Detalhe da pesquisa
1.
TSEBRA: transcript selector for BRAKER.
BMC Bioinformatics
; 22(1): 566, 2021 Nov 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34823473
2.
Modeling leaderless transcription and atypical genes results in more accurate gene prediction in prokaryotes.
Genome Res
; 28(7): 1079-1089, 2018 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29773659
3.
Prediction of lncRNAs and their interactions with nucleic acids: benchmarking bioinformatics tools.
Brief Bioinform
; 20(2): 551-564, 2019 03 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29697742
4.
NCBI prokaryotic genome annotation pipeline.
Nucleic Acids Res
; 44(14): 6614-24, 2016 08 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27342282
5.
BRAKER1: Unsupervised RNA-Seq-Based Genome Annotation with GeneMark-ET and AUGUSTUS.
Bioinformatics
; 32(5): 767-9, 2016 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26559507
6.
Identification of protein coding regions in RNA transcripts.
Nucleic Acids Res
; 43(12): e78, 2015 Jul 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25870408
7.
UnSplicer: mapping spliced RNA-Seq reads in compact genomes and filtering noisy splicing.
Nucleic Acids Res
; 42(4): e25, 2014 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24259430
8.
Integration of mapped RNA-Seq reads into automatic training of eukaryotic gene finding algorithm.
Nucleic Acids Res
; 42(15): e119, 2014 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24990371
9.
GeneTack database: genes with frameshifts in prokaryotic genomes and eukaryotic mRNA sequences.
Nucleic Acids Res
; 41(Database issue): D152-6, 2013 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23161689
10.
Identification of the nature of reading frame transitions observed in prokaryotic genomes.
Nucleic Acids Res
; 41(13): 6514-30, 2013 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23649834
11.
TrueSight: a new algorithm for splice junction detection using RNA-seq.
Nucleic Acids Res
; 41(4): e51, 2013 Feb 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23254332
12.
MetaGeneTack: ab initio detection of frameshifts in metagenomic sequences.
Bioinformatics
; 29(1): 114-6, 2013 Jan 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23129300
13.
GeneMark-ETP: Automatic Gene Finding in Eukaryotic Genomes in Consistency with Extrinsic Data.
bioRxiv
; 2024 Jan 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36711453
14.
BRAKER3: Fully automated genome annotation using RNA-seq and protein evidence with GeneMark-ETP, AUGUSTUS and TSEBRA.
bioRxiv
; 2024 Feb 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37398387
15.
The Chlorella variabilis NC64A genome reveals adaptation to photosymbiosis, coevolution with viruses, and cryptic sex.
Plant Cell
; 22(9): 2943-55, 2010 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20852019
16.
Insights into evolution of multicellular fungi from the assembled chromosomes of the mushroom Coprinopsis cinerea (Coprinus cinereus).
Proc Natl Acad Sci U S A
; 107(26): 11889-94, 2010 Jun 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20547848
17.
MgCod: Gene Prediction in Phage Genomes with Multiple Genetic Codes.
J Mol Biol
; 435(14): 168159, 2023 07 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37244571
18.
A chromosome-length genome assembly and annotation of blackberry (Rubus argutus, cv. "Hillquist").
G3 (Bethesda)
; 13(2)2023 02 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36331334
19.
A pilot study of bacterial genes with disrupted ORFs reveals a surprising profusion of protein sequence recoding mediated by ribosomal frameshifting and transcriptional realignment.
Mol Biol Evol
; 28(11): 3195-211, 2011 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21673094
20.
Ab initio gene identification in metagenomic sequences.
Nucleic Acids Res
; 38(12): e132, 2010 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20403810