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1.

Divergent genomic trajectories predate the origin of animals and fungi.

Ocaña-Pallarès, Eduard; Williams, Tom A; López-Escardó, David; Arroyo, Alicia S; Pathmanathan, Jananan S; Bapteste, Eric; Tikhonenkov, Denis V; Keeling, Patrick J; Szöllosi, Gergely J; Ruiz-Trillo, Iñaki.

Nature; 609(7928): 747-753, 2022 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36002568

2.

AleRax: a tool for gene and species tree co-estimation and reconciliation under a probabilistic model of gene duplication, transfer, and loss.

Morel, Benoit; Williams, Tom A; Stamatakis, Alexandros; Szöllosi, Gergely J.

Bioinformatics; 40(4)2024 Mar 29.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38514421

3.

Compositionally Constrained Sites Drive Long-Branch Attraction.

Szánthó, Lénárd L; Lartillot, Nicolas; Szöllosi, Gergely J; Schrempf, Dominik.

Syst Biol; 72(4): 767-780, 2023 08 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36946562

4.

Recoding Amino Acids to a Reduced Alphabet may Increase or Decrease Phylogenetic Accuracy.

Foster, Peter G; Schrempf, Dominik; Szöllosi, Gergely J; Williams, Tom A; Cox, Cymon J; Embley, T Martin.

Syst Biol; 72(3): 723-737, 2023 Jun 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35713492

5.

SpeciesRax: A Tool for Maximum Likelihood Species Tree Inference from Gene Family Trees under Duplication, Transfer, and Loss.

Morel, Benoit; Schade, Paul; Lutteropp, Sarah; Williams, Tom A; Szöllosi, Gergely J; Stamatakis, Alexandros.

Mol Biol Evol; 39(2)2022 02 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35021210

6.

Relative Time Constraints Improve Molecular Dating.

Szöllõsi, Gergely J; Höhna, Sebastian; Williams, Tom A; Schrempf, Dominik; Daubin, Vincent; Boussau, Bastien.

Syst Biol; 71(4): 797-809, 2022 06 16.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34668564

7.

Distinguishing excess mutations and increased cell death based on variant allele frequencies.

Tibély, Gergely; Schrempf, Dominik; Derényi, Imre; Szöllosi, Gergely J.

PLoS Comput Biol; 18(4): e1010048, 2022 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35468135

8.

A compartment size-dependent selective threshold limits mutation accumulation in hierarchical tissues.

Grajzel, Dániel; Derényi, Imre; Szöllosi, Gergely J.

Proc Natl Acad Sci U S A; 117(3): 1606-1611, 2020 01 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31907322

9.

Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins: Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties.

Blanquart, Samuel; Groussin, Mathieu; Le Roy, Aline; Szöllosi, Gergely J; Girard, Eric; Franzetti, Bruno; Gouy, Manolo; Madern, Dominique.

Mol Biol Evol; 38(9): 3754-3774, 2021 08 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33974066

10.

GeneRax: A Tool for Species-Tree-Aware Maximum Likelihood-Based Gene Family Tree Inference under Gene Duplication, Transfer, and Loss.

Morel, Benoit; Kozlov, Alexey M; Stamatakis, Alexandros; Szöllosi, Gergely J.

Mol Biol Evol; 37(9): 2763-2774, 2020 09 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32502238

11.

Zombi: a phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead linages.

Davín, Adrián A; Tricou, Théo; Tannier, Eric; de Vienne, Damien M; Szöllosi, Gergely J.

Bioinformatics; 36(4): 1286-1288, 2020 02 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31566657

12.

Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life.

Williams, Tom A; Szöllosi, Gergely J; Spang, Anja; Foster, Peter G; Heaps, Sarah E; Boussau, Bastien; Ettema, Thijs J G; Embley, T Martin.

Proc Natl Acad Sci U S A; 114(23): E4602-E4611, 2017 06 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28533395

13.

How Long Does Wolbachia Remain on Board?

Bailly-Bechet, Marc; Martins-Simões, Patricia; Szöllosi, Gergely J; Mialdea, Gladys; Sagot, Marie-France; Charlat, Sylvain.

Mol Biol Evol; 34(5): 1183-1193, 2017 05 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28201740

14.

ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony.

Jacox, Edwin; Chauve, Cedric; Szöllosi, Gergely J; Ponty, Yann; Scornavacca, Celine.

Bioinformatics; 32(13): 2056-8, 2016 07 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27153713

15.

Toward more accurate ancestral protein genotype-phenotype reconstructions with the use of species tree-aware gene trees.

Groussin, Mathieu; Hobbs, Joanne K; Szöllosi, Gergely J; Gribaldo, Simonetta; Arcus, Vickery L; Gouy, Manolo.

Mol Biol Evol; 32(1): 13-22, 2015 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25371435

16.

Genome-scale coestimation of species and gene trees.

Boussau, Bastien; Szöllosi, Gergely J; Duret, Laurent; Gouy, Manolo; Tannier, Eric; Daubin, Vincent.

Genome Res; 23(2): 323-30, 2013 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23132911

17.

Joint amalgamation of most parsimonious reconciled gene trees.

Scornavacca, Celine; Jacox, Edwin; Szöllosi, Gergely J.

Bioinformatics; 31(6): 841-8, 2015 Mar 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25380957

18.

The inference of gene trees with species trees.

Szöllosi, Gergely J; Tannier, Eric; Daubin, Vincent; Boussau, Bastien.

Syst Biol; 64(1): e42-62, 2015 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25070970

19.

Effective temperature of mutations.

Derényi, Imre; Szöllosi, Gergely J.

Phys Rev Lett; 114(5): 058101, 2015 Feb 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25699467

20.

Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.

Szöllosi, Gergely J; Boussau, Bastien; Abby, Sophie S; Tannier, Eric; Daubin, Vincent.

Proc Natl Acad Sci U S A; 109(43): 17513-8, 2012 Oct 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23043116

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