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1.

Genome-wide CRISPR Screens Reveal Host Factors Critical for SARS-CoV-2 Infection.

Wei, Jin; Alfajaro, Mia Madel; DeWeirdt, Peter C; Hanna, Ruth E; Lu-Culligan, William J; Cai, Wesley L; Strine, Madison S; Zhang, Shang-Min; Graziano, Vincent R; Schmitz, Cameron O; Chen, Jennifer S; Mankowski, Madeleine C; Filler, Renata B; Ravindra, Neal G; Gasque, Victor; de Miguel, Fernando J; Patil, Ajinkya; Chen, Huacui; Oguntuyo, Kasopefoluwa Y; Abriola, Laura; Surovtseva, Yulia V; Orchard, Robert C; Lee, Benhur; Lindenbach, Brett D; Politi, Katerina; van Dijk, David; Kadoch, Cigall; Simon, Matthew D; Yan, Qin; Doench, John G; Wilen, Craig B.

Cell; 184(1): 76-91.e13, 2021 01 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33147444

2.

Antisense lncRNA Transcription Mediates DNA Demethylation to Drive Stochastic Protocadherin α Promoter Choice.

Canzio, Daniele; Nwakeze, Chiamaka L; Horta, Adan; Rajkumar, Sandy M; Coffey, Eliot L; Duffy, Erin E; Duffié, Rachel; Monahan, Kevin; O'Keeffe, Sean; Simon, Matthew D; Lomvardas, Stavros; Maniatis, Tom.

Cell; 177(3): 639-653.e15, 2019 04 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30955885

3.

A chromatin-dependent role of the fragile X mental retardation protein FMRP in the DNA damage response.

Alpatov, Roman; Lesch, Bluma J; Nakamoto-Kinoshita, Mika; Blanco, Andres; Chen, Shuzhen; Stützer, Alexandra; Armache, Karim J; Simon, Matthew D; Xu, Chao; Ali, Muzaffar; Murn, Jernej; Prisic, Sladjana; Kutateladze, Tatiana G; Vakoc, Christopher R; Min, Jinrong; Kingston, Robert E; Fischle, Wolfgang; Warren, Stephen T; Page, David C; Shi, Yang.

Cell; 157(4): 869-81, 2014 May 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24813610

4.

Hyperosmotic stress alters the RNA polymerase II interactome and induces readthrough transcription despite widespread transcriptional repression.

Rosa-Mercado, Nicolle A; Zimmer, Joshua T; Apostolidi, Maria; Rinehart, Jesse; Simon, Matthew D; Steitz, Joan A.

Mol Cell; 2020 Dec 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33400923

5.

p53 Activates the Long Noncoding RNA Pvt1b to Inhibit Myc and Suppress Tumorigenesis.

Olivero, Christiane E; Martínez-Terroba, Elena; Zimmer, Joshua; Liao, Clara; Tesfaye, Ephrath; Hooshdaran, Nima; Schofield, Jeremy A; Bendor, Jordan; Fang, Dorthy; Simon, Matthew D; Zamudio, Jesse R; Dimitrova, Nadya.

Mol Cell; 77(4): 761-774.e8, 2020 02 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31973890

6.

Polycomb proteins remain bound to chromatin and DNA during DNA replication in vitro.

Francis, Nicole J; Follmer, Nicole E; Simon, Matthew D; Aghia, George; Butler, Jeffrey D.

Cell; 137(1): 110-22, 2009 Apr 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19303136

7.

Jumonji modulates polycomb activity and self-renewal versus differentiation of stem cells.

Shen, Xiaohua; Kim, Woojin; Fujiwara, Yuko; Simon, Matthew D; Liu, Yingchun; Mysliwiec, Matthew R; Yuan, Guo-Cheng; Lee, Youngsook; Orkin, Stuart H.

Cell; 139(7): 1303-14, 2009 Dec 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20064376

8.

m⁶A mRNA methylation controls T cell homeostasis by targeting the IL-7/STAT5/SOCS pathways.

Li, Hua-Bing; Tong, Jiyu; Zhu, Shu; Batista, Pedro J; Duffy, Erin E; Zhao, Jun; Bailis, Will; Cao, Guangchao; Kroehling, Lina; Chen, Yuanyuan; Wang, Geng; Broughton, James P; Chen, Y Grace; Kluger, Yuval; Simon, Matthew D; Chang, Howard Y; Yin, Zhinan; Flavell, Richard A.

Nature; 548(7667): 338-342, 2017 08 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28792938

9.

Tracking Distinct RNA Populations Using Efficient and Reversible Covalent Chemistry.

Duffy, Erin E; Rutenberg-Schoenberg, Michael; Stark, Catherine D; Kitchen, Robert R; Gerstein, Mark B; Simon, Matthew D.

Mol Cell; 59(5): 858-66, 2015 Sep 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26340425

10.

The long noncoding RNAs NEAT1 and MALAT1 bind active chromatin sites.

West, Jason A; Davis, Christopher P; Sunwoo, Hongjae; Simon, Matthew D; Sadreyev, Ruslan I; Wang, Peggy I; Tolstorukov, Michael Y; Kingston, Robert E.

Mol Cell; 55(5): 791-802, 2014 Sep 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25155612

11.

TimeLapse-seq: adding a temporal dimension to RNA sequencing through nucleoside recoding.

Schofield, Jeremy A; Duffy, Erin E; Kiefer, Lea; Sullivan, Meaghan C; Simon, Matthew D.

Nat Methods; 15(3): 221-225, 2018 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29355846

12.

Carbodiimide reagents for the chemical probing of RNA structure in cells.

Wang, Peter Y; Sexton, Alec N; Culligan, William J; Simon, Matthew D.

RNA; 25(1): 135-146, 2019 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30389828

13.

LSD2/KDM1B and its cofactor NPAC/GLYR1 endow a structural and molecular model for regulation of H3K4 demethylation.

Fang, Rui; Chen, Fei; Dong, Zhenghong; Hu, Di; Barbera, Andrew J; Clark, Erin A; Fang, Jian; Yang, Ying; Mei, Pinchao; Rutenberg, Michael; Li, Ze; Zhang, Ying; Xu, Youwei; Yang, Huirong; Wang, Ping; Simon, Matthew D; Zhou, Qiongjie; Li, Jing; Marynick, Mark P; Li, Xiaotian; Lu, Haojie; Kaiser, Ursula B; Kingston, Robert E; Xu, Yanhui; Shi, Yujiang Geno.

Mol Cell; 49(3): 558-70, 2013 Feb 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23260659

14.

Solid phase chemistry to covalently and reversibly capture thiolated RNA.

Duffy, Erin E; Canzio, Daniele; Maniatis, Tom; Simon, Matthew D.

Nucleic Acids Res; 46(14): 6996-7005, 2018 08 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29986098

15.

Global Profiling of Cellular Substrates of Human Dcp2.

Luo, Yang; Schofield, Jeremy A; Simon, Matthew D; Slavoff, Sarah A.

Biochemistry; 59(43): 4176-4188, 2020 Nov 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32365300

16.

The NBDY Microprotein Regulates Cellular RNA Decapping.

Na, Zhenkun; Luo, Yang; Schofield, Jeremy A; Smelyansky, Stephanie; Khitun, Alexandra; Muthukumar, Sowndarya; Valkov, Eugene; Simon, Matthew D; Slavoff, Sarah A.

Biochemistry; 59(42): 4131-4142, 2020 Oct 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33059440

17.

Reengineering a tRNA Methyltransferase To Covalently Capture New RNA Substrates.

Smith, Tyler S; Zoltek, Madeline A; Simon, Matthew D.

J Am Chem Soc; 141(44): 17460-17465, 2019 Nov 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31626536

18.

The Properties of Long Noncoding RNAs That Regulate Chromatin.

Rutenberg-Schoenberg, Michael; Sexton, Alec N; Simon, Matthew D.

Annu Rev Genomics Hum Genet; 17: 69-94, 2016 08 31.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27147088

19.

High-resolution Xist binding maps reveal two-step spreading during X-chromosome inactivation.

Simon, Matthew D; Pinter, Stefan F; Fang, Rui; Sarma, Kavitha; Rutenberg-Schoenberg, Michael; Bowman, Sarah K; Kesner, Barry A; Maier, Verena K; Kingston, Robert E; Lee, Jeannie T.

Nature; 504(7480): 465-469, 2013 Dec 19.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24162848

20.

Chromodomain-mediated oligomerization of HP1 suggests a nucleosome-bridging mechanism for heterochromatin assembly.

Canzio, Daniele; Chang, Evelyn Y; Shankar, Smita; Kuchenbecker, Kristopher M; Simon, Matthew D; Madhani, Hiten D; Narlikar, Geeta J; Al-Sady, Bassem.

Mol Cell; 41(1): 67-81, 2011 Jan 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21211724

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