Detalhe da pesquisa
1.
Chemotaxis shapes the microscale organization of the ocean's microbiome.
Nature
; 605(7908): 132-138, 2022 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35444277
2.
CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome quality using machine learning.
Nat Methods
; 20(8): 1203-1212, 2023 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37500759
3.
AnnoView enables large-scale analysis, comparison, and visualization of microbial gene neighborhoods.
Brief Bioinform
; 25(3)2024 Mar 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38747283
4.
GTDB: an ongoing census of bacterial and archaeal diversity through a phylogenetically consistent, rank normalized and complete genome-based taxonomy.
Nucleic Acids Res
; 50(D1): D785-D794, 2022 01 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34520557
5.
GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the genome taxonomy database.
Bioinformatics
; 38(23): 5315-5316, 2022 11 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36218463
6.
Author Correction: CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome quality using machine learning.
Nat Methods
; 21(4): 735, 2024 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38514780
7.
Evidence for non-methanogenic metabolisms in globally distributed archaeal clades basal to the Methanomassiliicoccales.
Environ Microbiol
; 23(1): 340-357, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33185945
8.
AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life.
Nucleic Acids Res
; 47(9): 4442-4448, 2019 05 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31081040
9.
GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.
Bioinformatics
; 2019 Nov 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31730192
10.
Proposal to reclassify the proteobacterial classes Deltaproteobacteria and Oligoflexia, and the phylum Thermodesulfobacteria into four phyla reflecting major functional capabilities.
Int J Syst Evol Microbiol
; 70(11): 5972-6016, 2020 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33151140
11.
CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes.
Genome Res
; 25(7): 1043-55, 2015 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25977477
12.
Comparative Genomics of Candidate Phylum TM6 Suggests That Parasitism Is Widespread and Ancestral in This Lineage.
Mol Biol Evol
; 33(4): 915-27, 2016 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26615204
13.
STAMP: statistical analysis of taxonomic and functional profiles.
Bioinformatics
; 30(21): 3123-4, 2014 Nov 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25061070
14.
Rapid identification of high-confidence taxonomic assignments for metagenomic data.
Nucleic Acids Res
; 40(14): e111, 2012 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22532608
15.
Measuring community similarity with phylogenetic networks.
Mol Biol Evol
; 29(12): 3947-58, 2012 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22915830
16.
Proposal of names for 329 higher rank taxa defined in the Genome Taxonomy Database under two prokaryotic codes.
FEMS Microbiol Lett
; 3702023 01 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37480240
17.
Greengenes2 unifies microbial data in a single reference tree.
Nat Biotechnol
; 2023 Jul 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37500913
18.
GenGIS: A geospatial information system for genomic data.
Genome Res
; 19(10): 1896-904, 2009 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19635847
19.
Chemotaxis may assist marine heterotrophic bacterial diazotrophs to find microzones suitable for N2 fixation in the pelagic ocean.
ISME J
; 16(11): 2525-2534, 2022 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35915168
20.
Development of the SeqCode: A proposed nomenclatural code for uncultivated prokaryotes with DNA sequences as type.
Syst Appl Microbiol
; 45(5): 126305, 2022 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36049255