Detalhe da pesquisa
1.
DifferentialRegulation: a Bayesian hierarchical approach to identify differentially regulated genes.
Biostatistics
; 2024 Jun 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38887902
2.
Alevin-fry unlocks rapid, accurate and memory-frugal quantification of single-cell RNA-seq data.
Nat Methods
; 19(3): 316-322, 2022 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35277707
3.
Designing efficient randstrobes for sequence similarity analyses.
Bioinformatics
; 40(4)2024 Mar 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38579261
4.
simpleaf: a simple, flexible, and scalable framework for single-cell data processing using alevin-fry.
Bioinformatics
; 39(10)2023 10 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37802884
5.
Airpart: interpretable statistical models for analyzing allelic imbalance in single-cell datasets.
Bioinformatics
; 38(10): 2773-2780, 2022 05 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35561168
6.
An incrementally updatable and scalable system for large-scale sequence search using the Bentley-Saxe transformation.
Bioinformatics
; 38(12): 3155-3163, 2022 06 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35325039
7.
Cuttlefish: fast, parallel and low-memory compaction of de Bruijn graphs from large-scale genome collections.
Bioinformatics
; 37(Suppl_1): i177-i186, 2021 07 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34252958
8.
PuffAligner: a fast, efficient and accurate aligner based on the Pufferfish index.
Bioinformatics
; 37(22): 4048-4055, 2021 11 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34117875
9.
Compression of quantification uncertainty for scRNA-seq counts.
Bioinformatics
; 37(12): 1699-1707, 2021 Jul 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33471073
10.
Preprocessing choices affect RNA velocity results for droplet scRNA-seq data.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008585, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33428615
11.
A Bayesian framework for inter-cellular information sharing improves dscRNA-seq quantification.
Bioinformatics
; 36(Suppl_1): i292-i299, 2020 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32657394
12.
Terminus enables the discovery of data-driven, robust transcript groups from RNA-seq data.
Bioinformatics
; 36(Suppl_1): i102-i110, 2020 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32657377
13.
Tximeta: Reference sequence checksums for provenance identification in RNA-seq.
PLoS Comput Biol
; 16(2): e1007664, 2020 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32097405
14.
Nonparametric expression analysis using inferential replicate counts.
Nucleic Acids Res
; 47(18): e105, 2019 10 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31372651
15.
Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression.
Nat Methods
; 14(4): 417-419, 2017 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28263959
16.
Minnow: a principled framework for rapid simulation of dscRNA-seq data at the read level.
Bioinformatics
; 35(14): i136-i144, 2019 07 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31510649
17.
TransRate: reference-free quality assessment of de novo transcriptome assemblies.
Genome Res
; 26(8): 1134-44, 2016 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27252236
18.
Grouper: graph-based clustering and annotation for improved de novo transcriptome analysis.
Bioinformatics
; 34(19): 3265-3272, 2018 10 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29746620
19.
A space and time-efficient index for the compacted colored de Bruijn graph.
Bioinformatics
; 34(13): i169-i177, 2018 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29949982
20.
Squeakr: an exact and approximate k-mer counting system.
Bioinformatics
; 34(4): 568-575, 2018 02 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29444235