Búsqueda | Portal de Búsqueda de la BVS España

1.

Chromatin position effects assayed by thousands of reporters integrated in parallel.

Akhtar, Waseem; de Jong, Johann; Pindyurin, Alexey V; Pagie, Ludo; Meuleman, Wouter; de Ridder, Jeroen; Berns, Anton; Wessels, Lodewyk F A; van Lohuizen, Maarten; van Steensel, Bas.

Cell; 154(4): 914-27, 2013 Aug 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23953119

2.

Echtvar: compressed variant representation for rapid annotation and filtering of SNPs and indels.

Pedersen, Brent S; de Ridder, Jeroen.

Nucleic Acids Res; 51(1): e3, 2023 01 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36300617

3.

PolarMorphism enables discovery of shared genetic variants across multiple traits from GWAS summary statistics.

von Berg, Joanna; Ten Dam, Michelle; van der Laan, Sander W; de Ridder, Jeroen.

Bioinformatics; 38(Suppl 1): i212-i219, 2022 06 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35758773

4.

Allele-specific expression of GATA2 due to epigenetic dysregulation in CEBPA double-mutant AML.

Mulet-Lazaro, Roger; van Herk, Stanley; Erpelinck, Claudia; Bindels, Eric; Sanders, Mathijs A; Vermeulen, Carlo; Renkens, Ivo; Valk, Peter; Melnick, Ari M; de Ridder, Jeroen; Rehli, Michael; Gebhard, Claudia; Delwel, Ruud; Wouters, Bas J.

Blood; 138(2): 160-177, 2021 07 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33831168

5.

Multi-country metabolic signature discovery for chicken health classification.

Wolthuis, Joanna C; Magnúsdóttir, Stefanía; Stigter, Edwin; Tang, Yuen Fung; Jans, Judith; Gilbert, Myrthe; van der Hee, Bart; Langhout, Pim; Gerrits, Walter; Kies, Arie; de Ridder, Jeroen; van Mil, Saskia.

Metabolomics; 19(2): 9, 2023 02 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36732451

6.

WEE1 inhibitor adavosertib in combination with carboplatin in advanced TP53 mutated ovarian cancer: A biomarker-enriched phase II study.

Embaby, Alaa; Kutzera, Joachim; Geenen, Jill J; Pluim, Dick; Hofland, Ingrid; Sanders, Joyce; Lopez-Yurda, Marta; Beijnen, Jos H; Huitema, Alwin D R; Witteveen, Petronella O; Steeghs, Neeltje; van Haaften, Gijs; van Vugt, Marcel A T M; de Ridder, Jeroen; Opdam, Frans L.

Gynecol Oncol; 174: 239-246, 2023 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37236033

7.

Large-scale mutagenesis in p19(ARF)- and p53-deficient mice identifies cancer genes and their collaborative networks.

Uren, Anthony G; Kool, Jaap; Matentzoglu, Konstantin; de Ridder, Jeroen; Mattison, Jenny; van Uitert, Miranda; Lagcher, Wendy; Sie, Daoud; Tanger, Ellen; Cox, Tony; Reinders, Marcel; Hubbard, Tim J; Rogers, Jane; Jonkers, Jos; Wessels, Lodewyk; Adams, David J; van Lohuizen, Maarten; Berns, Anton.

Cell; 133(4): 727-41, 2008 May 16.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-18485879

8.

How to trust a scientist.

de Ridder, Jeroen.

Stud Hist Philos Sci; 93: 11-20, 2022 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35247820

9.

svMIL: predicting the pathogenic effect of TAD boundary-disrupting somatic structural variants through multiple instance learning.

Nieboer, Marleen M; de Ridder, Jeroen.

Bioinformatics; 36(Suppl_2): i692-i699, 2020 12 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33381833

10.

RAINFOREST: a random forest approach to predict treatment benefit in data from (failed) clinical drug trials.

Ubels, Joske; Schaefers, Tilman; Punt, Cornelis; Guchelaar, Henk-Jan; de Ridder, Jeroen.

Bioinformatics; 36(Suppl_2): i601-i609, 2020 12 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33381829

11.

MetaboShiny: interactive analysis and metabolite annotation of mass spectrometry-based metabolomics data.

Wolthuis, Joanna C; Magnusdottir, Stefania; Pras-Raves, Mia; Moshiri, Maryam; Jans, Judith J M; Burgering, Boudewijn; van Mil, Saskia; de Ridder, Jeroen.

Metabolomics; 16(9): 99, 2020 09 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32915321

12.

A data-driven interactome of synergistic genes improves network-based cancer outcome prediction.

Allahyar, Amin; Ubels, Joske; de Ridder, Jeroen.

PLoS Comput Biol; 15(2): e1006657, 2019 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30726216

13.

Molecular heterogeneity and early metastatic clone selection in testicular germ cell cancer development.

Dorssers, Lambert C J; Gillis, Ad J M; Stoop, Hans; van Marion, Ronald; Nieboer, Marleen M; van Riet, Job; van de Werken, Harmen J G; Oosterhuis, J Wolter; de Ridder, Jeroen; Looijenga, Leendert H J.

Br J Cancer; 120(4): 444-452, 2019 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30739914

14.

The deubiquitinase USP9X suppresses pancreatic ductal adenocarcinoma.

Pérez-Mancera, Pedro A; Rust, Alistair G; van der Weyden, Louise; Kristiansen, Glen; Li, Allen; Sarver, Aaron L; Silverstein, Kevin A T; Grützmann, Robert; Aust, Daniela; Rümmele, Petra; Knösel, Thomas; Herd, Colin; Stemple, Derek L; Kettleborough, Ross; Brosnan, Jacqueline A; Li, Ang; Morgan, Richard; Knight, Spencer; Yu, Jun; Stegeman, Shane; Collier, Lara S; ten Hoeve, Jelle J; de Ridder, Jeroen; Klein, Alison P; Goggins, Michael; Hruban, Ralph H; Chang, David K; Biankin, Andrew V; Grimmond, Sean M; Wessels, Lodewyk F A; Wood, Stephen A; Iacobuzio-Donahue, Christine A; Pilarsky, Christian; Largaespada, David A; Adams, David J; Tuveson, David A.

Nature; 486(7402): 266-70, 2012 Apr 29.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22699621

15.

PAX5 is a tumor suppressor in mouse mutagenesis models of acute lymphoblastic leukemia.

Dang, Jinjun; Wei, Lei; de Ridder, Jeroen; Su, Xiaoping; Rust, Alistair G; Roberts, Kathryn G; Payne-Turner, Debbie; Cheng, Jinjun; Ma, Jing; Qu, Chunxu; Wu, Gang; Song, Guangchun; Huether, Robert G; Schulman, Brenda; Janke, Laura; Zhang, Jinghui; Downing, James R; van der Weyden, Louise; Adams, David J; Mullighan, Charles G.

Blood; 125(23): 3609-17, 2015 Jun 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25855603

16.

Identifying regulatory mechanisms underlying tumorigenesis using locus expression signature analysis.

Lee, Eunjee; de Ridder, Jeroen; Kool, Jaap; Wessels, Lodewyk F A; Bussemaker, Harmen J.

Proc Natl Acad Sci U S A; 111(15): 5747-52, 2014 Apr 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24706889

17.

Chromatin landscapes of retroviral and transposon integration profiles.

de Jong, Johann; Akhtar, Waseem; Badhai, Jitendra; Rust, Alistair G; Rad, Roland; Hilkens, John; Berns, Anton; van Lohuizen, Maarten; Wessels, Lodewyk F A; de Ridder, Jeroen.

PLoS Genet; 10(4): e1004250, 2014 Apr.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24721906

18.

Insertional mutagenesis and deep profiling reveals gene hierarchies and a Myc/p53-dependent bottleneck in lymphomagenesis.

Huser, Camille A; Gilroy, Kathryn L; de Ridder, Jeroen; Kilbey, Anna; Borland, Gillian; Mackay, Nancy; Jenkins, Alma; Bell, Margaret; Herzyk, Pawel; van der Weyden, Louise; Adams, David J; Rust, Alistair G; Cameron, Ewan; Neil, James C.

PLoS Genet; 10(2): e1004167, 2014 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24586197

19.

FERAL: network-based classifier with application to breast cancer outcome prediction.

Allahyar, Amin; de Ridder, Jeroen.

Bioinformatics; 31(12): i311-9, 2015 Jun 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26072498

20.

Hi-C Chromatin Interaction Networks Predict Co-expression in the Mouse Cortex.

Babaei, Sepideh; Mahfouz, Ahmed; Hulsman, Marc; Lelieveldt, Boudewijn P F; de Ridder, Jeroen; Reinders, Marcel.

PLoS Comput Biol; 11(5): e1004221, 2015 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25965262

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