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1.

First step toward gene expression data integration: transcriptomic data acquisition with COMMAND>_.

Moretto, Marco; Sonego, Paolo; Villaseñor-Altamirano, Ana B; Engelen, Kristof.

BMC Bioinformatics; 20(1): 54, 2019 Jan 28.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30691411

2.

COLOMBOS v3.0: leveraging gene expression compendia for cross-species analyses.

Moretto, Marco; Sonego, Paolo; Dierckxsens, Nicolas; Brilli, Matteo; Bianco, Luca; Ledezma-Tejeida, Daniela; Gama-Castro, Socorro; Galardini, Marco; Romualdi, Chiara; Laukens, Kris; Collado-Vides, Julio; Meysman, Pieter; Engelen, Kristof.

Nucleic Acids Res; 44(D1): D620-3, 2016 Jan 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26586805

3.

Dual RNA-Seq of Lysobacter capsici AZ78 - Phytophthora infestans interaction shows the implementation of attack strategies by the bacterium and unsuccessful oomycete defense responses.

Tomada, Selena; Sonego, Paolo; Moretto, Marco; Engelen, Kristof; Pertot, Ilaria; Perazzolli, Michele; Puopolo, Gerardo.

Environ Microbiol; 19(10): 4113-4125, 2017 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28745426

4.

Molecular analysis of the early interaction between the grapevine flower and Botrytis cinerea reveals that prompt activation of specific host pathways leads to fungus quiescence.

Haile, Zeraye Mehari; Pilati, Stefania; Sonego, Paolo; Malacarne, Giulia; Vrhovsek, Urska; Engelen, Kristof; Tudzynski, Paul; Zottini, Michela; Baraldi, Elena; Moser, Claudio.

Plant Cell Environ; 40(8): 1409-1428, 2017 Aug.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28239986

5.

COLOMBOS v2.0: an ever expanding collection of bacterial expression compendia.

Meysman, Pieter; Sonego, Paolo; Bianco, Luca; Fu, Qiang; Ledezma-Tejeida, Daniela; Gama-Castro, Socorro; Liebens, Veerle; Michiels, Jan; Laukens, Kris; Marchal, Kathleen; Collado-Vides, Julio; Engelen, Kristof.

Nucleic Acids Res; 42(Database issue): D649-53, 2014 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24214998

6.

Whole genome methylation profiles as independent markers of survival in stage IIIC melanoma patients.

Sigalotti, Luca; Covre, Alessia; Fratta, Elisabetta; Parisi, Giulia; Sonego, Paolo; Colizzi, Francesca; Coral, Sandra; Massarut, Samuele; Kirkwood, John M; Maio, Michele.

J Transl Med; 10: 185, 2012 Sep 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22950745

7.

ROC analysis: applications to the classification of biological sequences and 3D structures.

Sonego, Paolo; Kocsor, András; Pongor, Sándor.

Brief Bioinform; 9(3): 198-209, 2008 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-18192302

8.

A Protein Classification Benchmark collection for machine learning.

Sonego, Paolo; Pacurar, Mircea; Dhir, Somdutta; Kertész-Farkas, Attila; Kocsor, András; Gáspári, Zoltán; Leunissen, Jack A M; Pongor, Sándor.

Nucleic Acids Res; 35(Database issue): D232-6, 2007 Jan.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17142240

9.

Transcriptome Profiles of Strawberry (Fragaria vesca) Fruit Interacting With Botrytis cinerea at Different Ripening Stages.

Haile, Zeraye Mehari; Nagpala-De Guzman, Ellaine Grace; Moretto, Marco; Sonego, Paolo; Engelen, Kristof; Zoli, Lisa; Moser, Claudio; Baraldi, Elena.

Front Plant Sci; 10: 1131, 2019.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31620156

10.

Dual Transcriptome and Metabolic Analysis of Vitis vinifera cv. Pinot Noir Berry and Botrytis cinerea During Quiescence and Egressed Infection.

Haile, Zeraye Mehari; Malacarne, Giulia; Pilati, Stefania; Sonego, Paolo; Moretto, Marco; Masuero, Domenico; Vrhovsek, Urska; Engelen, Kristof; Baraldi, Elena; Moser, Claudio.

Front Plant Sci; 10: 1704, 2019.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32082332

11.

Benchmarking protein classification algorithms via supervised cross-validation.

Kertész-Farkas, Attila; Dhir, Somdutta; Sonego, Paolo; Pacurar, Mircea; Netoteia, Sergiu; Nijveen, Harm; Kuzniar, Arnold; Leunissen, Jack A M; Kocsor, András; Pongor, Sándor.

J Biochem Biophys Methods; 70(6): 1215-23, 2008 Apr 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17604112

12.

Discovering Causal Relationships in Grapevine Expression Data to Expand Gene Networks. A Case Study: Four Networks Related to Climate Change.

Malacarne, Giulia; Pilati, Stefania; Valentini, Samuel; Asnicar, Francesco; Moretto, Marco; Sonego, Paolo; Masera, Luca; Cavecchia, Valter; Blanzieri, Enrico; Moser, Claudio.

Front Plant Sci; 9: 1385, 2018.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30298082

13.

The genome sequence and transcriptome of Potentilla micrantha and their comparison to Fragaria vesca (the woodland strawberry).

Buti, Matteo; Moretto, Marco; Barghini, Elena; Mascagni, Flavia; Natali, Lucia; Brilli, Matteo; Lomsadze, Alexandre; Sonego, Paolo; Giongo, Lara; Alonge, Michael; Velasco, Riccardo; Varotto, Claudio; Surbanovski, Nada; Borodovsky, Mark; Ward, Judson A; Engelen, Kristof; Cavallini, Andrea; Cestaro, Alessandro; Sargent, Daniel James.

Gigascience; 7(4): 1-14, 2018 04 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29659812

14.

Abscisic Acid Is a Major Regulator of Grape Berry Ripening Onset: New Insights into ABA Signaling Network.

Pilati, Stefania; Bagagli, Giorgia; Sonego, Paolo; Moretto, Marco; Brazzale, Daniele; Castorina, Giulia; Simoni, Laura; Tonelli, Chiara; Guella, Graziano; Engelen, Kristof; Galbiati, Massimo; Moser, Claudio.

Front Plant Sci; 8: 1093, 2017.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28680438

15.

Surface-antigen expression profiling of B cell chronic lymphocytic leukemia: from the signature of specific disease subsets to the identification of markers with prognostic relevance.

Zucchetto, Antonella; Sonego, Paolo; Degan, Massimo; Bomben, Riccardo; Dal Bo, Michele; Bulian, Pietro; Benedetti, Dania; Rupolo, Maurizio; Del Poeta, Giovanni; Campanini, Renato; Gattei, Valter.

J Transl Med; 4: 11, 2006 Mar 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-16509989

16.

Complete genome sequence of Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum S499, a rhizobacterium that triggers plant defences and inhibits fungal phytopathogens.

Molinatto, Giulia; Puopolo, Gerardo; Sonego, Paolo; Moretto, Marco; Engelen, Kristof; Viti, Carlo; Ongena, Marc; Pertot, Ilaria.

J Biotechnol; 238: 56-59, 2016 Nov 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27671697

17.

The Lysobacter capsici AZ78 Genome Has a Gene Pool Enabling it to Interact Successfully with Phytopathogenic Microorganisms and Environmental Factors.

Puopolo, Gerardo; Tomada, Selena; Sonego, Paolo; Moretto, Marco; Engelen, Kristof; Perazzolli, Michele; Pertot, Ilaria.

Front Microbiol; 7: 96, 2016.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26903975

18.

VESPUCCI: Exploring Patterns of Gene Expression in Grapevine.

Moretto, Marco; Sonego, Paolo; Pilati, Stefania; Malacarne, Giulia; Costantini, Laura; Grzeskowiak, Lukasz; Bagagli, Giorgia; Grando, Maria Stella; Moser, Claudio; Engelen, Kristof.

Front Plant Sci; 7: 633, 2016.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27242836

19.

Insights into the Role of the Berry-Specific Ethylene Responsive Factor VviERF045.

Leida, Carmen; Dal Rì, Antonio; Dalla Costa, Lorenza; Gómez, Maria D; Pompili, Valerio; Sonego, Paolo; Engelen, Kristof; Masuero, Domenico; Ríos, Gabino; Moser, Claudio.

Front Plant Sci; 7: 1793, 2016.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28018369

20.

Surface-antigen expression profiling (SEP) in B-cell chronic lymphocytic leukemia (B-CLL): Identification of markers with prognostic relevance.

Zucchetto, Antonella; Sonego, Paolo; Degan, Massimo; Bomben, Riccardo; Dal Bo, Michele; Russo, Stefania; Attadia, Vincenza; Rupolo, Maurizio; Buccisano, Francesco; Steffan, Agostino; Del Poeta, Giovanni; Pucillo, Carlo; Colombatti, Alfonso; Campanini, Renato; Gattei, Valter.

J Immunol Methods; 305(1): 20-32, 2005 Oct 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-16198366

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