Detalhe da pesquisa
1.
Modeling protein-nucleic acid complexes with extremely large conformational changes using Flex-LZerD.
Proteomics
; 23(17): e2200322, 2023 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36529945
2.
Discriminating physiological from non-physiological interfaces in structures of protein complexes: A community-wide study.
Proteomics
; 23(17): e2200323, 2023 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37365936
3.
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15-CAPRI experiment.
Proteins
; 91(12): 1658-1683, 2023 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37905971
4.
LZerD webserver for pairwise and multiple protein-protein docking.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W359-W365, 2021 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33963854
5.
Protein docking model evaluation by 3D deep convolutional neural networks.
Bioinformatics
; 36(7): 2113-2118, 2020 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31746961
6.
Performance and enhancement of the LZerD protein assembly pipeline in CAPRI 38-46.
Proteins
; 88(8): 948-961, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31697428
7.
A global map of the protein shape universe.
PLoS Comput Biol
; 15(4): e1006969, 2019 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30978181
8.
Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment.
Proteins
; 87(12): 1200-1221, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31612567
9.
Modeling the assembly order of multimeric heteroprotein complexes.
PLoS Comput Biol
; 14(1): e1005937, 2018 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29329283
10.
Modeling disordered protein interactions from biophysical principles.
PLoS Comput Biol
; 13(4): e1005485, 2017 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28394890
11.
In silico structure-based approaches to discover protein-protein interaction-targeting drugs.
Methods
; 131: 22-32, 2017 12 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28802714
12.
PL-PatchSurfer2: Improved Local Surface Matching-Based Virtual Screening Method That Is Tolerant to Target and Ligand Structure Variation.
J Chem Inf Model
; 56(9): 1676-91, 2016 09 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27500657
13.
Navigating 3D electron microscopy maps with EM-SURFER.
BMC Bioinformatics
; 16: 181, 2015 May 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26025554
14.
Assembly of Protein Complexes in and on the Membrane with Predicted Spatial Arrangement Constraints.
J Mol Biol
; 436(6): 168486, 2024 Mar 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38336197
15.
Pairwise and Multi-chain Protein Docking Enhanced Using LZerD Web Server.
Methods Mol Biol
; 2690: 355-373, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37450159
16.
Assembly of Protein Complexes In and On the Membrane with Predicted Spatial Arrangement Constraints.
bioRxiv
; 2023 Nov 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37961264
17.
Improved Peptide Docking with Privileged Knowledge Distillation using Deep Learning.
bioRxiv
; 2023 Dec 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38106114
18.
Heterogeneity in Lowe Syndrome: Mutations Affecting the Phosphatase Domain of OCRL1 Differ in Impact on Enzymatic Activity and Severity of Cellular Phenotypes.
Biomolecules
; 13(4)2023 03 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37189363
19.
Domain-Based Protein Docking with Extremely Large Conformational Changes.
J Mol Biol
; 434(21): 167820, 2022 11 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36089054
20.
RL-MLZerD: Multimeric protein docking using reinforcement learning.
Front Mol Biosci
; 9: 969394, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36090027