, Chris; Garcia, Angel E.

J Phys Chem B; 124(26): 5434-5453, 2020 07 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32438809

13.

Molecular Mechanism of Conductance Enhancement in Narrow Cation-Selective Membrane Channels.

Miranda, Williams E; Ngo, Van A; Wang, Ruiwu; Zhang, Lin; Chen, S R Wayne; Noskov, Sergei Yu.

J Phys Chem Lett; 9(12): 3497-3502, 2018 Jun 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29886737

14.

Estimation of Potentials of Mean Force from Nonequilibrium Pulling Simulations Using Both Minh-Adib Estimator and Weighted Histogram Analysis Method.

Ngo, Van A; Kim, Ilsoo; Allen, Toby W; Noskov, Sergei Y.

J Chem Theory Comput; 12(3): 1000-10, 2016 Mar 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26799775

15.

Improved QM/MM Linear-Interaction Energy Model for Substrate Recognition in Zinc-Containing Metalloenzymes.

Miranda, Williams E; Ngo, Van A; Valiente, Pedro A; Noskov, Sergei Yu.

J Phys Chem B; 120(32): 7824-35, 2016 08 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27448039

16.

Is the G-quadruplex an effective nanoconductor for ions?

Ngo, Van A; Di Felice, Rosa; Haas, Stephan.

J Phys Chem B; 118(4): 864-72, 2014 Jan 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24397412

17.

Parallel-pulling protocol for free-energy evaluation.

Ngo, Van A.

Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys; 85(3 Pt 2): 036702, 2012 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22587204

18.

Demonstration of Jarzynski's equality in open quantum systems using a stepwise pulling protocol.

Ngo, Van A; Haas, Stephan.

Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys; 86(3 Pt 1): 031127, 2012 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23030886

19.

Molecular mechanism of flip-flop in triple-layer oleic-acid membrane: correlation between oleic acid and water.

Ngo, Van A; Kalia, Rajiv K; Nakano, Aiichiro; Vashishta, Priya.

J Phys Chem B; 116(45): 13416-23, 2012 Nov 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23075069

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