A database of freshwater fish species of the Amazon Basin.

The Amazon Basin is an unquestionable biodiversity hotspot, containing the highest freshwater biodiversity on earth and facing off a recent increase in anthropogenic threats. The current knowledge on the spatial distribution of the freshwater fish species is greatly deficient in this basin, preventing a comprehensive understanding of this hyper-diverse ecosystem as a whole. Filling this gap was the priority of a transnational collaborative project, i.e. the AmazonFish project - https://www.amazon-fish.com/. Relying on the outputs of this project, we provide the most complete fish species distribution records covering the whole Amazon drainage. The database, including 2,406 validated freshwater native fish species, 232,936 georeferenced records, results from an extensive survey of species distribution including 590 different sources (e.g. published articles, grey literature, online biodiversity databases and scientific collections from museums and universities worldwide) and field expeditions conducted during the project. This database, delivered at both georeferenced localities (21,500 localities) and sub-drainages grains (144 units), represents a highly valuable source of information for further studies on freshwater fish biodiversity, biogeography and conservation.

Fishes from the Colombian Amazonia region: species composition from the river systems within the rainforest biome / Peces de la región de la Amazonía Colombiana: composición de especies de los sistemas fluviales del bioma de selva húmeda

Abstract The Colombian Amazon region is part of the Neotropical rainforest (humid forest biome) covering an area of 483,163 km2 and includes tributaries of both the Amazon and Orinoco River basins. The aquatic ecosystems found there include: rivers and alluvial plains originating in Andean headwaters, on eroded soils of tropical forests in the lowlands, and Guiana Shield formations, comprising a dense fluvial drainage network in the lowlands, with Paleogene/Neogene geological formations (terra firme streams in higher places that don't usually flood) and Paleozoic (shield streams); and Andean and Guiana Shield streams above 200-250 m a.s.l. We present here an exhaustive compilation of published information, supported by fish collections, consisting of a list of 1104 species distributed in 375 genera, 53 families, and 16 orders. We include occurrence data of these species in each sub-basin. The presence/absence species matrix was analyzed using a dendrogram and non-metric multidimensional scaling (NMDS) analysis to identify patterns of similarity between basins and sub-basins. We evaluated species composition between basins and among the different geological origins using PERMANOVA. The dendrogram shows co-occurrences of 404 species in the two basins. It also shows two clear groupings of the sub-basins of the Amazon (except Guainía-Negro drainages) and those of the Orinoco. Within the Amazon Basin, there are two nodes according to the geological origin: systems of Andean origin and those of the lowlands. The dendrogram results are consistent with the NMDS analysis, which shows a clear grouping according to the connectivity of the basins; the Guainía-Negro is included in the Amazon basin. Species distribution patterns were supported by the PERMANOVA, and differed significantly between basins (F = 4.3, R = 0.26, P = 0.003) and geological origin (F = 3.6, R = 0.23, P = 0.003). The number of species in this study represents almost a fifth of the ichthyofauna of the Neotropics and about a third of that of the Amazon River basin; clearly supporting Colombia's status among the countries with the greatest diversity of freshwater fish species of the planet. We include here a significant number of new records (75 spp), provide a first approximation of the distribution patterns, and a framework for future biogeographical studies.

Resumo La región de la Amazonía colombiana hace parte del bosque húmero neotropical (bioma de selva húmeda) abarcando un área de 483.163 km2 e incluye afluentes de las cuencas del Amazonas y Orinoco. Los ecosistemas acuáticos encontrados allí incluyen: ríos y llanuras aluviales, originándose en cabeceras andinas, en suelos erosionados de bosques tropicales en tierras bajas y en formaciones de escudos; conformando una densa red fluvial en tierras bajas con formaciones geológicas paleógenas-neógenas (arroyos de terra firme en sitios elevados que usualmente no se inundan) y paleozoicas (arroyos de escudo); y arroyos andinos y del escudo Guayanés por encima de 200-250 m s.n.m. Presentamos aquí una recopilación exhaustiva de información publicada, sustentada por colecciones ictiológicas, consistiendo en una lista de 1104 especies distribuidas en 375 géneros, 53 familias y 16 órdenes. Incluimos datos de estas especies en cada subcuenca. La matriz de presencia/ausencia de especies fue analizada usando un dendrograma y un análisis de escalamiento multidimensional no métrico (NMDS) para identificar patrones de similitud entre cuencas y subcuencas. Se evaluó la composición de especies entre cuencas y entre los diferentes orígenes geológicos usando PERMANOVA. El dendrograma refleja coocurrencia de 404 especies en las dos cuencas. También muestra dos agrupaciones claras de las subcuencas del Amazonas (excepto Guainía-Negro) y las del Orinoco. Dentro de la cuenca amazónica existen dos nodos según el origen geológico: los sistemas de origen andino y los de tierras bajas. Los resultados del dendrograma son consistentes con el análisis NMDS, el cual muestra una clara agrupación según la conectividad de las cuencas; el Guainía-Negro está incluido en la cuenca del Amazonas. Los patrones de distribución de especies fueron respaldados por el PERMANOVA y difirieron significativamente entre cuencas (F = 4.3, R = 0.26, P = 0.003) y origen geológico (F = 3.6, R = 0.23, P = 0.003). El número de especies en este estudio representa casi la quinta parte de la ictiofauna del Neotrópico y alrededor de un tercio de la de la cuenca del río Amazonas; soportando el estatus de Colombia entre los países con mayor diversidad de especies de peces de agua dulce del planeta. Incluimos aquí un número importante de nuevos registros (75 spp), brindamos una aproximación de los patrones de distribución y un marco para futuros estudios biogeográficos.

Relación entre el recuento de células somáticas individual o en tanque de leche y la prueba CMT en dos fincas lecheras del departamento de Antioquia (Colombia) / Relationship between individual and bull tank somatic cell counts with CMT test in two dairy herds in Antioquia (Colombia)

El objetivo del presente proyecto fue establecer relaciones entre la prueba de CMT y los recuentos de células somáticas individuales o en el tanque de la leche, con el objetivo de definir un modelo predictivo del número de células somáticas en el tanque y proponer un modelo para detectar fincas con mastitis subclínica. En dos fincas lecheras del Municipio de San Pedro de los Milagros (Colombia), se tomaron muestras de leche de las vacas en ordeño (n = 95) durante los ordeños de la mañana y de la tarde (una muestra/mes/3 meses). En el ordeño de la tarde se realizó prueba de CMT y en todos los muestreos se hizo recuento de células somáticas en el medidor individual (RCS), y en el tanque de la leche, usando un equipo Fossomatic 90. Para el análisis estadístico se realizó una transformación logarítmica de los datos (y = Log2(RCS/100) +3), para ajustarlos a la normalidad y realizar análisis de varianza. Los resultados mostraron una relación estadística significativa (p<0.05) entre el porcentaje de cuartos afectados por mastitis subclínica según la prueba de CMT y el BTSCC del ordeño de la tarde. Además, se definió una fórmula predictiva para el BTSCC de acuerdo con el porcentaje de cuartos afectados para el ordeño de la tarde. Los resultados indicaron un promedio de RCS de 206.630 cel/ml y 145.935 cel/ml para los ordeños de la tarde y la mañana, respectivamente; mientras que el BTSCC presentó un promedio de 186.830 cel/ml y 93.145 cel/ml, para los ordeños de la tarde y la mañana, respectivamente. Asimismo, se halló un relación estadística significativa (p<0.05) entre el RCS del ordeño de la tarde con el BTSCC. Los resultados del BTSCC se encuentran por debajo de los valores límites permitidos en Europa y Estados Unidos, lo cual sugiere que bajo condiciones de manejo estrictas, las fincas lecheras en Antioquia pueden lograr los estándares internacionales de calidad para la exportación de leche.

In order to establish a mathematical model with which to predict the Bull Tank Somatic Cell Count (BTSCC) of herds with sub clinical mastitis and to search for possible relationships between CMT results and individual somatic cell counts (SCC) or BTSCC, a descriptive study was carried out in two farms located in the dairy region of Antioquia (Colombia), in which lactating dairy cows (n = 95) were sampled during the morning and afternoon milking (once a month/3 months). CMT evaluation was performed at the afternoon milking at each time point of evaluation. In addition, total milk produced by individual cows was recorded and a milk sample was taken to perform SCC. Similarly, three samples of milk were taken from the tank to measure BTSCC. All milk samples were processed by triplicates by using a Fossomatic-90 equipment. Logarithmic transformation of data were done to normalize the SCC and BTSCC results according to the model: logarithmic SCC (SCCL) = Log2(SCC/100) +3, and analysis of variance were performed. A significant relationship (p<0.05) was found between the percent of positive quarters (at least one cross by CMT) and the BTSCC taken at the afternoon milking. Accordingly, a model was established to define the BTSCC value depending on the percentage of CMT positive quarters. The average SCC of 206.630 and 145.935 cel/ml, were found for afternoon and morning milking, respectively; in as much as the average BTSCC found were 186.830 and 93.145 cel/ml, for afternoon and morning milking, respectively. Furthermore, a significant relationship (p<0.05) was found between the SCC of the afternoon milking and the BTSCC. The BTSCC values were lower than the limit values accepted for the United Sates and European countries, which suggest that under strictly controlled management policies the dairy herds from Antioquia could meet the international standards for milk exportation.