Evaluation of the “AMR Direct Flow Chip Kit” DNA microarray for detecting antimicrobial resistance genes directly from rectal and nasopharyngeal clinical samples upon ICU admission / Evaluación de la micromatriz de ADN «AMR Direct Flow Chip Kit» para la detección de genes de resistencia antimicrobiana directamente de muestras clínicas rectales y nasofaríngeas en el momento del ingreso en la UCI

ABSTRACT

Introduction: Prompt detection of antibiotic resistance genes in healthcare institutions is of utmost importance in tackling the spread of multi-drug resistant micro-organisms. We evaluated the Antimicrobial Resistance (AMR) Direct Flow Chip Kit versus phenotypic screening assays for rectal and nasopharyngeal specimens upon ICU admission. Methods: A total of 184 dual specimens (92 rectal and 92 nasopharyngeal swabs) from 92 patients were collected from 11/2017 to 8/2018. All swabs were subjected to both AMR and phenotypic tests according to their origin. The degree of agreement of the two methods was assessed by the kappa coefficient. Results: The kappa coefficient showed perfect agreement for MRSA, ESBLs, oxacillinases and vancomycin resistance genes (1.000, p<0.01) and very good agreement for mecA-positive CoNS, KPC-carbapenemases and metallo-beta-lactamases (0.870, p<0.01; 0.864, p<0.01; and 0.912, p<0.01, respectively). Conclusion: The AMR Direct Flow Chip Kit is a useful alternative to phenotypic testing for rapid detection of resistance markers.(AU)

RESUMEN

Introducción: La detección rápida de genes de resistencia a antibióticos en instituciones de salud es de importancia extrema para abordar la propagación de microorganismos multi-resistentes. Evaluamos el Antimicrobial Resistance Direct Flow Chip (AMR) versus los ensayos de detección fenotípica para muestras rectales y nasofaríngeas al ingreso en la UCI. Métodos: Se recogieron 184 muestras duales (92 rectales y 92 nasofaríngeos) de 92 pacientes durante 11/2017-8/2018. Todos los hisopos se sometieron a pruebas de AMR y fenotípicas según su fuente. El grado de acuerdo de los 2 métodos fue evaluado por el coeficiente kappa. Resultados: El coeficiente kappa mostró una concordancia perfecta para MRSA, ESBL, oxacilinasas y para genes de resistencia a vancomicina (1.000, p<0,01) y muy buena concordancia para CoNS mecA positivos, carbapenemasas KPC y metalo-beta-lactamasas (0,870, p<0,01; 0,864, p<0,01 y 0,912, p<0,01, respectivamente). Conclusión: El AMR es una alternativa útil a las pruebas fenotípicas para la detección rápida de marcadores de resistencia.(AU)