Pesquisa | BVS IEC

Nucleoporin 107, 62 and 153 mediate Kcnq1ot1 imprinted domain regulation in extraembryonic endoderm stem cells.

Sachani, Saqib S; Landschoot, Lauren S; Zhang, Liyue; White, Carlee R; MacDonald, William A; Golding, Michael C; Mann, Mellissa R W.

Nat Commun ; 9(1): 2795, 2018 07 18.

Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-30022050

RESUMO

Genomic imprinting is a phenomenon that restricts transcription to predominantly one parental allele. How this transcriptional duality is regulated is poorly understood. Here we perform an RNA interference screen for epigenetic factors involved in paternal allelic silencing at the Kcnq1ot1 imprinted domain in mouse extraembryonic endoderm stem cells. Multiple factors are identified, including nucleoporin 107 (NUP107). To determine NUP107's role and specificity in Kcnq1ot1 imprinted domain regulation, we deplete Nup107, as well as Nup62, Nup98/96 and Nup153. Nup107, Nup62 and Nup153, but not Nup98/96 depletion, reduce Kcnq1ot1 noncoding RNA volume, displace the Kcnq1ot1 domain from the nuclear periphery, reactivate a subset of normally silent paternal alleles in the domain, alter histone modifications with concomitant changes in KMT2A, EZH2 and EHMT2 occupancy, as well as reduce cohesin interactions at the Kcnq1ot1 imprinting control region. Our results establish an important role for specific nucleoporins in mediating Kcnq1ot1 imprinted domain regulation.

Assuntos

Endoderma/metabolismo , Impressão Genômica , Complexo de Proteínas Formadoras de Poros Nucleares/genética , Canais de Potássio de Abertura Dependente da Tensão da Membrana/genética , RNA Longo não Codificante/genética , Células-Tronco/metabolismo , Animais , Proteínas de Ciclo Celular/genética , Proteínas de Ciclo Celular/metabolismo , Proteínas Cromossômicas não Histona/genética , Proteínas Cromossômicas não Histona/metabolismo , Cruzamentos Genéticos , Embrião de Mamíferos , Endoderma/citologia , Endoderma/crescimento & desenvolvimento , Proteína Potenciadora do Homólogo 2 de Zeste/genética , Proteína Potenciadora do Homólogo 2 de Zeste/metabolismo , Feminino , Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento , Histona-Lisina N-Metiltransferase/genética , Histona-Lisina N-Metiltransferase/metabolismo , Histonas/genética , Histonas/metabolismo , Masculino , Camundongos , Proteína de Leucina Linfoide-Mieloide/genética , Proteína de Leucina Linfoide-Mieloide/metabolismo , Complexo de Proteínas Formadoras de Poros Nucleares/metabolismo , Canais de Potássio de Abertura Dependente da Tensão da Membrana/metabolismo , Isoformas de Proteínas/genética , Isoformas de Proteínas/metabolismo , RNA Longo não Codificante/metabolismo , Células-Tronco/citologia , Coesinas

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