Detalhe da pesquisa
1.
Generative ß-hairpin design using a residue-based physicochemical property landscape.
Biophys J
; 2024 Feb 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38297834
2.
MHC-Fine: Fine-tuned AlphaFold for precise MHC-peptide complex prediction.
Biophys J
; 2024 May 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38751115
3.
OpenMDlr: parallel, open-source tools for general protein structure modeling and refinement from pairwise distances.
Bioinformatics
; 38(12): 3297-3298, 2022 06 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35512391
4.
Identification of Small-Molecule Inhibitors of Fibroblast Growth Factor 23 Signaling via In Silico Hot Spot Prediction and Molecular Docking to α-Klotho.
J Chem Inf Model
; 62(15): 3627-3637, 2022 08 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35868851
5.
Combining Three-Dimensional Modeling with Artificial Intelligence to Increase Specificity and Precision in Peptide-MHC Binding Predictions.
J Immunol
; 205(7): 1962-1977, 2020 10 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32878910
6.
Opinion: Protein folds vs. protein folding: Differing questions, different challenges.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(1): e2214423119, 2023 01 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36580595
7.
iPNHOT: a knowledge-based approach for identifying protein-nucleic acid interaction hot spots.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 289, 2020 Jul 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32631222
8.
Predicting kinase inhibitors using bioactivity matrix derived informer sets.
PLoS Comput Biol
; 15(8): e1006813, 2019 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31381559
9.
DBSI server: DNA binding site identifier.
Bioinformatics
; 32(18): 2853-5, 2016 09 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27259543
10.
Mitochondrial COQ9 is a lipid-binding protein that associates with COQ7 to enable coenzyme Q biosynthesis.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(44): E4697-705, 2014 Nov 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25339443
11.
A Mouthful of Anomalies.
Dent Update
; 43(6): 545-8, 2016.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29148648
12.
Interolog interfaces in protein-protein docking.
Proteins
; 83(11): 1940-6, 2015 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25740680
13.
DBSI: DNA-binding site identifier.
Nucleic Acids Res
; 41(16): e160, 2013 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23873960
14.
Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI.
Proteins
; 82(4): 620-32, 2014 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24155158
15.
Using physical potentials and learned models to distinguish native binding interfaces from de novo designed interfaces that do not bind.
Proteins
; 81(11): 1919-30, 2013 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23760773
16.
Data-driven models for protein interaction and design.
Proteins
; 81(12): 2221-8, 2013 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24038640
17.
Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions.
Proteins
; 81(11): 1980-7, 2013 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23843247
18.
MHC-Fine: Fine-tuned AlphaFold for Precise MHC-Peptide Complex Prediction.
bioRxiv
; 2023 Dec 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38077000
19.
Density-cluster NMA: A new protein decomposition technique for coarse-grained normal mode analysis.
Proteins
; 80(7): 1766-79, 2012 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22434479
20.
chipD: a web tool to design oligonucleotide probes for high-density tiling arrays.
Nucleic Acids Res
; 38(Web Server issue): W321-5, 2010 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20529880