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1.

Domestication and the evolution of crops: variable syndromes, complex genetic architectures, and ecological entanglements.

Alam, Ornob; Purugganan, Michael D.

Plant Cell; 36(5): 1227-1241, 2024 May 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38243576

2.

The strength and pattern of natural selection on gene expression in rice.

Groen, Simon C; Calic, Irina; Joly-Lopez, Zoé; Platts, Adrian E; Choi, Jae Young; Natividad, Mignon; Dorph, Katherine; Mauck, William M; Bracken, Bernadette; Cabral, Carlo Leo U; Kumar, Arvind; Torres, Rolando O; Satija, Rahul; Vergara, Georgina; Henry, Amelia; Franks, Steven J; Purugganan, Michael D.

Nature; 578(7796): 572-576, 2020 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32051590

3.

Evolutionary systems biology reveals patterns of rice adaptation to drought-prone agro-ecosystems.

Groen, Simon C; Joly-Lopez, Zoé; Platts, Adrian E; Natividad, Mignon; Fresquez, Zoë; Mauck, William M; Quintana, Marinell R; Cabral, Carlo Leo U; Torres, Rolando O; Satija, Rahul; Purugganan, Michael D; Henry, Amelia.

Plant Cell; 34(2): 759-783, 2022 02 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34791424

4.

Natural variation in plant telomere length is associated with flowering time.

Choi, Jae Young; Abdulkina, Liliia R; Yin, Jun; Chastukhina, Inna B; Lovell, John T; Agabekian, Inna A; Young, Pierce G; Razzaque, Samsad; Shippen, Dorothy E; Juenger, Thomas E; Shakirov, Eugene V; Purugganan, Michael D.

Plant Cell; 33(4): 1118-1134, 2021 05 31.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33580702

5.

The rice genome revolution: from an ancient grain to Green Super Rice.

Wing, Rod A; Purugganan, Michael D; Zhang, Qifa.

Nat Rev Genet; 19(8): 505-517, 2018 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29872215

6.

The genomes of ancient date palms germinated from 2,000 y old seeds.

Gros-Balthazard, Muriel; Flowers, Jonathan M; Hazzouri, Khaled M; Ferrand, Sylvie; Aberlenc, Frédérique; Sallon, Sarah; Purugganan, Michael D.

Proc Natl Acad Sci U S A; 118(19)2021 05 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33941705

7.

Ancestral polymorphisms shape the adaptive radiation of Metrosideros across the Hawaiian Islands.

Choi, Jae Young; Dai, Xiaoguang; Alam, Ornob; Peng, Julie Z; Rughani, Priyesh; Hickey, Scott; Harrington, Eoghan; Juul, Sissel; Ayroles, Julien F; Purugganan, Michael D; Stacy, Elizabeth A.

Proc Natl Acad Sci U S A; 118(37)2021 09 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34497122

8.

Deleterious Mutations and the Rare Allele Burden on Rice Gene Expression.

Lye, Zoe; Choi, Jae Young; Purugganan, Michael D.

Mol Biol Evol; 39(9)2022 09 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36073358

9.

Vavilov's law and phenotypes across species.

Purugganan, Michael D.

Nat Rev Genet; 23(5): 262-263, 2022 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35194182

10.

Genome assembly and characterization of a complex zfBED-NLR gene-containing disease resistance locus in Carolina Gold Select rice with Nanopore sequencing.

Read, Andrew C; Moscou, Matthew J; Zimin, Aleksey V; Pertea, Geo; Meyer, Rachel S; Purugganan, Michael D; Leach, Jan E; Triplett, Lindsay R; Salzberg, Steven L; Bogdanove, Adam J.

PLoS Genet; 16(1): e1008571, 2020 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31986137

11.

Genome Analysis Traces Regional Dispersal of Rice in Taiwan and Southeast Asia.

Alam, Ornob; Gutaker, Rafal M; Wu, Cheng-Chieh; Hicks, Karen A; Bocinsky, Kyle; Castillo, Cristina Cobo; Acabado, Stephen; Fuller, Dorian; d'Alpoim Guedes, Jade A; Hsing, Yue-Ie; Purugganan, Michael D.

Mol Biol Evol; 38(11): 4832-4846, 2021 10 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34240169

12.

The complex geography of domestication of the African rice Oryza glaberrima.

Choi, Jae Young; Zaidem, Maricris; Gutaker, Rafal; Dorph, Katherine; Singh, Rakesh Kumar; Purugganan, Michael D.

PLoS Genet; 15(3): e1007414, 2019 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30845217

13.

Cross-species hybridization and the origin of North African date palms.

Flowers, Jonathan M; Hazzouri, Khaled M; Gros-Balthazard, Muriel; Mo, Ziyi; Koutroumpa, Konstantina; Perrakis, Andreas; Ferrand, Sylvie; Khierallah, Hussam S M; Fuller, Dorian Q; Aberlenc, Frederique; Fournaraki, Christini; Purugganan, Michael D.

Proc Natl Acad Sci U S A; 116(5): 1651-1658, 2019 01 29.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30642962

14.

The Genome of the Mimosoid Legume Prosopis cineraria, a Desert Tree.

Sudalaimuthuasari, Naganeeswaran; Ali, Rashid; Kottackal, Martin; Rafi, Mohammed; Al Nuaimi, Mariam; Kundu, Biduth; Al-Maskari, Raja Saeed; Wang, Xuewen; Mishra, Ajay Kumar; Balan, Jithin; Chaluvadi, Srinivasa R; Al Ansari, Fatima; Bennetzen, Jeffrey L; Purugganan, Michael D; Hazzouri, Khaled M; Amiri, Khaled M A.

Int J Mol Sci; 23(15)2022 Jul 31.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35955640

15.

Rapid evolutionary changes in gene expression in response to climate fluctuations.

Hamann, Elena; Pauli, Christopher S; Joly-Lopez, Zoé; Groen, Simon C; Rest, Joshua S; Kane, Nolan C; Purugganan, Michael D; Franks, Steven J.

Mol Ecol; 30(1): 193-206, 2021 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32761923

16.

Evolutionary and ecological functional genomics, from lab to the wild.

Zaidem, Maricris L; Groen, Simon C; Purugganan, Michael D.

Plant J; 97(1): 40-55, 2019 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30444573

17.

Evolutionary Epigenomics of Retrotransposon-Mediated Methylation Spreading in Rice.

Choi, Jae Young; Purugganan, Michael D.

Mol Biol Evol; 35(2): 365-382, 2018 02 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29126199

18.

Evolution of crop species: genetics of domestication and diversification.

Meyer, Rachel S; Purugganan, Michael D.

Nat Rev Genet; 14(12): 840-52, 2013 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24240513

19.

The Rice Paradox: Multiple Origins but Single Domestication in Asian Rice.

Choi, Jae Young; Platts, Adrian E; Fuller, Dorian Q; Hsing, Yue-Ie; Wing, Rod A; Purugganan, Michael D.

Mol Biol Evol; 34(4): 969-979, 2017 04 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28087768

20.

Whole-Genome Resequencing Reveals Extensive Natural Variation in the Model Green Alga Chlamydomonas reinhardtii.

Flowers, Jonathan M; Hazzouri, Khaled M; Pham, Gina M; Rosas, Ulises; Bahmani, Tayebeh; Khraiwesh, Basel; Nelson, David R; Jijakli, Kenan; Abdrabu, Rasha; Harris, Elizabeth H; Lefebvre, Paul A; Hom, Erik F Y; Salehi-Ashtiani, Kourosh; Purugganan, Michael D.

Plant Cell; 27(9): 2353-69, 2015 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26392080

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