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1.

Dynamics and Dispersal of Local HIV Epidemics Within San Diego and Across The San Diego-Tijuana Border.

Vrancken, Bram; Mehta, Sanjay R; Ávila-Ríos, Santiago; García-Morales, Claudia; Tapia-Trejo, Daniela; Reyes-Terán, Gustavo; Navarro-Álvarez, Samuel; Little, Susan J; Hoenigl, Martin; Pines, Heather A; Patterson, Thomas; Strathdee, Steffanie A; Smith, Davey M; Dellicour, Simon; Chaillon, Antoine.

Clin Infect Dis; 2020 Oct 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33079188

2.

Genomic Epidemiology of 2015-2016 Zika Virus Outbreak in Cape Verde.

Faye, Oumar; de Lourdes Monteiro, Maria; Vrancken, Bram; Prot, Matthieu; Lequime, Sebastian; Diarra, Maryam; Ndiaye, Oumar; Valdez, Tomas; Tavarez, Sandra; Ramos, Jessica; da Veiga Leal, Silvânia; Pires, Cecilio; Moreira, Antonio; Tavares, Maria Filomena; Fernandes, Linete; Barreto, Jorge Noel; do Céu Teixeira, Maria; de Lima Mendonça, Maria da Luz; Gomes, Carolina Cardoso da Silva Leite; Castellon, Mariano Salazar; Ma, Laurence; Lemoine, Frédéric; Gámbaro-Roglia, Fabiana; Delaune, Déborah; Fall, Gamou; Fall, Ibrahima Socé; Diop, Mamadou; Sakuntabhai, Anavaj; Loucoubar, Cheikh; Lemey, Philippe; Holmes, Edward C; Faye, Ousmane; Sall, Amadou Alpha; Simon-Loriere, Etienne.

Emerg Infect Dis; 26(6): 1084-1090, 2020 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32441631

3.

Evaluating predictive markers for viral rebound and safety assessment in blood and lumbar fluid during HIV-1 treatment interruption.

De Scheerder, Marie-Angélique; Van Hecke, Clarissa; Zetterberg, Henrik; Fuchs, Dietmar; De Langhe, Nele; Rutsaert, Sofie; Vrancken, Bram; Trypsteen, Wim; Noppe, Ytse; Van Der Gucht, Bea; Pelgrom, Jolanda; Van Wanzeele, Filip; Palmer, Sarah; Lemey, Philippe; Gisslén, Magnus; Vandekerckhove, Linos.

J Antimicrob Chemother; 75(5): 1311-1320, 2020 May 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32053203

4.

Comparative Circulation Dynamics of the Five Main HIV Types in China.

Vrancken, Bram; Zhao, Bin; Li, Xingguang; Han, Xiaoxu; Liu, Haizhou; Zhao, Jin; Zhong, Ping; Lin, Yi; Zai, Junjie; Liu, Mingchen; Smith, Davey M; Dellicour, Simon; Chaillon, Antoine.

J Virol; 94(23)2020 11 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32938762

5.

Transmission dynamics of re-emerging rabies in domestic dogs of rural China.

Tian, Huaiyu; Feng, Yun; Vrancken, Bram; Cazelles, Bernard; Tan, Hua; Gill, Mandev S; Yang, Qiqi; Li, Yidan; Yang, Weihong; Zhang, Yuzhen; Zhang, Yunzhi; Lemey, Philippe; Pybus, Oliver G; Stenseth, Nils Chr; Zhang, Hailin; Dellicour, Simon.

PLoS Pathog; 14(12): e1007392, 2018 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30521641

6.

Increasing importance of European lineages in seeding the hepatitis C virus subtype 1a epidemic in Spain.

Pérez, Ana Belen; Vrancken, Bram; Chueca, Natalia; Aguilera, Antonio; Reina, Gabriel; García-Del Toro, Miguel; Vera, Francisco; Von Wichman, Miguel Angel; Arenas, Juan Ignacio; Téllez, Francisco; Pineda, Juan A; Omar, Mohamed; Bernal, Enrique; Rivero-Juárez, Antonio; Fernández-Fuertes, Elisa; de la Iglesia, Alberto; Pascasio, Juan Manuel; Lemey, Philippe; Garcia, Féderico; Cuypers, Lize.

Euro Surveill; 24(9)2019 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30862327

7.

Discovery and genome characterization of three new Jeilongviruses, a lineage of paramyxoviruses characterized by their unique membrane proteins.

Vanmechelen, Bert; Bletsa, Magda; Laenen, Lies; Lopes, Ana Rita; Vergote, Valentijn; Beller, Leen; Deboutte, Ward; Korva, Misa; Avsic Zupanc, Tatjana; Goüy de Bellocq, Joëlle; Gryseels, Sophie; Leirs, Herwig; Lemey, Philippe; Vrancken, Bram; Maes, Piet.

BMC Genomics; 19(1): 617, 2018 Aug 16.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30115009

8.

Implications of hepatitis C virus subtype 1a migration patterns for virus genetic sequencing policies in Italy.

Cuypers, Lize; Vrancken, Bram; Fabeni, Lavinia; Marascio, Nadia; Cento, Valeria; Di Maio, Velia Chiara; Aragri, Marianna; Pineda-Peña, Andrea Clemencia; Schrooten, Yoeri; Van Laethem, Kristel; Balog, Daniel; Focà, Alfredo; Torti, Carlo; Nevens, Frederik; Perno, Carlo Federico; Vandamme, Anne-Mieke; Ceccherini-Silberstein, Francesca.

BMC Evol Biol; 17(1): 70, 2017 03 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28270091

9.

SpreaD3: Interactive Visualization of Spatiotemporal History and Trait Evolutionary Processes.

Bielejec, Filip; Baele, Guy; Vrancken, Bram; Suchard, Marc A; Rambaut, Andrew; Lemey, Philippe.

Mol Biol Evol; 33(8): 2167-9, 2016 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27189542

10.

Cross-border spread, lineage displacement and evolutionary rate estimation of rabies virus in Yunnan Province, China.

Zhang, Yuzhen; Vrancken, Bram; Feng, Yun; Dellicour, Simon; Yang, Qiqi; Yang, Weihong; Zhang, Yunzhi; Dong, Lu; Pybus, Oliver G; Zhang, Hailin; Tian, Huaiyu.

Virol J; 14(1): 102, 2017 06 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28578663

11.

Distinct Effects of T-705 (Favipiravir) and Ribavirin on Influenza Virus Replication and Viral RNA Synthesis.

Vanderlinden, Evelien; Vrancken, Bram; Van Houdt, Jeroen; Rajwanshi, Vivek K; Gillemot, Sarah; Andrei, Graciela; Lemey, Philippe; Naesens, Lieve.

Antimicrob Agents Chemother; 60(11): 6679-6691, 2016 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27572398

12.

Contribution of Epidemiological Predictors in Unraveling the Phylogeographic History of HIV-1 Subtype C in Brazil.

Gräf, Tiago; Vrancken, Bram; Maletich Junqueira, Dennis; de Medeiros, Rúbia Marília; Suchard, Marc A; Lemey, Philippe; Esteves de Matos Almeida, Sabrina; Pinto, Aguinaldo Roberto.

J Virol; 89(24): 12341-8, 2015 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26423943

13.

Detection of Natural Resistance-Associated Substitutions by Ion Semiconductor Technology in HCV1b Positive, Direct-Acting Antiviral Agents-Naïve Patients.

Marascio, Nadia; Pavia, Grazia; Strazzulla, Alessio; Dierckx, Tim; Cuypers, Lize; Vrancken, Bram; Barreca, Giorgio Settimo; Mirante, Teresa; Malanga, Donatella; Oliveira, Duarte Mendes; Vandamme, Anne-Mieke; Torti, Carlo; Liberto, Maria Carla; Focà, Alfredo.

Int J Mol Sci; 17(9)2016 08 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27618896

14.

The genealogical population dynamics of HIV-1 in a large transmission chain: bridging within and among host evolutionary rates.

Vrancken, Bram; Rambaut, Andrew; Suchard, Marc A; Drummond, Alexei; Baele, Guy; Derdelinckx, Inge; Van Wijngaerden, Eric; Vandamme, Anne-Mieke; Van Laethem, Kristel; Lemey, Philippe.

PLoS Comput Biol; 10(4): e1003505, 2014 Apr.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24699231

15.

Cross-country migration linked to people who inject drugs challenges the long-term impact of national HCV elimination programmes.

Vrancken, Bram; Cuypers, Lize; Pérez, Ana Belen; Chueca, Natalia; Anton-Basantas, Joaquin; de la Iglesia, Alberto; Fuentes, Javier; Pineda, Juan Antonio; Téllez, Francisco; Bernal, Enrique; Rincón, Pilar; Von Wichman, Miguel Angel; Fuentes, Ana; Vera, Francisco; Rivero-Juárez, Antonio; Jiménez, Miguel; Vandamme, Anne-Mieke; García, Federico.

J Hepatol; 71(6): 1270-1272, 2019 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31585736

16.

In Search of Covariates of HIV-1 Subtype B Spread in the United States-A Cautionary Tale of Large-Scale Bayesian Phylogeography.

Hong, Samuel L; Dellicour, Simon; Vrancken, Bram; Suchard, Marc A; Pyne, Michael T; Hillyard, David R; Lemey, Philippe; Baele, Guy.

Viruses; 12(2)2020 02 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32033422

17.

Accounting for population structure reveals ambiguity in the Zaire Ebolavirus reservoir dynamics.

Vrancken, Bram; Wawina-Bokalanga, Tony; Vanmechelen, Bert; Martí-Carreras, Joan; Carroll, Miles W; Nsio, Justus; Kapetshi, Jimmy; Makiala-Mandanda, Sheila; Muyembe-Tamfum, Jean-Jacques; Baele, Guy; Vermeire, Kurt; Vergote, Valentijn; Ahuka-Mundeke, Steve; Maes, Piet.

PLoS Negl Trop Dis; 14(3): e0008117, 2020 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32130210

18.

Limited evolution of the yellow fever virus 17d in a mouse infection model.

Kum, Dieudonné Buh; Mishra, Niraj; Vrancken, Bram; Thibaut, Hendrik Jan; Wilder-Smith, Annelies; Lemey, Philippe; Neyts, Johan; Dallmeier, Kai.

Emerg Microbes Infect; 8(1): 1734-1746, 2019.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31797751

19.

Divergence dating using mixed effects clock modelling: An application to HIV-1.

Bletsa, Magda; Suchard, Marc A; Ji, Xiang; Gryseels, Sophie; Vrancken, Bram; Baele, Guy; Worobey, Michael; Lemey, Philippe.

Virus Evol; 5(2): vez036, 2019 Jul.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31720009

20.

Comparing patterns and scales of plant virus phylogeography: Rice yellow mottle virus in Madagascar and in continental Africa.

Rakotomalala, Mbolarinosy; Vrancken, Bram; Pinel-Galzi, Agnès; Ramavovololona, Perle; Hébrard, Eugénie; Randrianangaly, Jean Stéphan; Dellicour, Simon; Lemey, Philippe; Fargette, Denis.

Virus Evol; 5(2): vez023, 2019 Jul.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31384483

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