Detalhe da pesquisa
1.
PyCoM: a python library for large-scale analysis of residue-residue coevolution data.
Bioinformatics
; 40(4)2024 Mar 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38532297
2.
MDSubSampler: a posteriori sampling of important protein conformations from biomolecular simulations.
Bioinformatics
; 39(7)2023 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37417958
3.
Dynamic Profiling of ß-Coronavirus 3CL Mpro Protease Ligand-Binding Sites.
J Chem Inf Model
; 61(6): 3058-3073, 2021 06 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34124899
4.
Structure-based enzyme engineering improves donor-substrate recognition of Arabidopsis thaliana glycosyltransferases.
Biochem J
; 477(15): 2791-2805, 2020 08 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32657326
5.
Allosteric Priming of E. coli CheY by the Flagellar Motor Protein FliM.
Biophys J
; 119(6): 1108-1122, 2020 09 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32891187
6.
Conformational coupling by trans-phosphorylation in calcium calmodulin dependent kinase II.
PLoS Comput Biol
; 15(5): e1006796, 2019 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31150387
7.
In silico identification of rescue sites by double force scanning.
Bioinformatics
; 34(2): 207-214, 2018 01 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28961796
8.
Ligand-induced perturbation of the HIF-2α:ARNT dimer dynamics.
PLoS Comput Biol
; 14(2): e1006021, 2018 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29489822
9.
The Phylogenetic Signature Underlying ATP Synthase c-Ring Compliance.
Biophys J
; 109(5): 975-87, 2015 Sep 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26331255
10.
BCR-ABL residues interacting with ponatinib are critical to preserve the tumorigenic potential of the oncoprotein.
FASEB J
; 28(3): 1221-36, 2014 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24297701
11.
GSATools: analysis of allosteric communication and functional local motions using a structural alphabet.
Bioinformatics
; 29(16): 2053-5, 2013 Aug 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23740748
12.
N4BP1 functions as a dimerization-dependent linear ubiquitin reader which regulates TNF signalling.
Cell Death Discov
; 10(1): 183, 2024 Apr 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38643192
13.
Comparative analysis of homology models of the AH receptor ligand binding domain: verification of structure-function predictions by site-directed mutagenesis of a nonfunctional receptor.
Biochemistry
; 52(4): 714-25, 2013 Jan 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23286227
14.
Detection of allosteric signal transmission by information-theoretic analysis of protein dynamics.
FASEB J
; 26(2): 868-81, 2012 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22071506
15.
PathDetect-SOM: A Neural Network Approach for the Identification of Pathways in Ligand Binding Simulations.
J Chem Theory Comput
; 18(3): 1957-1968, 2022 Mar 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35213804
16.
Recognizing the Binding Pattern and Dissociation Pathways of the p300 Taz2-p53 TAD2 Complex.
JACS Au
; 2(8): 1935-1945, 2022 Aug 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36032526
17.
Conformational and functional analysis of molecular dynamics trajectories by self-organising maps.
BMC Bioinformatics
; 12: 158, 2011 May 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21569575
18.
Predicting the accuracy of protein-ligand docking on homology models.
J Comput Chem
; 32(1): 81-98, 2011 Jan 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20607693
19.
Machine Learning Prediction of Allosteric Drug Activity from Molecular Dynamics.
J Phys Chem Lett
; 12(15): 3724-3732, 2021 Apr 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33843228
20.
Reconstruction of ARNT PAS-B Unfolding Pathways by Steered Molecular Dynamics and Artificial Neural Networks.
J Chem Theory Comput
; 17(4): 2080-2089, 2021 Apr 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33780250