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1.

Coast-to-Coast Spread of SARS-CoV-2 during the Early Epidemic in the United States.

Fauver, Joseph R; Petrone, Mary E; Hodcroft, Emma B; Shioda, Kayoko; Ehrlich, Hanna Y; Watts, Alexander G; Vogels, Chantal B F; Brito, Anderson F; Alpert, Tara; Muyombwe, Anthony; Razeq, Jafar; Downing, Randy; Cheemarla, Nagarjuna R; Wyllie, Anne L; Kalinich, Chaney C; Ott, Isabel M; Quick, Joshua; Loman, Nicholas J; Neugebauer, Karla M; Greninger, Alexander L; Jerome, Keith R; Roychoudhury, Pavitra; Xie, Hong; Shrestha, Lasata; Huang, Meei-Li; Pitzer, Virginia E; Iwasaki, Akiko; Omer, Saad B; Khan, Kamran; Bogoch, Isaac I; Martinello, Richard A; Foxman, Ellen F; Landry, Marie L; Neher, Richard A; Ko, Albert I; Grubaugh, Nathan D.

Cell; 181(5): 990-996.e5, 2020 05 28.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32386545

2.

Characterising the epidemic spread of influenza A/H3N2 within a city through phylogenetics.

Müller, Nicola F; Wüthrich, Daniel; Goldman, Nina; Sailer, Nadine; Saalfrank, Claudia; Brunner, Myrta; Augustin, Noémi; Seth-Smith, Helena Mb; Hollenstein, Yvonne; Syedbasha, Mohammedyaseen; Lang, Daniela; Neher, Richard A; Dubuis, Olivier; Naegele, Michael; Buser, Andreas; Nickel, Christian H; Ritz, Nicole; Zeller, Andreas; Lang, Brian M; Hadfield, James; Bedford, Trevor; Battegay, Manuel; Schneider-Sliwa, Rita; Egli, Adrian; Stadler, Tanja.

PLoS Pathog; 16(11): e1008984, 2020 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33211775

3.

panX: pan-genome analysis and exploration.

Ding, Wei; Baumdicker, Franz; Neher, Richard A.

Nucleic Acids Res; 46(1): e5, 2018 01 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29077859

4.

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Alm, Erik; Broberg, Eeva K; Connor, Thomas; Hodcroft, Emma B; Komissarov, Andrey B; Maurer-Stroh, Sebastian; Melidou, Angeliki; Neher, Richard A; O'Toole, Áine; Pereyaslov, Dmitriy.

Euro Surveill; 25(32)2020 Aug.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32794443

5.

Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution.

Hadfield, James; Megill, Colin; Bell, Sidney M; Huddleston, John; Potter, Barney; Callender, Charlton; Sagulenko, Pavel; Bedford, Trevor; Neher, Richard A.

Bioinformatics; 34(23): 4121-4123, 2018 12 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29790939

6.

Prediction, dynamics, and visualization of antigenic phenotypes of seasonal influenza viruses.

Neher, Richard A; Bedford, Trevor; Daniels, Rodney S; Russell, Colin A; Shraiman, Boris I.

Proc Natl Acad Sci U S A; 113(12): E1701-9, 2016 Mar 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26951657

7.

Real-Time Analysis and Visualization of Pathogen Sequence Data.

Neher, Richard A; Bedford, Trevor.

J Clin Microbiol; 56(11)2018 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30135232

8.

Colistin susceptibility test evaluation of multiple-resistance-level Pseudomonas aeruginosa isolates generated in a morbidostat device.

Javed, Mumina; Ueltzhoeffer, Viola; Heinrich, Maximilian; Siegrist, Hans Justus; Wildermuth, Ronja; Lorenz, Freia-Raphaella; Neher, Richard A; Willmann, Matthias.

J Antimicrob Chemother; 73(12): 3368-3374, 2018 12 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30137346

9.

HIV Cell-to-Cell Spread Results in Earlier Onset of Viral Gene Expression by Multiple Infections per Cell.

Boullé, Mikaël; Müller, Thorsten G; Dähling, Sabrina; Ganga, Yashica; Jackson, Laurelle; Mahamed, Deeqa; Oom, Lance; Lustig, Gila; Neher, Richard A; Sigal, Alex.

PLoS Pathog; 12(11): e1005964, 2016 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27812216

10.

Sampling bias and incorrect rooting make phylogenetic network tracing of SARS-COV-2 infections unreliable.

Mavian, Carla; Pond, Sergei Kosakovsky; Marini, Simone; Magalis, Brittany Rife; Vandamme, Anne-Mieke; Dellicour, Simon; Scarpino, Samuel V; Houldcroft, Charlotte; Villabona-Arenas, Julian; Paisie, Taylor K; Trovão, Nídia S; Boucher, Christina; Zhang, Yun; Scheuermann, Richard H; Gascuel, Olivier; Lam, Tommy Tsan-Yuk; Suchard, Marc A; Abecasis, Ana; Wilkinson, Eduan; de Oliveira, Tulio; Bento, Ana I; Schmidt, Heiko A; Martin, Darren; Hadfield, James; Faria, Nuno; Grubaugh, Nathan D; Neher, Richard A; Baele, Guy; Lemey, Philippe; Stadler, Tanja; Albert, Jan; Crandall, Keith A; Leitner, Thomas; Stamatakis, Alexandros; Prosperi, Mattia; Salemi, Marco.

Proc Natl Acad Sci U S A; 117(23): 12522-12523, 2020 06 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32381734

11.

Rapid and Consistent Evolution of Colistin Resistance in Extensively Drug-Resistant Pseudomonas aeruginosa during Morbidostat Culture.

Dößelmann, Bianca; Willmann, Matthias; Steglich, Matthias; Bunk, Boyke; Nübel, Ulrich; Peter, Silke; Neher, Richard A.

Antimicrob Agents Chemother; 61(9)2017 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28630206

12.

Genetic diversity in the interference selection limit.

Good, Benjamin H; Walczak, Aleksandra M; Neher, Richard A; Desai, Michael M.

PLoS Genet; 10(3): e1004222, 2014 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24675740

13.

nextflu: real-time tracking of seasonal influenza virus evolution in humans.

Neher, Richard A; Bedford, Trevor.

Bioinformatics; 31(21): 3546-8, 2015 Nov 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26115986

14.

Genealogies of rapidly adapting populations.

Neher, Richard A; Hallatschek, Oskar.

Proc Natl Acad Sci U S A; 110(2): 437-42, 2013 Jan 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23269838

15.

Coalescence and genetic diversity in sexual populations under selection.

Neher, Richard A; Kessinger, Taylor A; Shraiman, Boris I.

Proc Natl Acad Sci U S A; 110(39): 15836-41, 2013 Sep 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24019480

16.

Quantifying the range of a lipid phosphate signal in vivo.

Mukherjee, Amrita; Neher, Richard A; Renault, Andrew D.

J Cell Sci; 126(Pt 23): 5453-64, 2013 Dec 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24006260

17.

Quantifying selection against synonymous mutations in HIV-1 env evolution.

Zanini, Fabio; Neher, Richard A.

J Virol; 87(21): 11843-50, 2013 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23986591

18.

Correlated evolution of nearby residues in Drosophilid proteins.

Callahan, Benjamin; Neher, Richard A; Bachtrog, Doris; Andolfatto, Peter; Shraiman, Boris I.

PLoS Genet; 7(2): e1001315, 2011 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21383965

19.

FFPopSim: an efficient forward simulation package for the evolution of large populations.

Zanini, Fabio; Neher, Richard A.

Bioinformatics; 28(24): 3332-3, 2012 Dec 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23097421

20.

Mathematical modeling of escape of HIV from cytotoxic T lymphocyte responses.

Ganusov, Vitaly V; Neher, Richard A; Perelson, Alan S.

J Stat Mech; 2013: P01010, 2013 Jan 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24660019

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