Limited genetic variability and spatial population structure in grasshoppers between natural and metal-contaminated areas in Egypt.

Pollutants in an environment can have long-term implications for the species living there, resulting in local adaptations with implications for their genetic structure. Heavy metal pollutants infiltrate soils and groundwater, bioaccumulate in food webs, and negatively impact biota. In this study, we investigated the degree to which the genetic structure and variability of the slender green-winged grasshopper (Aiolopus thalassinus (Fabricius) (Orthoptera: Acrididae)) were impacted by heavy metal pollution and distance. We used the random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR) method to examine the genetic variability of populations in 3 heavy metal-polluted and 3 unpolluted locations across varying geographical distances in Egypt. The heavy metal concentrations of cadmium, copper, lead, and zinc were measured from the grasshopper tissue and soils. Sixty-nine unique and polymorphic bands were produced by 4 primers. Cluster and principal component analyses separated the populations inside and outside Cairo into 2 main branches, which were further divided into smaller branches corresponding to their geographical regions. We found no differences in the Shannon genetic diversity index between populations or with increasing heavy metal concentrations in either the soil or the grasshopper tissue. Our results showed a greater genetic variation among populations than between populations within the same location, indicating populations within locations were less differentiated than those between locations. The moderate correlation between genetic similarity and spatial distance suggests geographical isolation influenced grasshopper population differentiation. Based on the RAPD analysis, environmental pollutants and geographical distances impact the A. thalassinus population structure, potentially restricting gene flow between sites even at small spatial scales.

Genotypic and phenotypic profiling of 127 Legionella pneumophila strains: Insights into regional spread.

Given the recent global surge in Legionnaires' disease cases, the monitoring of Legionella pneumophila becomes increasingly crucial. Epidemiological cases often stem from local outbreaks rather than widespread dissemination, emphasizing the need to study the characteristics of this pathogen at a local level. This study focuses on isolates of L. pneumophila in the Italian region of Friuli Venezia Giulia to assess specific genotype and phenotype distribution over time and space. To this end, a total of 127 L. pneumophila strains isolated between 2005 and 2017 within national surveillance programs were analysed. Rep-PCR, RAPD, and Sau-PCR were used for genotypic characterization, while phenotypic characterization was conducted through fatty acids analysis. RAPD and Sau-PCR effectively assessed genetic characteristics, identifying different profiles for the isolates and excluding the presence of clones. Although Sau-PCR is rarely used to analyse this pathogen, it emerged as the most discriminatory technique. Phenotypically, hierarchical cluster analysis categorized strains into three groups based on varying membrane fatty acid percentages. However, both phenotypic and genotypic analyses revealed a ubiquitous profile distribution at a regional level. These results suggest an absence of correlations between strain profiles, geographical location, and isolation time, indicating instead high variability and strain dissemination within this region.

Estimation of genetic variation in closely related cycad species in Ceratozamia (Zamiaceae: Cycadales) using rapds markers / Variación genética en especies de cícadas estrechamente relacionadas en Ceratozamia (Zamiaceae: Cycadales) mediante el uso de RAPDs

AbstractThe Ceratozamianorstogii complex from Southern Mexico is made up of four closely related taxa and occurs in similar habitats (Quercus forest). All have linear-lanceolate leaflets with great similarity between them, especially in juvenile stages, but differentiate with age. There has been debate regarding delimitation of species due to character loss in herbarium specimens. The aim of this study was to determine the genetic variation, and to measure genetic similarity between the four taxa. We studied populations in Cintalapa (Chiapas) for C. alvarezii and C. norstogii; the Sierra Atravesada (Oaxaca) for C. chimalapensis, and Villa Flores (Chiapas) for C. mirandae. One population for each taxon was sampled (only one population is known for C. alvarezii) 11-15 randomly chosen adult individuals were sampled. Twenty-eight primers were tested of which five were polymorphic using the RAPD'S technique. The data were analyzed using Bayesian methods. Results revealed low genetic diversity, and a differentiation was found between species, suggesting a recent divergence. A previous morphological and anatomical study on the complex has found the taxa to be distinct. However, the results of this study have shown that the C. norstogii species complex is in a divergence process, probably through genetic drift and founder effects. Rev. Biol. Trop. 65 (1): 305-319. Epub 2017 March 01.

ResumenLos cuatro taxa que componen el complejo Ceratozamia norstogii de especies en el sur de México están estrechamente relacionados y se dan en hábitats similares (bosque de Quercus). Todos tienen folíolos linear-lanceolados con gran similitud entre ellos, sobre todo en las etapas juveniles, pero se diferencian con la edad. Ha habido un debate en relación con la delimitación de especies debido a la pérdida de caracteres en especímenes de herbario. Los objetivos de este estudio son determinar la variación genética y medir la similitud genética entre los cuatro taxones en el complejo. Las poblaciones estudiadas están en; Cintalapa, Chiapas para C. alvarezii y C. norstogii, la Sierra Atravesada, Oaxaca para C. chimalapensis y Villa Flores, Chiapas para C. mirandae. Se tomaron muestras de una población de cada taxón (sólo una población es conocida para C. alvarezii) 11-15 individuos adultos elegidos al azar fueron muestreados. Veintiocho primers fueron probados, de los cuales cinco fueron polimórficos mediante la técnica RAPD's. Los datos fueron analizados utilizando métodos bayesianos. Los resultados revelaron baja diversidad genética y la diferenciación encontrada entre las especies sugiere una divergencia reciente. Un estudio morfológico y anatómico anterior en el complejo encontró que los taxa son distintos. Sin embargo, los resultados del presente estudio han demostrado que el complejo C. norstogii aun se encuentra en un proceso de divergencia, probablemente a través de deriva genética y efectos de fundador.

Using molecular markers to assess Streptococcus mutans variability and the biological risk for caries

AIM: To characterize the genetic variability of Streptococcus mutans isolates and to correlate this variability with different colonization profiles observed during dental caries in a sample of children. METHODS: S. mutans samples were isolated from the saliva of 30 children with varying histories of dental caries, and they were characterized according to morphological and biochemical markers and the sequences of their 16S-23S intergenic spacer region. The genetic variability of the isolates was first assessed using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers. Next, the isolates were differentiated by sequencing a specific region of the gene encoding the enzyme glucosyltransferase B (gtfB). RESULTS: Characterization using RAPD markers uncovered significant genetic variability among the samples and indicated the existence of clusters, which allowed us to reconstruct both the origin and clinical history of the disease. By sequencing the 16S-23S intergenic region, it was found that all of the isolates belonged to the species S. mutans. Based on the genetic similarity of the isolates and pattern of amino acid variations identified by partial sequencing of the gtfB gene, base-pair changes were identified and correlated with different virulence patterns among the isolates. CONCLUSIONS: The partial sequencing of the gtfB gene can be a useful tool for elucidating the colonization patterns of S. mutans. As amino acid variations are likely to be correlated with differences in biological risk, molecular characterization, such as that described in this paper, could be the key for assessing the development of dental caries in children...

Comparison of primers for RAPD-PCR from environmental isolates of Cryptococcus neoformans, Cryptococcus albidus and Cryptococcus laurentii complex

Various organisms have been characterized by molecular methods, including fungi of the genus Cryptococcus. The purposes of this study were: to determine the discriminatory potential of the RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) primers, the pattern of similarity of the Cryptococcus species, and discuss their useful application in epidemiological studies. We analyzed 10 isolates of each specie/group: C. albidus, C. laurentii complex, C. neoformans var. grubii, all from environmental source, and two ATCC strains, C. neoformans var. grubii ATCC 90112, and C. neoformans var. neoformans ATCC 28957 by RAPD-PCR using the primers CAV1, CAV2, ZAP19, ZAP20, OPB11 and SEQ6. The primers showed a good discriminatory power, revealing important differences between them and between species; the SEQ6 primer discriminated a larger number of isolates of three species. Isolates of C. laurentii showed greater genetic diversity than other species revealed by all six primers. Isolates of C. neoformans were more homogeneous. Only the primer CAV2 showed no amplification of DNA bands for C. albidus. It was concluded that the use of limited number of carefully selected primers allowed the discrimination of different isolates, and some primers (e.g., CAV2 for C. albidus) may not to be applied to some species.

Genomic instability in human actinic keratosis and squamous cell carcinoma

OBJECTIVE: To compare the repetitive DNA patterns of human actinic keratoses and squamous cell carcinomas to determine the genetic alterations that are associated with malignant transformation. INTRODUCTION: Cancer cells are prone to genomic instability, which is often due to DNA polymerase slippage during the replication of repetitive DNA and to mutations in the DNA repair genes. The progression of benign actinic keratoses to malignant squamous cell carcinomas has been proposed by several authors. MATERIAL AND METHODS: Eight actinic keratoses and 24 squamous cell carcinomas (SCC), which were pair-matched to adjacent skin tissues and/or leucocytes, were studied. The presence of microsatellite instability (MSI) and the loss of heterozygosity (LOH) in chromosomes 6 and 9 were investigated using nine PCR primer pairs. Random Amplified Polymorphic DNA patterns were also evaluated using eight primers. RESULTS: MSI was detected in two (D6S251, D9S50) of the eight actinic keratosis patients. Among the 8 patients who had squamous cell carcinoma-I and provided informative results, a single patient exhibited two LOH (D6S251, D9S287) and two instances of MSI (D9S180, D9S280). Two LOH and one example of MSI (D6S251) were detected in three out of the 10 patients with squamous cell carcinoma-II. Among the four patients with squamous cell carcinoma-III, one patient displayed three MSIs (D6S251, D6S252, and D9S180) and another patient exhibited an MSI (D9S280). The altered random amplified polymorphic DNA ranged from 70 percent actinic keratoses, 76 percent squamous cell carcinoma-I, and 90 percent squamous cell carcinoma-II, to 100 percent squamous cell carcinoma-III. DISCUSSION: The increased levels of alterations in the microsatellites, particularly in D6S251, and the random amplified polymorphic DNA fingerprints were statistically significant in squamous cell carcinomas, compared with actinic keratoses. CONCLUSION: The overall alterations that were observed in the repetitive DNA of actinic keratoses and squamous cell carcinomas indicate the presence of a spectrum of malignant progression.

Molecular techniques for the study and diagnosis of parasite infection

In parasitology, routine laboratory diagnosis involves conventional methods, such as optical microscopy, used for the morphological identification of parasites. Currently, molecular biology techniques are increasingly used to diagnose parasite structures in order to enhance the identification and characterization of parasites. The objective of the present study was to review the main current and new diagnostic techniques for confirmation of parasite infections, namely: polymerase chain reaction (PCR), real-time polymerase chain reaction (RT-PCR), loop-mediated isothermal amplification (LAMP), Luminex xMAP, random amplified polymorphic DNA (RAPD), amplified fragment length polymorphism (AFLP), and restriction fragment length polymorphism (RFLP), in addition to microsatellites. Molecular assays have comprehensively assisted in the diagnosis, treatment and epidemiological studies of parasitic diseases that affect people worldwide, helping to control parasitic disease mortality.

Caracterização genética de Brycon orbignyanus utilizando o sistema seminatural / Genetic characterization of Brycon orbignyanus using the semi-natural system

Avaliou-se o efeito do sistema seminatural na diversidade genética de um estoque de Brycon orbignyanus, utilizado em programas de repovoamento, com o marcador molecular RAPD. Vinte e quatro reprodutores, 12 machos e 12 fêmeas e 95 larvas da progênie foram analisados. Os nove primers utilizados produziram 90 fragmentos, dos quais 94,4 por cento foram polimórficos. Houve diferença significativa na frequência de 20 dos 90 fragmentos entre os reprodutores e sua progênie sem a presença de fragmentos exclusivos. O índice de diversidade genética de Shannon, a porcentagem de fragmentos polimórficos e a diversidade genética de Nei foram mais altos nos indivíduos da progênie. A similaridade genética foi maior nos indivíduos do estoque de reprodutores. A análise de variância molecular mostrou que a maior parte da variação está dentro de cada grupo (89,1 por cento) e não entre os grupos (10,9 por cento). A identidade e a distância genética entre os estoques foram de 0,944 e 0,057, respectivamente. Assim, a utilização do sistema seminatural evitou a mortalidade de reprodutores B. orbignyanus e conservou a variabilidade genética da progênie.

The effect of the semi-natural system on the genetic diversity of a Brycon orbignyanus stock, used in stock enhancement programs, was evaluated with the RAPD molecular marker. Twenty-four broodstocks - 12 males and 12 females - and 95 larvae of the offspring were analyzed. The nine used primers produced 90 fragments, of which 94.4 percent were polymorphic. There was significant difference in the frequency of 20 out of the 90 fragments between the broodstocks and their offspring without the presence of exclusive fragments. The Shannon genetic diversity index, the percentage of polymorphic fragments and the Nei gene diversity were higher in the offspring individuals. Genetic similarity was higher in broodstock individuals. The analysis of molecular variance results showed that the major part of the genetic variation is within the groups (89.1 percent) and not between them (10.9 percent). The identity and genetic distance between the groups were 0.944 and 0.057, respectively. Like this, the use of the semi-natural system avoided the mortality of B. orbignyanus broodstocks and conserved the genetic variability of the offspring.

Monitoramento da variabilidade genética de pacu, Piaractus mesopotamicus, do programa de aumento de estoque do rio Paranapanema / Monitoring of the genetic variability of pacu, Piaractus mesopotamicus, of the stock enhancement program of the Paranapanema River

Avaliou-se a variabilidade genética dos estoques de reprodutores e dos peixes jovens de Piaractus mesopotamicus de três pisciculturas do estado do Paraná, utilizadas no programa de aumento de estoque de peixes no rio Paranapanema. Foi utilizado o marcador RAPD para avaliar as amostras do estoque de reprodutores e dos peixes jovens das pisciculturas de Palotina, Cambará e Andirá. A porcentagem de fragmentos polimórficos e o índice de diversidade genética de Shannon dos estoques de reprodutores variaram de 75,0 por cento a 71,4 por cento e de 0,434 a 0,376, respectivamente. Os peixes jovens das pisciculturas apresentaram valores mais elevados para ambos os parâmetros, com exceção da piscicultura de Palotina, na qual o índice de diversidade genética de Shannon foi semelhante. Os estoques de reprodutores apresentaram alta variabilidade genética, e esta foi mantida nos peixes jovens.

The genetic variability of broodstocks and juveniles of Piaractus mesopotamicus raised in three hatchery stations in Parana state, that were used in the fish stock enhancement program of the Paranapanema River, was estimated. The RAPD marker was used to evaluate samples taken from broodstocks and juveniles in the hatchery stations of Palotina, Cambará, and Andirá cities. The percentage of polymorphic fragments and the Shannon genetic diversity index of broodstocks ranged from 75.0 percent to 71.4 percent and from 0.434 to 0.376, respectively. The juveniles of the hatchery stations presented higher values for both parameters, except in the hatchery station of Palotina in which the Shannon genetic diversity index was similar. The broodstocks presented high genetic variability, and this was maintained in the juveniles.

Caracterização fenotípica e molecular de amostras de Burkholderia mallei isoladas na Região Nordeste do Brasil / Phenotypic and molecular characterization of Burkholderia mallei isolated in northeastern Brazil

Objetivou-se com este trabalho realizar o estudo bioquímico e molecular de amostras de Burkholderia mallei isoladas de eqüídeos com diagnóstico clínico e sorológico para o mormo e provenientes da Região Metropolitana do Recife-PE e Zona da Mata dos Estados de Alagoas e Pernambuco. Foram realizadas as técnicas microbiológicas para o isolamento e identificação fenotípica de B. mallei e as técnicas moleculares de ribotipagem-PCR e RAPD-PCR. Das oito amostras estudadas, quatro apresentaram pequenas variações fenotípicas. Nas técnicas moleculares, as amostras formaram quatro grupos de diferentes perfis ribotípicos, demonstrando também quatro perfis genotípicos. Houve associação nos resultados da Ribotipagem-PCR e RAPD-PCR. As variações nos perfis ribotípicos e genotípicos foram associadas às diferentes regiões estudadas. De acordo com os resultados obtidos, conclui-se que as pequenas variações bioquímicas não estão associadas aos diferentes perfis moleculares e que essas diferenças demonstram uma heterogeneidade que está associada à procedência das amostras, indicando que a infecção nos animais ocorre por clones diferentes das amostras analisadas.

The objective of this paper was to study the molecular performance and phenotypic characterization of Burkholderia mallei isolated from horses with clinical and serological diagnosis of glanders, originating from the Metropolitan District of Recife and Zona da Mata of Pernambuco and Alagoas. The isolation and biochemical identification of B. mallei was carried out by microbiological and molecular techniques of PCR-fingerprinting and RAPD-PCR. From the eight samples studied, four showed little phenotype variations. In the molecular tests, the samples formed 4 groups of different ribotype profiles and 4 genotype profiles. There was some association of PCR-fingerprinting with RAPD-PCR results. It was concluded that the slight biochemical variations were not associated with different molecular profiles. They also indicated that these differences show heterogeneity associated with the origin of the sample, indicating that the infection was caused by clones of different strains and that the polymorphism of DNA observed could make it difficult to choose one standard strain for an immune prophylactic treatment of glanders.

Diversidade genética de estoques de reprodutores de Colossoma macropomum / Genetic diversity of Colossoma macropomum broodstocks

Analisou-se a diversidade genética de estoques de reprodutores de Tambaqui (Colossoma macropomum), mediante o uso de marcador RAPD, utilizando-se 10 primers para analisar 30 amostras do estoques de reprodutores das pisciculturas de Boa Esperança e Vale Verde, localizadas no Estado de Rondônia. A porcentagem de fragmentos polimórficos e o índice de diversidade genética de Shannon foram altos nos dois estoques de reprodutores. O estoque de reprodutores de Boa Esperança apresentou um fragmento exclusivo. A diferenciação genética foi baixa e o número de migrantes por geração foi alto entre os estoques de reprodutores. O dendrograma não separou os indivíduos dos estoques de reprodutores em grupos distintos. Há alta variabilidade genética nos estoques de reprodutores, um pouco inferior no estoque de Vale Verde, e há grande proximidade genética entre os indivíduos dos estoques de reprodutores.

The genetic diversity of tambaqui (Colossoma macropomum) broodstocks from two hatchery station in Rondônia State was studied by the RAPD marker. Ten primers were used to analyze 30 broodstocks samples from the hatchery stations of Boa Esperança and Vale Verde. The polymorphic fragments percentage and Shannon genetic diversity index were high in the two broodstocks. The Boa Esperança broodstock presented an exclusive fragment. The genetic differentiation was low and the number of migrants per generation was high among the broodstocks. The dendrogram did not separate the broodstocks individuals in different groups. The results indicate a high genetic variability in the broodstocks, being a little bit lower in the Vale Verde broodstock. Besides, there is a genetic proximity among the broodstocks.

Molecular characterization of Malassezia sympodialis and Malassezia furfur from cattle with and without otitis / Caracterização molecular de isolados de Malassezia sympodialis e Malassezia furfur provenientes de bovinos com e sem otite externa

A molecular study of Malassezia strains isolated from cattle with or without otitis was carried out by random amplified polymorphic DNA analysis (RAPD). DNA was extracted and purified from nine strains of Malassezia sympodialis and fourteen of Malassezia furfur. These microorganisms were collected from eight different bovine herds in Minas Gerais state, Brazil. The RAPD analysis and phenograms did not show the formation of genetically distinct groups among the strain isolated from cattle with or without otitis raised in the same herds. Genetic heterogeneity was observed among Malassezia strains from different geographic origins. These data suggest that genetically similar M. sympodialis and M. furfur strains found as members of the normal ear microbiota could become opportunistically active in the inflammatory process in cattle.

A caracterização molecular de amostras de Malassezia spp., isoladas de bovinos com e sem otite, foi realizada por meio da técnica do DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD). DNAs de nove amostras de Malassezia sympodialis e quatorze de M. furfur foram extraídos e purificados. Essas amostras foram provenientes de oito diferentes rebanhos bovinos no estado de Minas Gerais, Brasil. A análise de RAPD e os fenogramas não revelaram a formação de grupos geneticamente distintos entre amostras isoladas de bovinos, criados no mesmo rebanho, com ou sem otite. Heterogeneidade genética foi observada entre amostras de diferentes origens geográficas. Os dados sugerem que isolados geneticamente semelhantes e membros da microbiota normal do ouvido podem participar, como oportunistas, no processo inflamatório do conduto auditivo externo de bovinos.

Intra and inter populational genetic variability in Maytenus ilicifolia Mart. ex Reiss. 1861, through RAPD markers

Maytenus ilicifolia is a medicinal plant largely used in the South Brazilian folk medicine. The aim of this study was to quantify the intra and inter populational genetic variability in three populations of M. ilicifolia, focusing on the genetic conservation of this species, which has been threatened by anthropic action. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers were used to analyze 30 plants of each of the three populations collected in the Alto Uruguai Gaúcho region. Fourteen selected primers generated a total of 158 bands, 71.5 percent of which were polymorphic. The comparison of Jaccard’s distances showed that the intra populational variation was higher than the inter populational variability, and cluster analysis allowed the separation of the three populations. Just 7.6 percent of the bands were specific of at least two populations. Data indicate that the analyzed M. ilicifolia populations represent a single genetic pool, and therefore any of the population thoroughly can represent the overall genetic variability of the species in the sampled region.

Maytenus ilicifolia é uma planta medicinal bastante utilizada na medicina popular da região sul do Brasil. O objetivo deste estudo foi quantificar a variabilidade genética intra e interpopulacional em três populações de M. ilicifolia visando a conservação genética desta espécie, que se encontra ameaçada pela ação antrópica. Marcadores RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) foram utilizados para analisar 30 plantas de cada uma das três populações coletadas na região do Alto Uruguai Gaúcho. Foram selecionados 14 primers, que geraram 158 bandas, das quais 71,5 por cento foram polimórficas. A comparação das distâncias de Jaccard mostraram que a variabilidade intra populacional foi maior que a interpopulacional, e a análise de agrupamentos permitiu a separação das três populações. Somente 7.6 por cento das bandas foram específicas de pelo menos duas populações. Os resultados indicam que as populações de M. ilicifolia analisadas representam um único conjunto gênico, de tal forma que qualquer uma das populações pode representar a variabilidade genética geral da espécie na região.

Identification of Glomerella cingulata f. sp phaseoli recombinants by RAPD markers

We examined the capacity of strains of Glomerella cin-gulata f. sp phaseoli fungus (Colletotrichum lindemuthianum sexual stage) to form recombinants, using random amplified polymorphic DNA (RAPD). Crosses of all possible combinations between strains 40, 42, 20, 21, 22, 23, 24, 25, and 26 were made on Petri dishes using M3 culture medium. The 42 x 21 cross produced the largest number of perithecia and five asci; the respective ascospores were isolated. RAPD analysis was performed on the parents and descendants. The 62 polymorphic RAPD bands obtained were used to assess the genetic similarity using the method of Sorence and Dice and clustering analysis in the form of a dendrogram by the UPGMA method. The RAPD markers allowed identification of recombinants from the cross between strains 42 and 21 of G. cingulata f. sp phaseoli and 40 ascospores presented 63 and 49% genetic similarity with parents 2 (strain 42) and 1 (strain 21), respectively.

Genotype characterization of Haematobia irritans from different Brazilian geographic regions based on randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis / Caracterização genotípica de Haematobia irritans procedentes de diferentes regiões geográficas brasileiras baseada na análise do DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD-PCR)

Blood-sucking diptera are important parasites in bovine production systems, especially regarding confinement conditions. Haematobia irritans, the horn fly, is one of the most troublesome species within bovine production systems, due to the intense stress imposed to the animals. An important aspect while studying the variability within a species is the study of the geographic structure of its populations and, attempting to find out the genetic flow of Brazilian populations of horn fly, the RAPD technique, which is suited for this purpose, has been used. The use of molecular markers generated from RAPD made it possible to identify the geographic origin of samples from different Brazilian geographic regions, as well as to estimate the genotypic flow among the different Brazilian populations of the horn fly.

Dípteras hematófagos são importantes parasitas dentro de sistemas de produção de bovinos, especialmente em confinamento. Haematobia irritans, a mosca-dos-chifres, é uma das espécies que maiores problemas causa em sistemas de produção de bovinos, dado ao intenso estresse que impõe aos animais. Um importante aspecto quando se estuda a variabilidade genética dentro das espécies é o estudo da estrutura geográfica destas populações. Buscando-se estimar a similaridade genotípica das diferentes populações brasileiras da mosca do chifre utilizou-se a técnica do DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD-PCR), que mostrou-se eficiente para tal propósito. A utilização dos marcadores moleculares gerados através da técnica de RAPD-PCR tornou possível a identificação da origem geográfica das amostras das diferentes regiões geográficas brasileiras, assim como, estimar o fluxo genotípico entre as diferentes populações brasileiras da mosca-dos-chifres.

Fish passage ladders from Canoas Complex - Paranapanema River: evaluation of genetic structure maintenance of Salminus brasiliensis (Teleostei: Characiformes)

The aim of this study, utilizing RAPD techniques, was to determine the genetic variability of Salminus brasiliensis groups collected at passage ladders of the hydroelectric plants (HEP) Canoas I and Canoas II - Paranapanema River (Brazil), as well as to estimate the population structure through different parameters of genetic diversity. The data obtained allowed us to conclude that S. brasiliensis of the Canoas Complex has a moderate index of genetic variability (P > 42.00 percent) when compared to that of other migratory fish species. All genetic diversity analyses (distance = 0.015 and genetic identity = 0.985, F ST =0.018, AMOVA) were signs of low genetic differentiation, and they led to the clustering of S. brasiliensis from Canoas I and Canoas II. This suggests that the species is genetically structured as a single population. Some findings indicate that this population of S. brasiliensis comes from the Capivara Reservoir (Canoas I downstream), probably fed by the Tibagi and Cinzas Rivers. Literature data denote that after fish transposition by passage ladders of the Canoas Complex, the migratory species are not concluding the reproductive cycle. This mechanism, therefore, could be one more impact factor causing the depletion in downstream recruitment, which could in medium and long term be compromising the natural S. brasiliensis population in the middle Paranapanema River

O objetivo desse estudo, utilizando a técnica de RAPD, foi estimar a variabilidade genética de grupos de Salminus brasiliensis coletados nas escadas de transposição das hidroelétricas de Canoas I e Canoas II - rio Paranapanema (Brasil), bem como estimar a estrutura populacional através de diferentes parâmetros de diversidade genética. Os dados obtidos permitiram concluir que S. brasiliensis do Complexo Canoas tem um índice moderado de variabilidade genética (P > 42.00 por cento) quando comparado com valores de outras espécies de peixes migradoras. Todas as análises de diversidade genética (distância = 0,015 e identidade genética = 0,985, F ST =0,018, AMOVA) foram indicativas de baixa diferenciação genética, e conduziram ao agrupamento de S. brasiliensis proveniente das escadas de transposição de Canoas I e Canoas II, sugerindo que essa espécie está geneticamente estruturada como uma única população. Alguns dados indicam que essa população de S. brasiliensis é proveniente do Reservatório de Capivara (jusante de Canoas I), provavelmente mantida pelos rios Tibagi e das Cinzas. Dados da literatura indicam que após a transposição das escadas para peixes do Complexo Canoas, as espécies migradoras não estão concluindo o ciclo reprodutivo, esse mecanismo, portanto, pode ser mais um fator de impacto causando a depleção no recrutamento a jusante o que pode a médio e longo prazo comprometer a diversidade genética da população de S. brasiliensis no médio rio Paranapanema

Cenário ecoepidemiológico da doença de Chagas no entorno do Parque Nacional da Serra do Cipó, Minas Gerais,Brasil

A doença de Chagas (DC) é uma enfermidade causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi,cuja principal forma de transmissão é através das fezes de triatomíneos infectados. O Panstrongylus megistus atualmente é o principal vetor do Brasil, sendo responsável pela transmissão da DC na região da Serra do Cipó, MG, na década de 80. O P. megistus possui alta capacidade de reinfestação das casas, exigindo permanente vigilância contra a instalação de novos focos. O peridomicílio apresenta grande importância para a manutenção de triatomíneos e do T. cruzi circulando entre barbeiros e os animais que o frequentam. O objetivo do trabalho foi avaliar o cenário ecoepidemiológico da doença de Chagas noentorno do Parque Nacional da Serra do Cipó (ParnaCipó), visando subsidiar o programa de controle do P. megistus. O estudo se realizou nos municípios de Jaboticatubas e Santana do Riacho que, juntamente com Morro do Pilar e Itambé do Mato Dentro, integram o ParnaCipó. O perfil de infestação pelo P. megistus foi determinado através de captura de triatomíneos nas unidades domiciliares (setembro de 2007 a setembro de 2010) e capturas silvestres, que também incluiram avaliação da infecção em marsupiais e roedores.

Cães levados à campanha de vacinação antirrábica de Jaboticatubas foram examinados a fim de determinar sua importância epidemiológica na região. Exemplares de P. megistus capturados foram utilizados para análise populacional pela morfometria geométrica. Os exemplares provenientes de Jaboticatubas foram ainda analisados por RAPD para estudo populacional. As cepas isoladas dos reservatórios e vetores foram caracterizadas como pertencentes ao grupo T. cruzi I ou T. cruzi II utilizando‐se DNA satélite como alvo. A maioria dos exemplares P. megistus foi capturada em galinheiros; no intradomicílio o ecótopo preferencial foi o quarto. Foram realizadas pesquisas em 15 áreas silvestres com a captura de 105 mamíferos, com taxa de infecção de 6,7%; todas as cepas foram caracterizadas como T. cruzi I. A prevalência em cães foi de 2,4%. Em palmeiras foram capturados Rhodnius neglectus, P. megistus e Triatoma sordida. Dentre as cepas isoladas de triatomíneos domiciliados e silvestres, apenas uma cepa proveniente do ambiente domiciliar foi caracterizada como T. cruzi II, as demais, T. cruzi I. A morfometria diferenciou a população silvestre das domiciliares. A RAPD demonstrou grande variabilidade dos P. megistus de Jaboticatubas, entretanto, sem diferenciação populacional. Frente aos resultados, podemos concluir que a população rural dos dois municípios permanece sob o risco de infecção pelo T. cruzi, uma vez que são encontrados vetores e reservatórios infectados no ambiente artificial e natural, e podem infestar as habitações a partir de diversos focos, domiciliares ou silvestres.

PCR-RAPD and PCR-RFLP polymorphisms detected in Anopheles cruzii (Diptera, Culicidae)

The aim of the present study was to examine genetic variability in populations of An. cruzii by employing PCR-RAPD and PCR-RFLP markers. All analyses were carried out using individuals of the F1 generation of wild caught females obtained in Santa Catarina State (Florianópolis and São Francisco do Sul), Paraná State (Morretes, Paranaguá and Guaratuba) and São Paulo State (Cananéia). In the PCR-RAPD experiments, seven primers were used for comparisons within and among populations. The restriction profile of the ITS2 including a fragment of both 5.8S and 28S regions of the rDNA was obtained with the enzymes BstUI, HaeIII, TaqI, HhaI, Sau96I, HinfI, HincII and NruI. The PCR-RAPD method detected a large number of polymorphic bands. Genetic distance among populations of An. cruzii varied from 0,0214 to 0,0673, suggesting that all individuals used in the analyses belong to a single species. The number of migrants per generation (Nm) was 4.3, showing the existence of gene flow among populations. The restriction profile of the ITS2, 5.8S and 28S gene regions was similar in all An. cruzii samples, whereas the results obtained by using HhaI and NruI are indicative that the individuals analyzed have nucleotide sequences distinct from those of An. cruzii samples from Peruíbe and Juquiazinho deposited in GenBank.

O objetivo desse trabalho foi analisar a variabilidade genética em populações de An. cruzii utilizando as técnicas PCR-RAPD e PCR-RFLP. As análises foram realizadas a partir de adultos da geração F1 de fêmeas coletadas nos estados de Santa Catarina (Florianópolis e São Francisco do Sul), Paraná (Morretes, Paranaguá e Guaratuba) e São Paulo (Cananéia). Na PCR-RAPD, sete iniciadores foram utilizados para comparação dentro e entre populações. Os perfis de restrição da região ITS2 e parte do genes 5.8S e 28S foram obtidos com as enzimas BstUI, HaeIII, TaqI, HhaI, Sau96I, HinfI, HincII e NruI. Utilizando-se a técnica PCR-RAPD, elevado número de bandas polimórficas foi detectado. As distâncias genéticas entre as populações variaram de 0,0214 a 0,0673, sugerindo que as amostras representam uma única espécie. O número de migrantes por geração (Nm) foi de 4,3, indicando a existência de fluxo gênico entre as populações. Os padrões de restrição da região ITS2 foram semelhantes para todas as amostras de An. cruzii, entretanto, os resultados obtidos com HhaI e NruI indicam que os indivíduos analisados apresentam seqüências diferentes daquelas disponíveis no GenBank para as populações de Peruíbe e Juquiazinho.

A importância da utilização da técnica rapd para a identificação de dactilogirídeos em tilápias do nilo (Oreochromis Niloticus) / The importance of the use of rapd technique for the indentification of dactylogyridae in nile tilapia (Oreochromis Niloticus) / Importancia de la utilización de la técnica rapd para la identificación de dactilogirídeos en tilapias del nilo (Oreochromis niloticus)

A aqüicultura é atualmente uma importante fonte de proteína animal em várias regiões do mundo. A tilápia é mais resistente às doenças bacterianas, parasitárias e viróticas do que a maioria dos peixes cultivados. No entanto a ocorrência de parasitoses pode preocupar, principalmente sob condições de estresse e altas densidades de cultivo. Os platelmintos da classe Monogenea estão entre os principais ectoparasitas de água doce. A identificação das espécies de monogenéticos em peixes está baseada, principalmente, em aspectos morfológicos. Atualmente, a Biologia Molecular desempenha um importante papel em estudos ligados à sistemática e filogenia. A técnica por RAPD pode desempenhar um papel importante nesse sentido. A correta identificação dos parasitas é fundamental para sua melhor sistematização e compreensão das relações filogenéticas, o que pode ser relevante na separação de organismos próximos. A clara distinção entre espécies ou cepas pode ser fundamental para a identificação de diferentes características bioquímicas, ecológicas, etológicas, padrões de dispersão, patogenia, resistência a medicamentos, dentre outras. O caminho mais plausível a ser seguido parece ser a somatória dos enfoques morfológico com o refinamento das análises, por meio de métodos moleculares.

The aquaculture is currently an important source of animal protein in several areas of the world. The tilapia is more resistant to the bacterial, parasitic, and viral diseases than most of the farm-raised fish. However, parasitizes occurrence may worry, mainly under stress conditions and high cultivation densities. The platyhelminthes of the Monogenean class are among the main ectoparasites of freshwater. The identification of the monogenic species in fish is mainly based on morphological aspects. Nowadays, the molecular biology plays an important role in studies related to both systematic and phylogeny. The RAPD technique may support this important role, as well. The correct identification of the parasites is fundamental for the better systemization and understanding of the phylogenetic relationships, which can be relevant to the separation of close organisms. The clear distinction among the species or strains can be fundamental for the identification of different biochemical, ecological, and ethological characteristics, as well as for the dispersion patterns, pathogen, and the resistance to medicines, among others. The most plausible way to proceed seems to be the effort of the morphologic focuses together with the refinement of the analyses by molecular methods.

Actualmente la acuicultura es una importante fuente de proteína animal en varias regiones del mundo. La tilapia es más resistente a las enfermedades bacterianas, parasitárias y viróticas que la mayoría de los peces cultivados. Sin embargo, la incidencia de parasitosis puede preocupar, principalmente en condiciones de estrés y con altas densidades de cultivo. Los platelmintos de la clase Monogenea se encuentran entre los principales ectoparásitos de agua dulce. La identificación de las espécies de monogenéticos en peces se basa, principalmente, en aspectos morfológicos. Actualmente, la biologia molecular tiene un papel importante en estudios sobre sistemática y filogenía. La técnica RAPD puede representar un importante papel, en este sentido. La correcta identificación de los parásitos es fundamental para una mejor sistematización y comprensión de las relaciones filogenéticas, lo que puede ser importante en la separación de organismos próximos. La clara distinción entre espécies o cepas puede ser fundamental para la identificación de diferentes características bioquímicas, ecológicas, etológicas, padrones de dispersión, patogenía, resistencia a medicamentos, entre otras. El camino más lógico a seguir parece ser la suma de los enfoques morfológicos con la precisión de los análisis, por médio de métodos moleculares.

Randon amplified polymorphic DNA in the analysis of isolates of Haemonchus ( Nematoda-Trichostrongylidae ) originated from bovines from different regions

Utilizou-se a técnica de DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD) para a análise de 14 amostras de Haemonchus, um tricostrongilídeo parasito do abomaso de bovinos, originárias de diferentes regiões do estado de Minas Gerais. Os perfis foram obtidos utilizando-se cinco iniciadores diferentes. Não houve correlação entre polimorfismo observado com a origem do animal ou com a espécie de Haemonchus estudada.