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1.

RNase III nucleases from diverse kingdoms serve as antiviral effectors.

Aguado, Lauren C; Schmid, Sonja; May, Jared; Sabin, Leah R; Panis, Maryline; Blanco-Melo, Daniel; Shim, Jaehee V; Sachs, David; Cherry, Sara; Simon, Anne E; Levraud, Jean-Pierre; tenOever, Benjamin R.

Nature; 547(7661): 114-117, 2017 07 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28658212

2.

Opium poppy mosaic virus has an Xrn-resistant, translated subgenomic RNA and a BTE 3' CITE.

Ilyas, Muhammad; Du, Zhiyou; Simon, Anne E.

J Virol; 2021 Feb 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33597210

3.

RNA virus evasion of nonsense-mediated decay.

May, Jared P; Yuan, Xuefeng; Sawicki, Erika; Simon, Anne E.

PLoS Pathog; 14(11): e1007459, 2018 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30452463

4.

Unusual dicistronic expression from closely spaced initiation codons in an umbravirus subgenomic RNA.

Gao, Feng; Alekhina, Olga M; Vassilenko, Konstantin S; Simon, Anne E.

Nucleic Acids Res; 46(22): 11726-11742, 2018 12 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30272199

5.

RNA2Drawer: geometrically strict drawing of nucleic acid structures with graphical structure editing and highlighting of complementary subsequences.

Johnson, Philip Z; Kasprzak, Wojciech K; Shapiro, Bruce A; Simon, Anne E.

RNA Biol; 16(12): 1667-1671, 2019 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31441369

6.

Concerted action of two 3' cap-independent translation enhancers increases the competitive strength of translated viral genomes.

Du, Zhiyou; Alekhina, Olga M; Vassilenko, Konstantin S; Simon, Anne E.

Nucleic Acids Res; 45(16): 9558-9572, 2017 Sep 19.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28934492

7.

A Sequence-Independent, Unstructured Internal Ribosome Entry Site Is Responsible for Internal Expression of the Coat Protein of Turnip Crinkle Virus.

May, Jared; Johnson, Philip; Saleem, Huma; Simon, Anne E.

J Virol; 91(8)2017 04 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28179526

8.

3' cap-independent translation enhancers of plant viruses.

Simon, Anne E; Miller, W Allen.

Annu Rev Microbiol; 67: 21-42, 2013.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23682606

9.

Multiple Cis-acting elements modulate programmed -1 ribosomal frameshifting in Pea enation mosaic virus.

Gao, Feng; Simon, Anne E.

Nucleic Acids Res; 44(2): 878-95, 2016 Jan 29.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26578603

10.

An RNA Element That Facilitates Programmed Ribosomal Readthrough in Turnip Crinkle Virus Adopts Multiple Conformations.

Kuhlmann, Micki M; Chattopadhyay, Maitreyi; Stupina, Vera A; Gao, Feng; Simon, Anne E.

J Virol; 90(19): 8575-91, 2016 10 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27440887

11.

Combined single molecule experimental and computational approaches for understanding the unfolding pathway of a viral translation enhancer that participates in a conformational switch.

Le, My-Tra; Kasprzak, Wojciech K; Shapiro, Bruce A; Simon, Anne E.

RNA Biol; 14(11): 1466-1472, 2017 11 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28548627

12.

Trajectories of the ribosome as a Brownian nanomachine.

Dashti, Ali; Schwander, Peter; Langlois, Robert; Fung, Russell; Li, Wen; Hosseinizadeh, Ahmad; Liao, Hstau Y; Pallesen, Jesper; Sharma, Gyanesh; Stupina, Vera A; Simon, Anne E; Dinman, Jonathan D; Frank, Joachim; Ourmazd, Abbas.

Proc Natl Acad Sci U S A; 111(49): 17492-7, 2014 Dec 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25422471

13.

Requirement for Host RNA-Silencing Components and the Virus-Silencing Suppressor when Second-Site Mutations Compensate for Structural Defects in the 3' Untranslated Region.

Chattopadhyay, Maitreyi; Stupina, Vera A; Gao, Feng; Szarko, Christine R; Kuhlmann, Micki M; Yuan, Xuefeng; Shi, Kerong; Simon, Anne E.

J Virol; 89(22): 11603-18, 2015 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26355083

14.

The 3' untranslated region of Pea Enation Mosaic Virus contains two T-shaped, ribosome-binding, cap-independent translation enhancers.

Gao, Feng; Kasprzak, Wojciech K; Szarko, Christine; Shapiro, Bruce A; Simon, Anne E.

J Virol; 88(20): 11696-712, 2014 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25100834

15.

The kissing-loop T-shaped structure translational enhancer of Pea enation mosaic virus can bind simultaneously to ribosomes and a 5' proximal hairpin.

Gao, Feng; Gulay, Suna P; Kasprzak, Wojciech; Dinman, Jonathan D; Shapiro, Bruce A; Simon, Anne E.

J Virol; 87(22): 11987-2002, 2013 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23986599

16.

A local, interactive network of 3' RNA elements supports translation and replication of Turnip crinkle virus.

Yuan, Xuefeng; Shi, Kerong; Simon, Anne E.

J Virol; 86(8): 4065-81, 2012 Apr.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22345459

17.

A ribosome-binding, 3' translational enhancer has a T-shaped structure and engages in a long-distance RNA-RNA interaction.

Gao, Feng; Kasprzak, Wojciech; Stupina, Vera A; Shapiro, Bruce A; Simon, Anne E.

J Virol; 86(18): 9828-42, 2012 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22761367

18.

Solution structure of the cap-independent translational enhancer and ribosome-binding element in the 3' UTR of turnip crinkle virus.

Zuo, Xiaobing; Wang, Jinbu; Yu, Ping; Eyler, Dan; Xu, Huan; Starich, Mary R; Tiede, David M; Simon, Anne E; Kasprzak, Wojciech; Schwieters, Charles D; Shapiro, Bruce A; Wang, Yun-Xing.

Proc Natl Acad Sci U S A; 107(4): 1385-90, 2010 Jan 26.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20080629

19.

Ribosome binding to a 5' translational enhancer is altered in the presence of the 3' untranslated region in cap-independent translation of turnip crinkle virus.

Stupina, Vera A; Yuan, Xuefeng; Meskauskas, Arturas; Dinman, Jonathan D; Simon, Anne E.

J Virol; 85(10): 4638-53, 2011 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21389125

20.

The 3' end of Turnip crinkle virus contains a highly interactive structure including a translational enhancer that is disrupted by binding to the RNA-dependent RNA polymerase.

Yuan, Xuefeng; Shi, Kerong; Meskauskas, Arturas; Simon, Anne E.

RNA; 15(10): 1849-64, 2009 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19656866

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