Erratum: Update Notice: Efficient Generation of Genome-wide Libraries for Protein-ligand Screens Using Gibson Assembly.

[This corrects the article .].

Identifying Antigenic Switching by Clonal Cell Barcoding and Nanopore Sequencing in Trypanosoma brucei.

Many organisms alternate the expression of genes from large gene sets or gene families to adapt to environmental cues or immune pressure. The single-celled protozoan pathogen Trypanosoma brucei spp. periodically changes its homogeneous surface coat of variant surface glycoproteins (VSGs) to evade host antibodies during infection. This pathogen expresses one out of ~2,500 VSG genes at a time from telomeric expression sites (ESs) and periodically changes their expression by transcriptional switching or recombination. Attempts to track VSG switching have previously relied on genetic modifications of ES sequences with drug-selectable markers or genes encoding fluorescent proteins. However, genetic modifications of the ESs can interfere with the binding of proteins that control VSG transcription and/or recombination, thus affecting VSG expression and switching. Other approaches include Illumina sequencing of the VSG repertoire, which shows VSGs expressed in the population rather than cell switching; the Illumina short reads often limit the distinction of the large set of VSG genes. Here, we describe a methodology to study antigenic switching without modifications of the ES sequences. Our protocol enables the detection of VSG switching at nucleotide resolution using multiplexed clonal cell barcoding to track cells and nanopore sequencing to identify cell-specific VSG expression. We also developed a computational pipeline that takes DNA sequences and outputs VSGs expressed by cell clones. This protocol can be adapted to study clonal cell expression of large gene families in prokaryotes or eukaryotes. Key features • This protocol enables the analysis of variant surface glycoproteins (VSG) switching in T. brucei without modifying the expression site sequences. • It uses a streamlined computational pipeline that takes fastq DNA sequences and outputs expressed VSG genes by each parasite clone. • The protocol leverages the long reads sequencing capacity of the Oxford nanopore sequencing technology, which enables accurate identification of the expressed VSGs. • The protocol requires approximately eight to nine days to complete.

Intraepithelial lymphocytes in the duodenal mucosa of meat quails receiving diets containing or not containing probiotic and different levels of crude protein / Linfócitos intraepiteliais na mucosa do duodeno de codornas de corte recebendo dietas contendo ou não probiótico e diferentes níveis de proteína bruta / Linfocitos intraepiteliales en la mucosa duodenal de codornices de abate recibiendo dietas con o sin probiótico y diferentes niveles de proteína bruta

The aim of this study is to evaluate the effect of probiotic supplementation associated to different levels of crude protein (CP) on the count of intraepithelial lymphocytes (IELs) in the duodenum of meat quails. A total of 2304 quails were distributed in a completely randomized design in a 2 x 4 factorial scheme (with and without probiotic and four levels of CP - 15, 20, 25 and 30%), with two replicates per treatment in two experimental periods, in a total of 32 experimental units. At seven days old, two quails from each experimental unit were euthanized to harvest the duodenum segment. Semi-serial 7-µm histological sections were obtained, which were subsequently stained with hematoxylin-eosin to perform the IEL count. For the calculation, first 2500 epithelial cells were counted from the mucosa of each animal, and then the IELs present between these cells were counted, with the results expressed in amounts of IELs/100 epithelial cells. No differences were found in the IEL count among the treatments. Under the experimental conditions, it can be concluded that the use of probiotic associated to different levels of CP supplementation does not alter the IEL count in the duodenum of meat quails.

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da suplementação de probiótico associado com diferentes níveis de proteína bruta (PB) sobre a contagem de linfócitos intraepiteliais (LIEs) no duodeno de codornas de corte. Um total de 2304 codornas foram distribuídas em um delineamento inteiramente casualizado em esquema fatorial 2 x 4 (com e sem probiótico e quatro níveis de PB ­ 15, 20, 25 e 30%), com duas repetições por tratamento em dois períodos experimentais, totalizando 32 unidades experimentais. Aos sete dias de idade, duas codornas de cada unidade experimental foi eutanasiada para colheita do segmento do duodeno. Cortes histológicos semi-seriados de sete µm foram obtidos, os quais foram posteriormente corados com hematoxilina-eosina para realização da contagem de LIEs. Para o cálculo, primeiro foram contados 2500 células epiteliais da mucosa de cada animal, e então os LIEs presentes entre essas células foram contados e os resultados expressos como quantidade de LIEs /100 células epiteliais. Não foram encontradas diferenças entre os tratamentos na contagem de LIEs. Nas condições em que o experimento foi desenvolvido, conclui-se que o uso de probiótico associado a diferentes níveis de PB não altera a contagem de LIEs do duodeno de codornas de corte.

Esta investigación buscó evaluar el efecto de suplementos probióticos asociados a diferentes niveles de proteína bruta (PB) sobre el contaje de linfocitos intraepiteliales (LIEs) del duodeno de codornices de abate. Un total de 2304 codornices fueron distribuidas en un delineamiento enteramente casualizado en esquema factorial 2x4 (con y sin probiótico y cuatro niveles de PB ­ 15, 20, 25 y 30%), con dos repeticiones por tratamiento, en dos períodos experimentales, totalizando 32 unidades experimentales. A los siete días de edad, dos codornices de cada unidad experimental sufrieron eutanasia, para colecta de segmento del duodeno. Se obtuvo cortes histológicos semi seriados con sete µm, que fueron posteriormente colorados con hematoxilina-eosina para realización de contaje de LIEs. Para el cálculo, primeramente se contó 2500 células del epitelio de la túnica mucosa de cada animal, y en seguida los LIEs presentes entre esas células, siendo los resultados expresos en cantidad de LIEs/100 células epiteliales. No hubo diferencias en el contaje de LIEs en función de los tratamientos. En las condiciones en que el experimento se realizó, se puede concluir que el uso de probiótico asociado a diferentes niveles de suplementos de PB no altera el contaje de LIEs en el duodeno de codornices de abate.

Trypanosoma cruzi e o sistema complemento: mecanismos de ativação e o papel do gene CRIT (Complement C2 Receptor Inhibitor Trispanning) na resistência à lise em cepas de classe I e II / Trypanosoma cruzi and the system complement: activation mechanisms and the paper of gene CRIT (Complement C2 Receptor Inhibitor Trispanning) in the resistance to lise in strain of class I and II

Trypanosoma cruzi,o parasita causador da doença de Chagas, infecta cerca de 18 milhões de pessoas na América latina...Marcadores moleculares tem determinado duas classes de T. cruzi, classe I com um ciclo de vida selvagem infectando principalmente marsupiais e a II com um ciclo de vida doméstico infectando mamíferos placentários...O principal mecanismo de defesa inata do hospedeiro é o sistema complemento, composto de proteínas ativadas em cascata que forma um poro na membrana do parasita levando a lise. O complemento pode ser ativado através de três vias: i) via clássica, ativada por imunoglobulinas ligada a superfície do patógeno, ii) lectinas, pela ligação da MBL (Mannan Binding Lectin) a carboidratos de superfície do patógeno, e iii) via alternativa, pela ligação de C3b a moléculas de superfície do patógeno...Nesse trabalho caracterizamos os mecanismos de ativação do complemento por formas epimastigotas de T. cruzi classe I (Colombiana) e II (Y); e determinamos o papel funcional do gene CRIT (“Complement C2 Receptor Inhibitor Trispaning”) na resistência a lise mediada pelo complemento. Ensaios de Concentração Letal de Soro-50 mostraram que T. cruzi cepa Colombiana é mais sensível a lise pelo complemento do que a cepa Y, 50 por cento de lise foi detectada com concentrações de soro entre 6,25 por cento e 12,5 por cento para Colombiana, e 12,5 por cento e 25 por cento para Y...Aos 5 minutos de incubação com SNH25 por cento a sobrevivência foi de 2,6 por cento para Colombiana e 44,6 por cento para Y...Ao bloquear as vias clássica e lectinas com SNH25 por cento com EGTA a lise foi lenta e similar entre as cepas com sobrevivência aos 30 minutos...Tc-CRIT é expresso na forma infectiva detectado com o anticorpo anti-CRIT-ed1. A sobre-expressão de CRIT em epimastigotas de Y conferiu 70 por cento de resistência à lise pelo complemento...Nossos resultados mostraram que T. cruzi ativa rapidamente a via clássica e lectinas do complemento. E as formas infectivas desse...