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1.

Chaining for accurate alignment of erroneous long reads to acyclic variation graphs.

Ma, Jun; Cáceres, Manuel; Salmela, Leena; Mäkinen, Veli; Tomescu, Alexandru I.

Bioinformatics; 39(8)2023 08 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37494467

2.

HGGA: hierarchical guided genome assembler.

Walve, Riku; Salmela, Leena.

BMC Bioinformatics; 23(1): 167, 2022 May 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35525918

3.

Inference of viral quasispecies with a paired de Bruijn graph.

Freire, Borja; Ladra, Susana; Paramá, Jose R; Salmela, Leena.

Bioinformatics; 37(4): 473-481, 2021 05 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32926162

4.

Succinct dynamic de Bruijn graphs.

Alipanahi, Bahar; Kuhnle, Alan; Puglisi, Simon J; Salmela, Leena; Boucher, Christina.

Bioinformatics; 37(14): 1946-1952, 2021 08 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32462192

5.

Fast and accurate correction of optical mapping data via spaced seeds.

Salmela, Leena; Mukherjee, Kingshuk; Puglisi, Simon J; Muggli, Martin D; Boucher, Christina.

Bioinformatics; 36(3): 682-689, 2020 02 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31504206

6.

Optical map guided genome assembly.

Leinonen, Miika; Salmela, Leena.

BMC Bioinformatics; 21(1): 285, 2020 Jul 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32631227

7.

Aligning optical maps to de Bruijn graphs.

Mukherjee, Kingshuk; Alipanahi, Bahar; Kahveci, Tamer; Salmela, Leena; Boucher, Christina.

Bioinformatics; 35(18): 3250-3256, 2019 09 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30698651

8.

Accurate self-correction of errors in long reads using de Bruijn graphs.

Salmela, Leena; Walve, Riku; Rivals, Eric; Ukkonen, Esko.

Bioinformatics; 33(6): 799-806, 2017 03 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27273673

9.

Fast and accurate correction of optical mapping data via spaced seeds.

Salmela, Leena; Mukherjee, Kingshuk; Puglisi, Simon J; Muggli, Martin D; Boucher, Christina.

Bioinformatics; 36(9): 2974, 2020 05 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32187358

10.

LoRDEC: accurate and efficient long read error correction.

Salmela, Leena; Rivals, Eric.

Bioinformatics; 30(24): 3506-14, 2014 Dec 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25165095

11.

Flight-induced changes in gene expression in the Glanville fritillary butterfly.

Kvist, Jouni; Mattila, Anniina L K; Somervuo, Panu; Ahola, Virpi; Koskinen, Patrik; Paulin, Lars; Salmela, Leena; Fountain, Toby; Rastas, Pasi; Ruokolainen, Annukka; Taipale, Minna; Holm, Liisa; Auvinen, Petri; Lehtonen, Rainer; Frilander, Mikko J; Hanski, Ilkka.

Mol Ecol; 24(19): 4886-900, 2015 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26331775

12.

Space-efficient computation of k-mer dictionaries for large values of k.

Díaz-Domínguez, Diego; Leinonen, Miika; Salmela, Leena.

Algorithms Mol Biol; 19(1): 14, 2024 Apr 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38581000

13.

SAKE: Strobemer-assisted k-mer extraction.

Leinonen, Miika; Salmela, Leena.

PLoS One; 18(11): e0294415, 2023.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38019768

14.

ViQUF: De Novo Viral Quasispecies Reconstruction Using Unitig-Based Flow Networks.

Freire, Borja; Ladra, Susana; Parama, Jose R; Salmela, Leena.

IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform; 20(2): 1550-1562, 2023.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35853050

15.

Normalized N50 assembly metric using gap-restricted co-linear chaining.

Mäkinen, Veli; Salmela, Leena; Ylinen, Johannes.

BMC Bioinformatics; 13: 255, 2012 Oct 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23031320

16.

Correcting errors in short reads by multiple alignments.

Salmela, Leena; Schröder, Jan.

Bioinformatics; 27(11): 1455-61, 2011 Jun 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21471014

17.

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs.

Salmela, Leena; Mäkinen, Veli; Välimäki, Niko; Ylinen, Johannes; Ukkonen, Esko.

Bioinformatics; 27(23): 3259-65, 2011 Dec 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21998153

18.

Correction of sequencing errors in a mixed set of reads.

Salmela, Leena.

Bioinformatics; 26(10): 1284-90, 2010 May 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20378555

19.

Extraction of long k-mers using spaced seeds.

Leinonen, Miika; Salmela, Leena.

IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform; PP2021 Sep 16.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34529572

20.

Algorithms meet sequencing technologies - 10th edition of the RECOMB-Seq workshop.

Patro, Rob; Salmela, Leena.

iScience; 24(1): 101956, 2021 Jan 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33437938

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Fast and accurate correction of optical mapping data via spaced seeds.

LoRDEC: accurate and efficient long read error correction.

Flight-induced changes in gene expression in the Glanville fritillary butterfly.

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ViQUF: De Novo Viral Quasispecies Reconstruction Using Unitig-Based Flow Networks.

Normalized N50 assembly metric using gap-restricted co-linear chaining.

Correcting errors in short reads by multiple alignments.

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs.

Correction of sequencing errors in a mixed set of reads.

Extraction of long k-mers using spaced seeds.

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