Detalhe da pesquisa
1.
Statistical genetics in and out of quasi-linkage equilibrium.
Rep Prog Phys
; 86(5)2023 04 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36944245
2.
Global analysis of more than 50,000 SARS-CoV-2 genomes reveals epistasis between eight viral genes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(49): 31519-31526, 2020 12 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33203681
3.
Dynamic insights on transcription initiation and RNA processing during bacterial adaptation.
RNA
; 26(4): 382-395, 2020 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31992590
4.
Interacting networks of resistance, virulence and core machinery genes identified by genome-wide epistasis analysis.
PLoS Genet
; 13(2): e1006508, 2017 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28207813
5.
DCA for genome-wide epistasis analysis: the statistical genetics perspective.
Phys Biol
; 16(2): 026002, 2019 01 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30605896
6.
Theory of Nonequilibrium Local Search on Random Satisfaction Problems.
Phys Rev Lett
; 123(23): 230602, 2019 Dec 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31868433
7.
Landscape of RNA polyadenylation in E. coli.
Nucleic Acids Res
; 45(5): 2746-2756, 2017 03 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28426097
8.
Dynamics inside the cancer cell attractor reveal cell heterogeneity, limits of stability, and escape.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(10): 2672-7, 2016 Mar 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26929366
9.
Whole-genome mapping of 5' RNA ends in bacteria by tagged sequencing: a comprehensive view in Enterococcus faecalis.
RNA
; 21(5): 1018-30, 2015 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25737579
10.
The bulk and the tail of minimal absent words in genome sequences.
Phys Biol
; 13(2): 026004, 2016 Apr 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27043075
11.
SEK: sparsity exploiting k-mer-based estimation of bacterial community composition.
Bioinformatics
; 30(17): 2423-31, 2014 Sep 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24812337
12.
Improving contact prediction along three dimensions.
PLoS Comput Biol
; 10(10): e1003847, 2014 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25299132
13.
Detection and quantitative estimation of spurious double stranded DNA formation during reverse transcription in bacteria using tagRNA-seq.
RNA Biol
; 12(9): 1067-9, 2015.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26177062
14.
Maximum likelihood reconstruction for Ising models with asynchronous updates.
Phys Rev Lett
; 110(21): 210601, 2013 May 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23745850
15.
A simple and efficient method to search for selected primary transcripts: non-coding and antisense RNAs in the human pathogen Enterococcus faecalis.
Nucleic Acids Res
; 39(7): e46, 2011 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21266481
16.
Inverse Ising inference using all the data.
Phys Rev Lett
; 108(9): 090201, 2012 Mar 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22463617
17.
Anomalous thermodynamics at the microscale.
Phys Rev Lett
; 109(26): 260603, 2012 Dec 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23368546
18.
The Maximum Entropy Fallacy Redux?
PLoS Comput Biol
; 12(5): e1004777, 2016 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27171259
19.
Temporal epistasis inference from more than 3 500 000 SARS-CoV-2 genomic sequences.
Phys Rev E
; 106(4-1): 044409, 2022 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36397507
20.
Optimal protocols and optimal transport in stochastic thermodynamics.
Phys Rev Lett
; 106(25): 250601, 2011 Jun 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21770620