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1.
Performance of Topology Tests under Extreme Selection Bias.
Mol Biol Evol;
41(1)2024 Jan 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38142434
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2.
Phosphate Limitation Responses in Marine Green Algae Are Linked to Reprogramming of the tRNA Epitranscriptome and Codon Usage Bias.
Mol Biol Evol;
40(12)2023 Dec 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37987557
3.
Is Over-parameterization a Problem for Profile Mixture Models?
Syst Biol;
2023 Oct 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37843172
4.
Evolution of Amino Acid Propensities under Stability-Mediated Epistasis.
Mol Biol Evol;
39(3)2022 03 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35134997
5.
Long Branch Attraction Biases in Phylogenetics.
Syst Biol;
70(4): 838-843, 2021 06 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33528562
6.
Ancestral state reconstruction with large numbers of sequences and edge-length estimation.
J Math Biol;
84(4): 21, 2022 02 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35188616
7.
On the Use of Information Criteria for Model Selection in Phylogenetics.
Mol Biol Evol;
37(2): 549-562, 2020 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31688943
8.
Consequences of Stability-Induced Epistasis for Substitution Rates.
Mol Biol Evol;
37(11): 3131-3148, 2020 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32897316
9.
A Phenotype-Genotype Codon Model for Detecting Adaptive Evolution.
Syst Biol;
69(4): 722-738, 2020 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31730199
10.
Conditions under which distributions of edge length ratios on phylogenetic trees can be used to order evolutionary events.
J Theor Biol;
526: 110788, 2021 10 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34097914
11.
ModL: exploring and restoring regularity when testing for positive selection.
Bioinformatics;
35(15): 2545-2554, 2019 08 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30541063
12.
The Relative Importance of Modeling Site Pattern Heterogeneity Versus Partition-Wise Heterotachy in Phylogenomic Inference.
Syst Biol;
68(6): 1003-1019, 2019 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31140564
13.
Accelerated Estimation of Frequency Classes in Site-Heterogeneous Profile Mixture Models.
Mol Biol Evol;
35(5): 1266-1283, 2018 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29688541
14.
Phenomenological Load on Model Parameters Can Lead to False Biological Conclusions.
Mol Biol Evol;
35(6): 1473-1488, 2018 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29596684
15.
Modeling Site Heterogeneity with Posterior Mean Site Frequency Profiles Accelerates Accurate Phylogenomic Estimation.
Syst Biol;
67(2): 216-235, 2018 Mar 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28950365
16.
Shifting Balance on a Static Mutation-Selection Landscape: A Novel Scenario of Positive Selection.
Mol Biol Evol;
34(2): 391-407, 2017 02 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28110273
17.
Nuclear genetic codes with a different meaning of the UAG and the UAA codon.
BMC Biol;
15(1): 8, 2017 02 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28193262
18.
Smoothed Bootstrap Aggregation for Assessing Selection Pressure at Amino Acid Sites.
Mol Biol Evol;
33(11): 2976-2989, 2016 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27486222
19.
Split-specific bootstrap measures for quantifying phylogenetic stability and the influence of taxon selection.
Mol Phylogenet Evol;
105: 114-125, 2016 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27568211
20.
Bayesian long branch attraction bias and corrections.
Syst Biol;
64(2): 243-55, 2015 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25432892