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1.
LOCOM: A logistic regression model for testing differential abundance in compositional microbiome data with false discovery rate control.
Proc Natl Acad Sci U S A;
119(30): e2122788119, 2022 07 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35867822
2.
Compositional analysis of microbiome data using the linear decomposition model (LDM).
Bioinformatics;
39(11)2023 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37930883
3.
MERIT: Controlling Monte-Carlo error rate in large-scale Monte-Carlo hypothesis testing.
Stat Med;
43(2): 279-295, 2024 01 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38124426
4.
A rarefaction-without-resampling extension of PERMANOVA for testing presence-absence associations in the microbiome.
Bioinformatics;
38(15): 3689-3697, 2022 08 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35723568
5.
Integrative analysis of relative abundance data and presence-absence data of the microbiome using the LDM.
Bioinformatics;
38(10): 2915-2917, 2022 05 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35561163
6.
Testing microbiome associations with survival times at both the community and individual taxon levels.
PLoS Comput Biol;
18(9): e1010509, 2022 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36103548
7.
The Effect of Antiretroviral Therapy for the Treatment of Human Immunodeficiency Virus (HIV)-1 in Pregnancy on Gestational Weight Gain.
Clin Infect Dis;
75(4): 665-672, 2022 09 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34864949
8.
A rarefaction-based extension of the LDM for testing presence-absence associations in the microbiome.
Bioinformatics;
37(12): 1652-1657, 2021 Jul 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33479757
9.
Efficient estimation of indirect effects in case-control studies using a unified likelihood framework.
Stat Med;
41(15): 2879-2893, 2022 07 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35352841
10.
Testing hypotheses about the microbiome using the linear decomposition model (LDM).
Bioinformatics;
36(14): 4106-4115, 2020 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32315393
11.
Robust inference of population structure from next-generation sequencing data with systematic differences in sequencing.
Bioinformatics;
34(7): 1157-1163, 2018 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29186324
12.
Testing Rare-Variant Association without Calling Genotypes Allows for Systematic Differences in Sequencing between Cases and Controls.
PLoS Genet;
12(5): e1006040, 2016 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27152526
13.
PhredEM: a phred-score-informed genotype-calling approach for next-generation sequencing studies.
Genet Epidemiol;
41(5): 375-387, 2017 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28560825
14.
A statistical approach for rare-variant association testing in affected sibships.
Am J Hum Genet;
96(4): 543-54, 2015 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25799106
15.
Multisample adjusted U-statistics that account for confounding covariates.
Stat Med;
37(23): 3357-3372, 2018 10 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29923344
16.
Utilizing population controls in rare-variant case-parent association tests.
Am J Hum Genet;
94(6): 845-53, 2014 Jun 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24836453
17.
Changes in vaginal community state types reflect major shifts in the microbiome.
Microb Ecol Health Dis;
28(1): 1303265, 2017.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28572753
18.
Population-based association and gene by environment interactions in Genetic Analysis Workshop 18.
Genet Epidemiol;
38 Suppl 1: S49-56, 2014 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25112188
19.
A permutation procedure to correct for confounders in case-control studies, including tests of rare variation.
Am J Hum Genet;
91(2): 215-23, 2012 Aug 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22818855
20.
Age-associated DNA methylation in pediatric populations.
Genome Res;
22(4): 623-32, 2012 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22300631