Complete genome sequence of human T-cell lymphotropic type 1 from patients with different clinical profiles, including infective dermatitis.

The HTLV-1 is the first human retrovirus and is associated with several clinical syndromes, however, the pathogenesis of these clinical manifestations is still not fully understood. Furthermore, there are few complete genomes publicly available, about 0.12 complete genomes per 10,000 infected individuals and the databases have a major deficiency of sequences information. This study generated and characterized 31 HTLV-1 complete genomes sequences derived from individuals with Tropical Spastic Paraparesis/HTLV-1-Associated Myelopathy (TSP/HAM), Adult T-cell leukemia/lymphoma (ATL), infective dermatitis associated to HTLV-1 (IDH) and asymptomatic patients. These sequences are associated to clinical and epidemiological information about the patients. The sequencing data generated on Ion Torrent PGM platform were assembled and mapped against the reference HTLV-1 genome. These sequences were genotyped as Cosmopolitan subtype, Transcontinental subgroup. We identified the variants in the coding regions of the genome of the different clinical profiles, however, no statistical relation was detected. This study contributed to increase of HTLV-1 complete genomes in the world. Furthermore, to better investigate the contribution of HTLV-1 mutations for the disease outcome it is necessary to evaluate the interaction of the viral genome and characteristics of the human host.

Epidemiological aspects and spatial distribution of visceral leishmaniasis in Governador Valadares, Brazil, between 2008 and 2012.

INTRODUCTION: Visceral leishmaniasis (VL) is an important parasitic disease. We evaluated the epidemiological aspects and spatial distribution of visceral leishmaniasis in Governador Valadares, Brazil. METHODS: All cases of VL, registered by the municipal health department, were analyzed and georeferenced. RESULTS: The human mortality rate was 15% and canine seroprevalence rate was 29.0%. Higher numbers of canine VL cases correlated with higher incidence of human cases. CONCLUSIONS: The high rate of canine seroprevalence, resurgence of the human disease, and correlation between canine and human VL reinforces the role of the dog in disease transmission within the municipality.

Epidemiological aspects and spatial distribution of visceral leishmaniasis in Governador Valadares, Brazil, between 2008 and 2012

Abstract INTRODUCTION: Visceral leishmaniasis (VL) is an important parasitic disease. We evaluated the epidemiological aspects and spatial distribution of visceral leishmaniasis in Governador Valadares, Brazil. METHODS: All cases of VL, registered by the municipal health department, were analyzed and georeferenced. RESULTS: The human mortality rate was 15% and canine seroprevalence rate was 29.0%. Higher numbers of canine VL cases correlated with higher incidence of human cases. CONCLUSIONS: The high rate of canine seroprevalence, resurgence of the human disease, and correlation between canine and human VL reinforces the role of the dog in disease transmission within the municipality.

Sanitary quality of the public groundwater supply for the municipality of Belém in northern Brazil / Qualidade sanitária da água do manancial de superfície utilizado pelo serviço de abastecimento público do município de Belém, Pará, Brasil

The present study verified the quality of the water of Água Preta Lake, which is part of the public supply for the Northern Brazilian municipality of Belém (Pará State). Six samples were collected from each of six sampling points. The concentration (NMP) of coliforms was determined by Multiple-tube fermentation Technique. The isolates of Escherichia coli obtained from the samples were tested for susceptibility to the antibiotics (cefoxitin, ampicillin, imipenem, gentamicin, and amikacin). Furthermore, was analyzed the presence of diagnostic genes for the diarrheagenic strains of E. coli. None of the genes was identified, however, the recorded concentrations of thermo-tolerant coliforms were within the recommended limits for standing water sources used for public supplies. Nevertheless, the highest concentrations of total and thermo-tolerant coliforms were recorded at two points, one adjacent to the most densely-populated area of the lake margin, and the other near the catchment area for water from the Guamá River. The susceptibility testing indicated the presence of six resistance phenotype profiles, including multi-resistant strains. The results of the study reinforce the need for the systematic monitoring of this water source, in order to provide guidelines for the development of effective management policies for public water supplies, as well as the prevention of water-borne diseases.

Neste estudo, a qualidade da água foi verificada no manancial de abastecimento Água Preta, do município de Belém (PA). Houve seis amostragens em seis pontos de coleta e a concentração de coliformes foi verificada através da Técnica de Fermentação em Tubos Múltiplos para a determinação do NMP. Os isolados de Escherichia coli obtidos foram submetidos ao teste de sensibilidade aos seguintes antimicrobianos: cefoxitina, ampicilina, imipenem, gentamicina e amicacina. Além disso, foi investigado genes codificadores de fatores de virulência relacionados às variedades diarreiogênicas de E. coli. Não houve ocorrência de genes relacionados à patogenicidade, e as concentrações de coliformes termotolerantes apresentaram-se dentro dos padrões para mananciais de superfície usados para fins de abastecimento público. Contudo, as maiores concentrações de coliformes totais e termotolerantes foram observadas no ponto de coleta próximo à captação no rio Guamá e na área de maior adensamento populacional no entorno do lago. O teste de suscetibilidade dos isolados E. coli indicou uma alta porcentagem de resistência a ampicilina, a presença de seis perfis fenotípicos e a ocorrência de multiresistência. Assim, os resultados reforçam a necessidade do monitoramento sistemático deste manancial, visando a implementação de políticas de preservação e proteção dos mananciais utilizados para fins de abastecimento público, assim como a prevenção de doenças veiculadas pela água.

Conhecimento, atitudes e práticas sobre a transmissão oral da doença de Chagas e a interferência da cultura alimentar da Amazônia

Introdução: O estado do Pará possui o maior número de casos confirmados de doença de Chagas (DC), sendo relevante a prevalência na Amazônia em decorrência principalmente da transmissão oral, pelas condições precárias da produção de alimentos como o açaí, marcado pela forte cultura alimentar. Segundo dados oficiais do Relatório anual de gestão do Setor de Atendimento Médico Unificado ­ SOAMU ­ do Instituto Evandro Chagas (IEC), em 2018 foram registrados 125 casos confirmados de DC. O conhecimento prévio da população, suas crenças e atitudes interferem diretamente na propagação ou prevenção da doença por meio de suas práticas rotineiras, o estudo conhecimento, atitudes e práticas (CAP) pode ser uma importante ferramenta ou meio de prevenção em doenças negligenciadas como a DC. Objetivo: Investigar o conhecimento e a percepção de riscos sobre o consumo de açaí e alimentos afins como possível forma de transmissão da doença de Chagas, entre usuários do SOAMU/IEC, relacionando o conhecimento popular com as práticas adotadas pela população. Métodos: Estudo transversal, descritivo com utilização de abordagem quanti-qualitativa, do tipo inquérito CAP ­ Conhecimento, Atitudes e Práticas - por meio de questionário modular e análise das variáveis que possam interferir no padrão de vida e propagação ou prevenção da DC. Os conceitos foram definidos de acordo com a realidade da pesquisa como sendo: conhecimento ­ toda informação e percepção já adquirida pelos indivíduos; atitudes ­ a compreensão dos riscos e crenças acerca do açaí; e práticas ­ como produto dos dois que expressa o que exatamente a população pratica como forma de prevenção e controle da doença. Resultados: Participaram da pesquisa 251 usuários do SOAMU, dentre eles 66,14% do sexo feminino, na faixa etária média de 38,3 anos de idade, em sua maioria da zona urbana (92%) com renda familiar de até dois salários mínimos (72,5%) e ensino médio (50,60%). Sobre as condições sanitárias um expressivo percentual possui rede de esgoto (87,6%), saneamento básico (74,5%) e água potável (90,8%), mas a maioria usa água mineral engarrafada (59,4%). Em relação ao conhecimento 81,7% sabem o que é DC, 83,7% sabem como se adquire a doença e 82,5% sabem sobre o vetor, porém a maioria não sabe como evitar a transmissão oral da doença (59,8%). Conclusão: O estudo revelou a importância da orientação à população sobre as doenças veiculadas por alimentos (DVA´s), em especial pela cultura alimentar amazônica, figurando o açaí como alimento popular importante sob condições precárias de fabricação, faz-se então necessária a fiscalização mais ativa da vigilância sanitária nos pontos de produção e venda de alimentos in natura. A educação em saúde da população, é essencial como ferramenta de controleem saúde pública, em especial sobre o CAP para doença de Chagas, uma endemia urbana e negligenciada na Amazônia com elevado impacto social.

Caracterização bacteriológica de diferentes ecossistemas aquáticos de Belém ­ Pará

A degradação dos recursos hídricos, sob a ótica da poluição, tem impactos severos quanto às questões quanti-qualitativa e configura um sério problema de saúde pública, uma vez que a água contaminada pode ser um veículo de transmissão de diversos microrganismos potencialmente patogênicos. O objetivo deste estudo foi analisar as características bacteriológicas das águas superficiais de diferentes ecossistemas aquáticos de Belém - Pará. Para este fim, fez-se o levantamento do número mais provável (NMP / 100mL) dos indicadores microbiológicos e físico-químicos de qualidade da água e também do isolamento bacteriano dos quatro pontos de interesse do estudo: Igarapé Tucunduba, Mercado do Ver-o- Peso, Estação Elevatória de Esgoto do UNA - E.E.E UNA e Porto do Açaí, de agosto de 2012 a novembro de 2015. As cepas, estocadas no Laboratório de Microbiologia Ambiental do Instituto Evandro Chagas, foram reativadas utilizando meios de enriquecimento seletivos e indicadores, seguida da identificação por testes bioquímicos e sorológicos. Posteriormente se procedeu a extração do DNA por choque térmico, seguida de reações em cadeia da polimerase (PCR) para pesquisa de fatores de virulência. Para análise estatística se utilizou o programa Biostat 5.0. Os coliformes termotolerantes e Escherichia coli, apresentaram valores superiores a 1000 (NMP/100mL) durante todo o período, sem diferença estatística significante entre os meses do ano (Kruskal-Wallis p>0,05). No ranking geral de contaminação, a E.E.E UNA apresentou maior concentração dos indicadores microbiológicos, seguida do Igarapé Tucunduba, Porto do Açaí e Ver-o-Peso. A análise de variância entre os pontos de amostragem evidenciou semelhança nos níveis de contaminação entre a E.E.E. UNA e igarapé Tucunduba (Kruskal-Wallis p<0,05). As variáveis climáticas não interferiram significativamente nos índices de contaminação, evidenciando não haver um padrão sazonal. Os parâmetros Oxigênio dissolvido, Turbidez e Nitrito apresentaram resultados insatisfatórios ao confrontar com o que estabelece a legislação para águas de classe 2. As variáveis Turbidez, STD e STS influenciaram positivamente os coliformes termotolerantes e Escherichia coli, já as variáveis Fósforo Total, N-amoniacal e Nitrito correlacionaram-se negativamente com os indicadores microbiológicos. Os níveis de contaminação não demonstraram associação com os números de casos de doenças diarreicas no município de Belém. No total, foram encontradas 221 cepas estocadas. No entanto, apenas 200 foram possíveis de reativação, utilizando o protocolo descrito neste estudo. Estas se dividiam em 163 cepas de Vibrio cholerae, 8 de Vibrio mimicus, 24 de E. coli e 5 de Salmonella spp. Todos os isolados de V. cholerae são Não-O1 e Não-O139 e, 18 destes, expressaram o gene Stn/Sto. Nenhuma E.coli demonstrou ser patogênica após análise molecular. Os resultados obtidos apontam que os ambientes estudados se encontram impactados por contaminação fecal, inclusive com a circulação de patógenos na sua forma viável e cultivável e chamam atenção para a degradação dos recursos hídricos locais, sobretudo os sérios riscos à saúde pública, em virtude da possibilidade de doenças de veiculação hídrica. / CAPES

Análise metagenômica viral de morcegos coletados nos estados do Pará e Amapá

Vários estudos têm demonstrado que os morcegos são importantes reservatórios naturais de vírus com alta patogenicidade tanto para animais quanto para humanos. Apesar desta associação, existem poucos estudos descrevendo a comunidade viral em morcegos na Amazônia, principalmente trabalhos que envolvam a abordagem metagenômica. Sendo assim, nosso trabalho envolve caracterizar pela primeira vez a comunidade viral das espécies de morcegos presentes em regiões dos estados do Pará e Amapá pela abordagem metagenômica. As coletas foram realizadas entre novembro de 2015 e maio de 2017, nos municípios de Viseu e Carajás, no estado do Pará e nos municípios de Ferreira Gomes e Tartarugalzinho, no estado do Amapá. Foram coletados 74 indivíduos distribuídos em 22 espécies, sendo gerados dados individuais de leituras e contigs tanto para amostras de cérebro quanto para amostras de intestino. A família Retroviridae foi a que possuiu o maior número de contigs e leituras positivas em todas as amostras, enquanto que para as outras famílias, as distribuições variaram de acordo com a localidade e tipo de tecido, refletindo características de cada família viral, como tropismo por tipo de tecido; e características do próprio hospedeiro, como tipo de alimentação e localização. Foram recuperados 4 genomas completos ou quase completos. A partir de tecido cerebral de Desmodus rotundus foi sequenciado um retrovírus endógeno, pertencente ao gênero Betaretrovirus. Uma sequência com similaridade com o sorotipo 4 do Virus Dengue foi sequenciada de Platyrrhinus helleri, enquanto que a de Saccopteryx leptura e Carollia perspicillata, foram recuperados os genomas de sequencias similares com as famílias Astroviridae e Picornaviridae respectivamente. A utilização da ferramenta de metagenômica para a caracterização da microbiota viral se mostrou eficiente, uma vez que, uma grande porcentagem das leituras geradas teve similaridade com sequencias virais. Além da identificação de vírus já conhecidos, a ferramenta mostra grande potencial na identificação de novas cepas virais, atingindo o nosso principal objetivo que é a caracterização da comunidade viral presente em morcegos.