Detalles de la búsqueda
1.
Inference of annealed protein fitness landscapes with AnnealDCA.
PLoS Comput Biol;
20(2): e1011812, 2024 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38377054
2.
DCAlign v1.0: aligning biological sequences using co-evolution models and informed priors.
Bioinformatics;
39(9)2023 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37647658
3.
Generating interacting protein sequences using domain-to-domain translation.
Bioinformatics;
39(7)2023 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37399105
4.
LPTD: a novel linear programming-based topology determination method for cryo-EM maps.
Bioinformatics;
38(10): 2734-2741, 2022 05 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35561171
5.
Relationship between fitness and heterogeneity in exponentially growing microbial populations.
Biophys J;
121(10): 1919-1930, 2022 05 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35422414
6.
Unsupervised Inference of Protein Fitness Landscape from Deep Mutational Scan.
Mol Biol Evol;
38(1): 318-328, 2021 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32770229
7.
adabmDCA: adaptive Boltzmann machine learning for biological sequences.
BMC Bioinformatics;
22(1): 528, 2021 Oct 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34715775
8.
AMaLa: Analysis of Directed Evolution Experiments via Annealed Mutational Approximated Landscape.
Int J Mol Sci;
22(20)2021 Oct 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34681569
9.
The intrinsic dimension of protein sequence evolution.
PLoS Comput Biol;
15(4): e1006767, 2019 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30958823
10.
Simultaneous identification of specifically interacting paralogs and interprotein contacts by direct coupling analysis.
Proc Natl Acad Sci U S A;
113(43): 12186-12191, 2016 10 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27729520
11.
Maximum-Entropy Models of Sequenced Immune Repertoires Predict Antigen-Antibody Affinity.
PLoS Comput Biol;
12(4): e1004870, 2016 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27074145
12.
Integrated transcriptional and competitive endogenous RNA networks are cross-regulated in permissive molecular environments.
Proc Natl Acad Sci U S A;
110(18): 7154-9, 2013 Apr 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23536298
13.
Improving contact prediction along three dimensions.
PLoS Comput Biol;
10(10): e1003847, 2014 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25299132
14.
Bridging the gaps in systems biology.
Mol Genet Genomics;
289(5): 727-34, 2014 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24728588
15.
Perturbation biology: inferring signaling networks in cellular systems.
PLoS Comput Biol;
9(12): e1003290, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24367245
16.
Direct-coupling analysis of residue coevolution captures native contacts across many protein families.
Proc Natl Acad Sci U S A;
108(49): E1293-301, 2011 Dec 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22106262
17.
Inter-individual variation in nucleotide excision repair pathway is modulated by non-synonymous polymorphisms in ERCC4 and MBD4 genes.
Mutat Res;
751-752: 49-54, 2013.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24004570
18.
Small-coupling expansion for multiple sequence alignment.
Phys Rev E;
107(4-1): 044125, 2023 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37198812
19.
A stochastic local search algorithm for distance-based phylogeny reconstruction.
Mol Biol Evol;
27(11): 2587-95, 2010 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20562341
20.
Expectation propagation on the diluted Bayesian classifier.
Phys Rev E;
103(4-1): 043301, 2021 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34005851