Detalhe da pesquisa
1.
Predicting Protein-Peptide Interactions: Benchmarking Deep Learning Techniques and a Comparison with Focused Docking.
J Chem Inf Model
; 63(10): 3158-3170, 2023 05 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37167566
2.
Improving Docking Power for Short Peptides Using Random Forest.
J Chem Inf Model
; 61(6): 3074-3090, 2021 06 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34124893
3.
Cyclic Peptides as Protein Kinase Inhibitors: Structure-Activity Relationship and Molecular Modeling.
J Chem Inf Model
; 61(6): 3015-3026, 2021 06 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34000187
4.
AutoDock CrankPep: combining folding and docking to predict protein-peptide complexes.
Bioinformatics
; 35(24): 5121-5127, 2019 12 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31161213
5.
AutoGridFR: Improvements on AutoDock Affinity Maps and Associated Software Tools.
J Comput Chem
; 40(32): 2882-2886, 2019 12 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31436329
6.
cellPACK: a virtual mesoscope to model and visualize structural systems biology.
Nat Methods
; 12(1): 85-91, 2015 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25437435
7.
AutoSite: an automated approach for pseudo-ligands prediction-from ligand-binding sites identification to predicting key ligand atoms.
Bioinformatics
; 32(20): 3142-3149, 2016 10 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27354702
8.
AutoDockFR: Advances in Protein-Ligand Docking with Explicitly Specified Binding Site Flexibility.
PLoS Comput Biol
; 11(12): e1004586, 2015 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26629955
9.
The AutoDock suite at 30.
Protein Sci
; 30(1): 31-43, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32808340
10.
Accelerating AutoDock4 with GPUs and Gradient-Based Local Search.
J Chem Theory Comput
; 17(2): 1060-1073, 2021 Feb 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33403848
11.
C-terminal residues of activated protein C light chain contribute to its anticoagulant and cytoprotective activities.
J Thromb Haemost
; 18(5): 1027-1038, 2020 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32017367
12.
AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility.
J Comput Chem
; 30(16): 2785-91, 2009 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19399780
13.
Docking Flexible Cyclic Peptides with AutoDock CrankPep.
J Chem Theory Comput
; 15(10): 5161-5168, 2019 Oct 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31505931
14.
FLIPDock: docking flexible ligands into flexible receptors.
Proteins
; 68(3): 726-37, 2007 Aug 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-17523154
15.
A component-based software environment for visualizing large macromolecular assemblies.
Structure
; 13(3): 447-62, 2005 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-15766546
16.
Activated protein C light chain provides an extended binding surface for its anticoagulant cofactor, protein S.
Blood Adv
; 1(18): 1423-1426, 2017 Aug 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29296783
17.
Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite.
Nat Protoc
; 11(5): 905-19, 2016 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27077332
18.
Evolutionary analysis of HIV-1 protease inhibitors: Methods for design of inhibitors that evade resistance.
Proteins
; 48(1): 63-74, 2002 Jul 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-12012338
19.
Model of the alphaLbeta2 integrin I-domain/ICAM-1 DI interface suggests that subtle changes in loop orientation determine ligand specificity.
Proteins
; 48(2): 151-60, 2002 Aug 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-12112684
20.
3D molecular models of whole HIV-1 virions generated with cellPACK.
Faraday Discuss
; 169: 23-44, 2014.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25253262