Detalhe da pesquisa
1.
Effect of tokenization on transformers for biological sequences.
Bioinformatics
; 40(4)2024 Mar 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38608190
2.
Statistical framework to determine indel-length distribution.
Bioinformatics
; 40(2)2024 02 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38269647
3.
Evaluation of the Ability of AlphaFold to Predict the Three-Dimensional Structures of Antibodies and Epitopes.
J Immunol
; 211(10): 1578-1588, 2023 11 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37782047
4.
GenomeFLTR: filtering reads made easy.
Nucleic Acids Res
; 51(W1): W232-W236, 2023 07 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37177997
5.
Evolution of myxozoan mitochondrial genomes: insights from myxobolids.
BMC Genomics
; 25(1): 388, 2024 Apr 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38649808
6.
A phage mechanism for selective nicking of dUMP-containing DNA.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(23)2021 06 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34074772
7.
An Approximate Bayesian Computation Approach for Modeling Genome Rearrangements.
Mol Biol Evol
; 39(11)2022 11 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36282896
8.
Effectidor: an automated machine-learning-based web server for the prediction of type-III secretion system effectors.
Bioinformatics
; 38(8): 2341-2343, 2022 04 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35157036
9.
A LASSO-based approach to sample sites for phylogenetic tree search.
Bioinformatics
; 38(Suppl 1): i118-i124, 2022 06 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35758778
10.
A Probabilistic Model for Indel Evolution: Differentiating Insertions from Deletions.
Mol Biol Evol
; 38(12): 5769-5781, 2021 12 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34469521
11.
PASA: Proteomic analysis of serum antibodies web server.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008607, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33493161
12.
ModelTeller: Model Selection for Optimal Phylogenetic Reconstruction Using Machine Learning.
Mol Biol Evol
; 37(11): 3338-3352, 2020 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32585030
13.
M1CR0B1AL1Z3R-a user-friendly web server for the analysis of large-scale microbial genomics data.
Nucleic Acids Res
; 47(W1): W88-W92, 2019 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31114912
14.
Ancestral sequence reconstruction: accounting for structural information by averaging over replacement matrices.
Bioinformatics
; 35(15): 2562-2568, 2019 08 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30590382
15.
Multiple Sequence Alignment Averaging Improves Phylogeny Reconstruction.
Syst Biol
; 68(1): 117-130, 2019 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29771363
16.
A Simulation-Based Approach to Statistical Alignment.
Syst Biol
; 68(2): 252-266, 2019 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30239957
17.
Phage display peptide libraries: deviations from randomness and correctives.
Nucleic Acids Res
; 46(9): e52, 2018 05 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29420788
18.
TraitRateProp: a web server for the detection of trait-dependent evolutionary rate shifts in sequence sites.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W260-W264, 2017 07 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28453644
19.
SpartaABC: a web server to simulate sequences with indel parameters inferred using an approximate Bayesian computation algorithm.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W453-W457, 2017 07 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28460062
20.
Combined Analysis of Variation in Core, Accessory and Regulatory Genome Regions Provides a Super-Resolution View into the Evolution of Bacterial Populations.
PLoS Genet
; 12(9): e1006280, 2016 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27618184