Detalles de la búsqueda
1.
MPI-parallelization of the grid inhomogeneous solvation theory calculation.
J Comput Chem;
45(10): 633-637, 2024 Apr 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38071482
2.
AmberTools.
J Chem Inf Model;
63(20): 6183-6191, 2023 Oct 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37805934
3.
prepareforleap: An automated tool for fast PDB-to-parameter generation.
J Comput Chem;
43(13): 930-935, 2022 05 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35318701
4.
Protonation state of the selectivity filter of bacterial voltage-gated sodium channels is modulated by ions.
Proteins;
88(3): 527-539, 2020 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31589792
5.
A protocol for preparing explicitly solvated systems for stable molecular dynamics simulations.
J Chem Phys;
153(5): 054123, 2020 Aug 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32770927
6.
Parallelization of CPPTRAJ enables large scale analysis of molecular dynamics trajectory data.
J Comput Chem;
39(25): 2110-2117, 2018 09 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30368859
7.
Highly sampled tetranucleotide and tetraloop motifs enable evaluation of common RNA force fields.
RNA;
21(9): 1578-90, 2015 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26124199
8.
Convergence and reproducibility in molecular dynamics simulations of the DNA duplex d(GCACGAACGAACGAACGC).
Biochim Biophys Acta;
1850(5): 1041-1058, 2015 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25219455
9.
Using Wavelet Analysis To Assist in Identification of Significant Events in Molecular Dynamics Simulations.
J Chem Inf Model;
56(7): 1282-91, 2016 07 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27286268
10.
k-Means NANI: An Improved Clustering Algorithm for Molecular Dynamics Simulations.
J Chem Theory Comput;
2024 Jun 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38905589
11.
k-Means NANI: an improved clustering algorithm for Molecular Dynamics simulations.
bioRxiv;
2024 Mar 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38496504
12.
Self-tensioning aquatic caddisfly silk: Ca2+-dependent structure, strength, and load cycle hysteresis.
Biomacromolecules;
14(10): 3668-81, 2013 Oct 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24050221
13.
Evaluation of DOCK 6 as a pose generation and database enrichment tool.
J Comput Aided Mol Des;
26(6): 749-73, 2012 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22569593
14.
Quantifying the effects of lossy compression on energies calculated from molecular dynamics trajectories.
Protein Sci;
31(12): e4511, 2022 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36382864
15.
Improving the speed of volumetric density map generation via cubic spline interpolation.
J Mol Graph Model;
104: 107832, 2021 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33444979
16.
Thermodynamic Decomposition of Solvation Free Energies with Particle Mesh Ewald and Long-Range Lennard-Jones Interactions in Grid Inhomogeneous Solvation Theory.
J Chem Theory Comput;
17(5): 2714-2724, 2021 May 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33830762
17.
Best Practices for Quantification of Uncertainty and Sampling Quality in Molecular Simulations [Article v1.0].
Living J Comput Mol Sci;
1(1)2018.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30533602
18.
Secondary structure bias in generalized Born solvent models: comparison of conformational ensembles and free energy of solvent polarization from explicit and implicit solvation.
J Phys Chem B;
111(7): 1846-57, 2007 Feb 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17256983
19.
Computational Assessment of Potassium and Magnesium Ion Binding to a Buried Pocket in GTPase-Associating Center RNA.
J Phys Chem B;
121(3): 451-462, 2017 01 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27983843
20.
Folding cooperativity in a three-stranded beta-sheet model.
J Mol Biol;
352(2): 370-81, 2005 Sep 16.
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| MEDLINE | ID: mdl-16095612