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1.
Persistent Protein Motions in a Rugged Energy Landscape Revealed by Normal Mode Ensemble Analysis.
J Chem Inf Model;
60(12): 6419-6426, 2020 12 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33103888
2.
Lipids Alter Rhodopsin Function via Ligand-like and Solvent-like Interactions.
Biophys J;
114(2): 355-367, 2018 01 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29401433
3.
Retinal Conformation Changes Rhodopsin's Dynamic Ensemble.
Biophys J;
109(3): 608-17, 2015 Aug 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26244742
4.
Retinal ligand mobility explains internal hydration and reconciles active rhodopsin structures.
Biochemistry;
53(2): 376-85, 2014 Jan 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24328554
5.
Structure-based simulations reveal concerted dynamics of GPCR activation.
Proteins;
82(10): 2538-51, 2014 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24889093
6.
Lightweight object oriented structure analysis: tools for building tools to analyze molecular dynamics simulations.
J Comput Chem;
35(32): 2305-18, 2014 Dec 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25327784
7.
Conformational dynamics of adenylate kinase in crystals.
Struct Dyn;
11(1): 014702, 2024 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38389978
8.
Simulating the mechanism of antimicrobial lipopeptides with all-atom molecular dynamics.
Biochemistry;
52(33): 5604-10, 2013 Aug 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23875688
9.
Characterization of a potent antimicrobial lipopeptide via coarse-grained molecular dynamics.
Biochim Biophys Acta;
1818(2): 212-8, 2012 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21819964
10.
Membrane binding of an acyl-lactoferricin B antimicrobial peptide from solid-state NMR experiments and molecular dynamics simulations.
Biochim Biophys Acta;
1808(8): 2019-30, 2011 Aug.
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| MEDLINE | ID: mdl-21477580
11.
A lipid pathway for ligand binding is necessary for a cannabinoid G protein-coupled receptor.
J Biol Chem;
285(23): 17954-64, 2010 Jun 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20220143
12.
Validating and improving elastic network models with molecular dynamics simulations.
Proteins;
79(1): 23-34, 2011 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20872850
13.
Concerted interconversion between ionic lock substates of the beta(2) adrenergic receptor revealed by microsecond timescale molecular dynamics.
Biophys J;
98(1): 76-84, 2010 Jan 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20074514
14.
How fast is your camera? Timescales for molecular motion and their role in restraining molecular dynamics.
Biophys J;
106(12): 2549-51, 2014 Jun 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24940771
15.
Unknown unknowns: the challenge of systematic and statistical error in molecular dynamics simulations.
Biophys J;
106(8): 1553-4, 2014 Apr 15.
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| MEDLINE | ID: mdl-24739152
16.
Selectivity and Mechanism of Fengycin, an Antimicrobial Lipopeptide, from Molecular Dynamics.
J Phys Chem B;
122(8): 2219-2226, 2018 03 01.
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| MEDLINE | ID: mdl-29376372
17.
Minimal Nucleation State of α-Synuclein Is Stabilized by Dynamic Threonine-Water Networks.
ACS Chem Neurosci;
8(9): 1859-1864, 2017 09 20.
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| MEDLINE | ID: mdl-28677385
18.
Determining relevant features to recognize electron density patterns in x-ray protein crystallography.
J Bioinform Comput Biol;
3(3): 645-76, 2005 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16108088
19.
Elastic Network Models are Robust to Variations in Formalism.
J Chem Theory Comput;
8(7): 2424-2434, 2012 Jul 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22924033
20.
Block Covariance Overlap Method and Convergence in Molecular Dynamics Simulation.
J Chem Theory Comput;
7(8): 2464-72, 2011 Aug 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26606620