Detalles de la búsqueda
1.
EzMechanism: an automated tool to propose catalytic mechanisms of enzyme reactions.
Nat Methods;
20(10): 1516-1522, 2023 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37735566
2.
GRaSP-web: a machine learning strategy to predict binding sites based on residue neighborhood graphs.
Nucleic Acids Res;
50(W1): W392-W397, 2022 07 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35524575
3.
Structure-Guided Engineering of a Family IV Cold-Adapted Esterase Expands Its Substrate Range.
Int J Mol Sci;
23(9)2022 Apr 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35563094
4.
A global analysis of function and conservation of catalytic residues in enzymes.
J Biol Chem;
295(2): 314-324, 2020 01 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31796628
5.
GRaSP: a graph-based residue neighborhood strategy to predict binding sites.
Bioinformatics;
36(Suppl_2): i726-i734, 2020 12 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33381849
6.
Finding enzyme cofactors in Protein Data Bank.
Bioinformatics;
35(18): 3510-3511, 2019 09 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30759194
7.
Mechanism and Catalytic Site Atlas (M-CSA): a database of enzyme reaction mechanisms and active sites.
Nucleic Acids Res;
46(D1): D618-D623, 2018 01 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29106569
8.
Transform-MinER: transforming molecules in enzyme reactions.
Bioinformatics;
34(20): 3597-3599, 2018 10 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29762650
9.
WhichP450: a multi-class categorical model to predict the major metabolising CYP450 isoform for a compound.
J Comput Aided Mol Des;
32(4): 537-546, 2018 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29464466
10.
Predicting Regioselectivity and Lability of Cytochrome P450 Metabolism Using Quantum Mechanical Simulations.
J Chem Inf Model;
56(11): 2180-2193, 2016 11 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27753488
11.
Prediction of cytochrome P450 xenobiotic metabolism: tethered docking and reactivity derived from ligand molecular orbital analysis.
J Chem Inf Model;
53(6): 1294-305, 2013 Jun 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23701380
12.
FAst MEtabolizer (FAME): A rapid and accurate predictor of sites of metabolism in multiple species by endogenous enzymes.
J Chem Inf Model;
53(11): 2896-907, 2013 Nov 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24219364
13.
Computational prediction of metabolism: sites, products, SAR, P450 enzyme dynamics, and mechanisms.
J Chem Inf Model;
52(3): 617-48, 2012 Mar 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22339582
14.
Using mechanism similarity to understand enzyme evolution.
Biophys Rev;
14(6): 1273-1280, 2022 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36659981
15.
The Enzyme Portal: an integrative tool for enzyme information and analysis.
FEBS J;
289(19): 5875-5890, 2022 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34437766
16.
Identifying pseudoenzymes using functional annotation: pitfalls of common practice.
FEBS J;
287(19): 4128-4140, 2020 10.
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| MEDLINE | ID: mdl-31733177
17.
Computational methods and tools to predict cytochrome P450 metabolism for drug discovery.
Chem Biol Drug Des;
93(4): 377-386, 2019 04.
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| MEDLINE | ID: mdl-30471192
18.
Exploring Chemical Biosynthetic Design Space with Transform-MinER.
ACS Synth Biol;
8(11): 2494-2506, 2019 11 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31647630
19.
Exploring Enzyme Evolution from Changes in Sequence, Structure, and Function.
Methods Mol Biol;
1851: 263-275, 2019.
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| MEDLINE | ID: mdl-30298402
20.
Can the inhibition of cytochrome P450 in aquatic invertebrates due to azole fungicides be estimated with in silico and in vitro models and extrapolated between species?
Aquat Toxicol;
201: 11-20, 2018 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29859403