Fatal Outcome of Chikungunya Virus Infection in Brazil.

BACKGROUND: Chikungunya virus (CHIKV) emerged in the Americas in 2013 and has caused approximately 2.1 million cases and >600 deaths. A retrospective investigation was undertaken to describe clinical, epidemiological, and viral genomic features associated with deaths caused by CHIKV in Ceará state, northeast Brazil. METHODS: Sera, cerebrospinal fluid (CSF), and tissue samples from 100 fatal cases with suspected arbovirus infection were tested for CHIKV, dengue virus (DENV), and Zika virus (ZIKV). Clinical, epidemiological, and death reports were obtained for patients with confirmed CHIKV infection. Logistic regression analysis was undertaken to identify independent factors associated with risk of death during CHIKV infection. Phylogenetic analysis was conducted using whole genomes from a subset of cases. RESULTS: Sixty-eight fatal cases had CHIKV infection confirmed by reverse-transcription quantitative polymerase chain reaction (52.9%), viral antigen (41.1%), and/or specific immunoglobulin M (63.2%). Co-detection of CHIKV with DENV was found in 22% of fatal cases, ZIKV in 2.9%, and DENV and ZIKV in 1.5%. A total of 39 CHIKV deaths presented with neurological signs and symptoms, and CHIKV-RNA was found in the CSF of 92.3% of these patients. Fatal outcomes were associated with irreversible multiple organ dysfunction syndrome. Patients with diabetes appear to die at a higher frequency during the subacute phase. Genetic analysis showed circulation of 2 CHIKV East-Central-South African (ECSA) lineages in Ceará and revealed no unique virus genomic mutation associated with fatal outcome. CONCLUSIONS: The investigation of the largest cross-sectional cohort of CHIKV deaths to date reveals that CHIKV-ECSA strains can cause death in individuals from both risk and nonrisk groups, including young adults.

Genomic screening of new putative antiviral lectins from Amazonian cyanobacteria based on a bioinformatics approach.

Lectins are proteins of nonimmune origin, which are capable of recognizing and binding to glycoconjugate moieties. Some of them can block the interaction of viral glycoproteins to the host cell receptors acting as antiviral agents. Although cyanobacterial lectins have presented broad biotechnological potential, little research has been directed to Amazonian Cyanobacterial diversity. In order to identify new antiviral lectins, we performed genomic analysis in seven cyanobacterial strains from Coleção Amazônica de Cianobactérias e Microalgas (CACIAM). We found 75 unique CDS presenting one or more lectin domains. Since almost all were annotated as hypothetical proteins, we used homology modeling and molecular dynamics simulations to evaluate the structural and functional properties of three CDS that were more similar to known antiviral lectins. Nostoc sp. CACIAM 19 as well as Tolypothrix sp. CACIAM 22 strains presented cyanovirin-N homologues whose function was confirmed by binding free energy calculations. Asn, Glu, Thr, Lys, Leu, and Gly, which were described as binding residues for cyanovirin, were also observed on those structures. As for other known cyanovirins, those residues in both our models also made favorable interactions with dimannose. Finally, Alkalinema sp. CACIAM 70d presented one CDS, which was identified as a seven-bladed beta-propeller structure with binding sites predicted for sialic acid and N-acetylglucosamine. Despite its singular structure, our analysis suggested this molecule as a new putative antiviral lectin. Overall, the identification and the characterization of new lectins and their homologues are a promising area in antiviral research, and Amazonian cyanobacteria present biotechnological potential to be explored in this regard.

In silico analysis of the cyanobacterial lectin scytovirin: new insights into binding properties.

Scytovirin is a lectin isolated from the cyanobacterium Scytonema varium that has shown activity against HIV, SARS coronavirus and Zaire Ebola virus. Its 95 amino acids are divided into two structural domains (SD), the first spanning amino acids 1-48 (SD1) and the second 49-95 (SD2). Interestingly, the domains are nearly identical but differ in their affinities for carbohydrates. With the aim of enhancing understanding of the binding properties of scytovirin, we performed molecular dynamics (MD) simulations of scytovirin complexed with Man4. We set up three systems: (i) Man4 bound to both domains (SD1 + SD2) using the full-length protein; (ii) Man4 bound to an incomplete protein, containing only SD1 and (iii) Man4 bound to an incomplete protein containing only SD2. Contrary to other reports, binding free energy results suggest that Man4 can bind simultaneously to SD1 and SD2 binding regions, but SD1 individually has the best values of energy and the best affinity for Man4. Decomposition of the binding free energy showed that the residues that interact with Man4 were different in the three systems, suggesting that the binding mechanism of Man4 varies between full-length protein, SD1 and SD2. The results presented here may help to formulate strategies to use scytovirin and promote mutagenesis studies to improve the antiviral activity of scytovirin.

Incidence of viral hepatitis in Brazil from 2009 to 2018: an epidemiological study of confirmed cases of viral hepatitis.

INTRODUCTION: Viral hepatitis is a major public health problem. It is necessary to understand the epidemic, verifying the combination of biological and demographic characteristics. METHODS: This is an analytical ecological and epidemiological study. Confirmed case data from the Notification Disease Information System (SINAN) were used. RESULTS: From 2009-2018, SINAN confirmed 404,003 viral hepatitis cases in Brazil, with 12.49%, 37.06%, and 48.28% cases of hepatitis A, B, and C, respectively. CONCLUSIONS: In Brazil, 4,296 deaths were associated with viral hepatitis, of which 36.66% were associated with acute hepatitis B. The proportional distribution of cases varied among the five Brazilian regions.

Using Accelerated Molecular Dynamics Simulation to elucidate the effects of the T198F mutation on the molecular flexibility of the West Nile virus envelope protein.

The envelope (E) protein is an important target for antibodies in flavivirus. Literature reports that the mutation T198F, located at the domain I-II hinge of the E protein, regulates viral breathing and increases the accessibility of a distal cryptic epitope located on the fusion loop, having a direct impact in the neutralization of West Nile virus (WNV). Our study aimed to describe, using accelerated molecular dynamics simulations, the effects of the T198F mutation in the flexibility of the E protein of WNV and to elucidate the mechanism that regulates epitope accessibility. The simulation results revealed that the mutation favors the formation of alternative hydrogen bonds, hampering the bending movement between domains I and II. We hypothesized that this is the mechanism by which the T198F mutation, located at the middle of the protein, locks the distal cryptc epitope near a single preferred conformation, rendering it more prone to recognition by antibodies.

Characterization of mitochondrial genome of Haemagogus janthinomys (Diptera: Culicidae).

Haemagogus janthinomys is a mosquito of high importance in public health due its involvement on natural wild cycles of two important arboviruses in the Brazilian Amazon region: Yellow Fever virus (Flaviviridae, Flavivirus) and Mayaro virus (Togaviridae, Alphavirus). Here, we have sequenced and described all the mitochondrial genes for the Hg. janthinomys species. The complete coding sequence is14 937 bp long and includes 37 functional genes, of which 13 codes for proteins, 22 for tRNA and 2 for ribosomal subunits. Region A + T (control region) is not presented here. The data should be helpful on further taxonomic and evolutionary studies of this important arbovirus vector.

Incidence of viral hepatitis in Brazil from 2009 to 2018: an epidemiological study of confirmed cases of viral hepatitis

Abstract INTRODUCTION: Viral hepatitis is a major public health problem. It is necessary to understand the epidemic, verifying the combination of biological and demographic characteristics. METHODS: This is an analytical ecological and epidemiological study. Confirmed case data from the Notification Disease Information System (SINAN) were used. RESULTS: From 2009-2018, SINAN confirmed 404,003 viral hepatitis cases in Brazil, with 12.49%, 37.06%, and 48.28% cases of hepatitis A, B, and C, respectively. CONCLUSIONS: In Brazil, 4,296 deaths were associated with viral hepatitis, of which 36.66% were associated with acute hepatitis B. The proportional distribution of cases varied among the five Brazilian regions.

Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetic findings.

Brazil has experienced an unprecedented epidemic of Zika virus (ZIKV), with ~30,000 cases reported to date. ZIKV was first detected in Brazil in May 2015, and cases of microcephaly potentially associated with ZIKV infection were identified in November 2015. We performed next-generation sequencing to generate seven Brazilian ZIKV genomes sampled from four self-limited cases, one blood donor, one fatal adult case, and one newborn with microcephaly and congenital malformations. Results of phylogenetic and molecular clock analyses show a single introduction of ZIKV into the Americas, which we estimated to have occurred between May and December 2013, more than 12 months before the detection of ZIKV in Brazil. The estimated date of origin coincides with an increase in air passengers to Brazil from ZIKV-endemic areas, as well as with reported outbreaks in the Pacific Islands. ZIKV genomes from Brazil are phylogenetically interspersed with those from other South American and Caribbean countries. Mapping mutations onto existing structural models revealed the context of viral amino acid changes present in the outbreak lineage; however, no shared amino acid changes were found among the three currently available virus genomes from microcephaly cases. Municipality-level incidence data indicate that reports of suspected microcephaly in Brazil best correlate with ZIKV incidence around week 17 of pregnancy, although this correlation does not demonstrate causation. Our genetic description and analysis of ZIKV isolates in Brazil provide a baseline for future studies of the evolution and molecular epidemiology of this emerging virus in the Americas.

Pacui Virus, Rio Preto da Eva Virus, and Tapirape Virus, Three Distinct Viruses within the Family Bunyaviridae.

Nearly complete genome sequences for three ungrouped viruses, Pacui virus (BEAN27326), Rio Preto da Eva virus (BEAR540870), and Tapirape virus (BEAN767592) isolated in the Amazon region are reported here. All three genomic segments (small, medium and large RNA) were recovered and were similar to members of the genus Orthobunyavirus.

Draft Genome Sequence of the Brazilian Cyanobium sp. Strain CACIAM 14.

Given the scarcity of data pertaining to whole-genome sequences of cyanobacterial strains isolated in Brazil, we hereby present the draft genome sequence of the Cyanobium sp. strain CACIAM 14, isolated in southeastern Amazonia.

Síndrome congênita do Zika e má nutrição proteica materna: avaliação da expressão diferencial de microRNAs no sistema nervoso central

Apesar da pandemia de Zika no Continente Americano, a síndrome congênita do zika (SCZ) apresentou-se de uma forma assimétrica, com maior incidência no Brasil, especialmente em áreas com piores condições sócio econômicas. Fatores socioeconômicos e má nutrição se correlacionam, e a carência proteica é apontada como o tipo mais prejudicial de desnutrição em países em desenvolvimento. Adicionalmente, a desnutrição proteica isoladamente está associada à má formação cerebral. Diante disso, o estudo do perfil de miRNAs surge como uma ferramenta para compreender a neuropatogênese do ZIKV, e fornecer evidências se a desnutrição proteica é um cofator para a SCZ. Desta forma, avaliou-se a expressão diferencial de miRNAs em cérebros fetais de camundongos após infecção materna pelo ZIKV associado ao tipo de aporte nutricional proteico. Para isso, foram separados dois grupos de camundongos fêmeas, com base na dieta. O grupo controle (CD) recebeu uma dieta com 20% de proteínas, e o grupo desnutrido (LP), com 6% de proteínas, antes do acasalamento e na gestação. No dia embrionário 12 (E12), os animais receberam injeção intraperitoneal de 106 unidades formadoras de placas do ZIKV ou o sobrenadante de células C6/36 não infectados, formando 4 grupos: CD_ mock (dieta controle, não infectado), CD_ZIKV (dieta controle, infectado pelo ZIKV), LP_Mock (dieta com baixo teor de proteína, não infectado) e LP_ZIKV (dieta com baixo teor de proteína, infectado pelo ZIKV), com 5 animais em cada grupo. No E15 (dia embrionário 15), os encéfalos dos fetos foram removidos, e o RNA total foi extraído, quantificado e analisado quanto a integridade. As amostras seguiram para síntese de bibliotecas de miRNAs, sequenciamento, identificação e análise da expressão diferencial de miRNAs por bioinformática. Os alvos foram preditos e analisados quanto ao enriquecimento dos grupos gênicos de vias moleculares e processos biológicos. Observou-se que a infecção alterou a expressão de miR-5122 apenas, enquanto o sinergismo entre infecção pelo ZIKV e desnutrição proteica provocou a desregulação na expressão de 15 miRNAs: miR-702-3p, miR-485-3p, miR-7046-3p, miR-770-3p, miR-3059-5p, miR-296-5p, miR-3102-3p, miR-129-5p, miR-5122, miR-490-3p, miR-466h-3p, miR- 770-5p, miR-760-5p, miR-150-5p e miR-3063-3p. Esses miRNAs demonstraram participar do controle de diversas vias e processos biológicos, principalmente os relacionados à morte neuronal, neuroinflamação e mecanismos complexos do neurodesenvolvimento, incluindo orientação de axônios, sinaptogênese e comunicação por neurotransmissores. Estes resultados ratificam o fenótipo microcefálico encontrado apenas nos animais LP_ZIKV. Coletivamente, esses dados apontam que a desnutrição proteica materna associada a infecção congênita pelo ZIKV, desencadeia alterações significativas na expressão de miRNAs, que estão implicados na patogênese da SCZ.

Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil

Estima-se que existam milhões de espécies de fungos não descobertas no mundo, e grande parte dessa biodiversidade está concentrada em áreas tropicais, como a Amazônia. Nesta região, espécies pouco conhecidas de fungos do solo podem abrigar uma vasta variedade de espécies de vírus, conhecidos como micovírus. Neste estudo, descrevemos três novas espécies de micovírus obtidas do solo da Área de Proteção Ambiental da Ilha do Combu, localizada no estado do Pará, na Amazônia brasileira. Amostras de solo foram coletadas em cinco pontos ao longo de trilhas florestais. Cada amostra foi posteriormente inoculada em placas de Petri contendo ágar batata dextrose para diferenciação entre colônias morfologicamente distintas e isolamento fúngico. O RNA total dos isolados foi extraído e sequenciado usando o Illumina HiSeq 2500. As leituras foram montadas pelo método de novo, e os contigs gerados foram comparados usando Blastx. Os genes ribossomais foram preditos e utilizados para identificação dos fungos usando a região ITS. Os micovírus foram comparados com outros vírus similares disponíveis no banco de dados NCBI através de inferências filogenéticas de máxima verossimilhança baseadas no gene da polimerase. Dos nove fungos isolados, dois continham micovírus. Um micovírus de dsRNA e um de ssRNA positivo, ambos identificados no Simplicillium sympodiophorum, indicando uma coinfecção. Um micovírus de ssRNA negativo também foi detectado em Mucor irregularis. Estes três vírus são espécies novas, e para eles sugerimos os nomes Combu double-strand RNA mycovirus (CDRV), Combu positive-strand RNA mycovirus (CPRV) e Combu negative-strand RNA mycovirus (CNRV). Esses novos vírus são filogeneticamente próximos dos vírus da família Amalgaviridae, no gênero Ourmiavirus e da ordem Bunyavirales, respectivamente. Nossas análises mostram a necessidade urgente de um método expandido de organização taxonômica para esses novos micovírus e outros micovírus ainda não classificados relatados na literatura.

Simulação computacional de peptídeos sintéticos inibidores da protease NS3-4A do vírus da hepatite C

O Vírus da Hepatite C (HCV) atinge entre 150 a 180 milhões de pessoas no mundo, sendo considerado um grave problema de saúde pública. Atualmente, existem sete genótipos de HCV compreendendo diversos subtipos, no Brasil e na Região Norte, os genótipos 1 e 3 são os mais prevalentes. Neste estudo foi realizada a predição da afinidade de ligação de dois peptídeos antivirais, CP5-46A e CP5-46A-4D5E, com a serino protease NS3-4A do vírus da Hepatite C (HCV) genótipo 1, bem como foi determinado a contribuição de cada resíduo na interação com a protease NS3-4A; Descrevemos o modo de ligação dos peptídeos no processo de inibição da protease viral e investigamos o comportamento dos peptídeos frente às mutações de resistência R155K e A156V. Para tal, a estrutura da protease complexada aos peptídeos CP5-46A e CP5-46A-4D5E, foi obtida através do banco de dados PDB, sob os códigos 4A1T e 4A1V, respectivamente. Parte da estrutura da protease foi reconstruída por modelagem comparativa utilizando o programa Modeller e as estruturas com as mutações de resistências R155K e A156V foram construídas através de um script presente no programa. As simulações por dinâmica molecular (DM) foram realizadas utilizando o programa AMBER, por um período de 100ns. Para estimar a afinidade de ligação dos peptídeos à protease, foram realizados cálculos de energia livre de ligação através do método MM-GB(SA). Os resultados revelaram através dos gráficos de RMSD que a protease nos dois estados permaneceu estável, no entanto, o peptídeo CP5-46A na protease mutante e CP5- 46A-4D5E da protease selvagem, apresentaram mudanças conformacionais devido à alta flexibilidade presente na região N-Terminal e C-Terminal. Análises de ligações de hidrogênios identificaram ligações mais fortes entre os peptídeos e as proteases selvagens. Na presença das mutações, algumas ligações foram perdidas e outras permaneceram formadas por menos tempo, exceto no complexo 4A1V que houve maior efetividade e formação de novas ligações de hidrogênio. Além disso, observamos maior estabilidade e força de ligação na região chamada "dedo de tirosina" que interage via novo sítio de ligação na protease. Os resultados de energia livre mostraram que os peptídeos apresentaram forte interação com a protease, sobretudo, maior afinidade do peptídeo CP5-46A-4D5E na presença das mutações de resistência. Contudo, os resultados sugerem que os peptídeos podem atuar de maneiras diferentes e apresentar atividade inibitória satisfatória, inclusive na presença de mutações de resistência. Nosso trabalho auxilia na busca por modos de inibição viral alternativos e enfatiza a importância da DM, ressaltando que o uso de peptídeos antivirais são excelentes alternativas como candidatos farmacológicos eficazes e que podem alcançar altas barreiras de resistência viral. / Capes

Análise do transcriptoma de cérebros de camundongos infectados pelo Vírus Zika (vzik): biomarcadores associados à má nutrição

A infecção pelo vírus Zika (VZIK) durante a gravidez está associada ao comprometimento grave do desenvolvimento cerebral conhecido como a Síndrome Congênita do Zika (SCZ). Embora os surtos de VZIK tenham sido registrados em proporções semelhantes em muitas áreas geográficas, os casos informados da SCZ foram concentrados na região nordeste do Brasil, indicando uma distribuição assimétrica entre as populações humanas. Sabe-se que a SCZ atinge apenas uma parcela das crianças infectadas, o que sugere a existência de cofatores atuando na infecção pelo VZIK e contribuindo para o desenvolvimento da síndrome. Fatores como a predisposição genética e infecção prévia por outros flavivírus, aumentam a susceptibilidade à infecção pelo VZIK, levando a efeitos mais severos da doença e estudos sustentaram a hipótese de que a microcefalia pode não ser devida exclusivamente à infecção pelo VZIK, sendo acentuada pela pobreza e infecção prévia ou co-infecção por outros patógenos. A má nutrição é a principal causa de imunodeficiência no mundo e um problema comumente observado em populações em situação de pobreza como as que foram mais afetadas pela SCZ na região nordeste do Brasil. Diante disso, neste trabalho, avaliamos as alterações na expressão gênica em cérebros de embriões de camundongos infectados verticalmente pelo VZIK em um estado de má nutrição materna, com o objetivo de avaliar o potencial sinérgico da má nutrição proteica e a infecção pelo VZIK no desenvolvimento da SCZ. Em nossa análise, evidenciamos que a desnutrição proteica materna constitui um fator de susceptibilidade ao VZIK, favorecendo ao desenvolvimento da SCZ. Nossos dados indicaram alterações nos pontos de checagem do ciclo celular, levando à morte celular por catástrofe mitótica e apoptose; alterações em vias do desenvolvimento e na resposta ao estresse, desregulando o desenvolvimento embrionário e levando à ativação de vias de estresse; alterações no metabolismo de RNAs, prejudicando a neurogênese; prejuízo de diversos processos do desenvolvimento do sistema nervoso; ativação da resposta imune e inflamação. Nosso trabalho evidencia não apenas o que já foi descrito em outros estudos com VZIK, mas elucida novos mecanismos celulares e moleculares no desenvolvimento da SCZ, indicando que a má nutrição é um potente cofator para a SCZ.

Influência da temperatura na mudança conformacional da proteína e do vírus Zika e suas consequências na infectividade viral

A proteína do envelope (E) é responsável pela entrada de flavivírus na célula, sendo um determinante importante no processo infeccioso, apresentando três domínios (DI, DII e DIII). A proteína E de vários flavivírus pode sofrer deformações conformacionais. Em alguns casos, como na Dengue 2, essas mudanças estruturais são capazes de tornar as células de mamíferos mais propensas à infecção. Por estas razões, analisamos como a temperatura pode influenciar a conformação de ZIKENV, com o objetivo de descrever movimentos coletivos em larga escala que têm o potencial de impactar a funcionalidade da proteína e, conseqüentemente, a infectividade do vírus. Foram simuladas in silico quatro temperaturas diferentes (4°C, 27°C, 37°C e 45°C) utilizando a técnica de dinâmica acelerada que permite o estudo de movimentos em grande escala. Foi possível descrever movimentos em larga escala correspondentes à dobra de DIII sobre DI e DII e dois laços adjacentes ao circuito de fusão, permitindo a exposição do mesmo. Os resíduos K84, M151, I152 e V255 foram identificados como essenciais nas deformações estruturais descritas, auxiliando na desestabilização da forma dimérica de ZIKENV. Essas mudanças são específicas na transição de 27°C para 37°C, o que imita a passagem do vírus do invertebrado para o hospedeiro vertebrado. Também caracterizou-se que a conformação preferencial da proteína E do vírus Zika é dobrada e mais compacta do que a estrutura preferencial a 27°C, apresentando a estruturação de um laço próximo ao laço de fusão da proteína como uma folha beta. A caracterização dessas preferências conformacionais tem um impacto direto no desenvolvimento de drogas e vacinas, uma vez que os locais expostos variam de acordo com a temperatura. Este trabalho elucida diferenças importantes nas conformações adotadas a essas temperaturas e pode servir de guia no desenvolvimento de medicamentos e vacinas.

Caracterização genotípica do vírus Juruaçá isolado de morcego no Estado do Pará

Introdução: O vírus Juruaçá (VJUR) foi isolado em camundongos albinos suíços recém-nascidos a partir de fragmentos de vísceras de um morcego capturado na região de Porto de Trombetas, município de Oriximiná, Estado do Pará. Com base nas propriedades antigênicas, o VJUR é considerado como vírus não agrupado. Estudos iniciais mostraram que o VJUR apresenta morfologia semelhante aos integrantes da família Picornaviridae, no entanto são necessários estudos adicionais para confirmar tal classificação taxonômica. Ademais, o VJUR causa infecção persistente em cultivos primários de astrócitos e microglias e as alterações anatomopatológicas e reações imunohistoquímicas indicam como principal alvo da infecção o sistema nervoso central de camundongos albinos suíços, caracterizando uma patogenia imune inflamatória. Portanto, torna-se importante o desenvolvimento de um estudo de caracterização genética que proporcionará o melhor entendimento a respeito da organização genômica do vírus e sua posterior definição taxonômica. Objetivo: O objetivo do estudo é caracterizar geneticamente o VJUR. Material e Métodos: Para tentar o isolamento em cultivos celulares, foi utilizada linhagem derivadas de vertebrados: Vero E6. Foi realizado o sequenciamento completo do genoma do VJUR pela plataforma Ion Torrent. Posteriormente, foi feita a montagem do genoma utilizando os programas Newbler e Mira, definição das cadeias de leitura abertas (CALs) pelo programa ORFfinder, a análise de identidade pelo Blast, e análises de domínios protéicos utilizando o banco de dados INTERPRO, para a descrição da organização e características do genoma. As análises filogenéticas foram realizadas utilizando os métodos de Agrupamento de Vizinhos. Resultados: O vírus foi isolado com sucesso no cultivo celular de Vero E6, com resultado confirmado pela técnica de imunofluorescência direta. Seu genoma foi sequenciado, obtendo-se um total de 5.020 nt, no qual, preliminarmente, são reconhecidas três cadeias abertas de leituras. Apenas uma CAL foi reconhecida no Blastx apresentando 33% de identidade com o vírus Pelargonium line pattern, membro da família Tombusviridae, comumente associado a vírus que infectam plantas. A análise filogenética demonstrou uma relação do VJUR com os membros da família Tombusviridae (bootstrap 100%), porém em um ramo distinto. Conclusão: O VJUR pertence à uma nova família dentro dos vírus de RNAss.

Análise de viromas em Alouatta caraya e Saimiri collinsi mantidos em cativeiro no Centro Nacional de Primatas, Ananindeua, Pará

Resumo: Apesar dos 40 anos de experimentação científica com o uso das espécies de símios do novo mundo, pouco se conhece sobre as potencialidades das espécies de primatas neotropicais como reservatórios de zoonoses. Na última década, após o advento do Sequenciamento de Nova Geração (NGS), o sequenciamento genético sofreu um grande impulso, tornando possível a intensificação de estudos envolvendo metagenômica viral e culminando com a descoberta de novos vírus, especialmente aqueles não cultiváveis em sistemas celulares. Neste sentido, este trabalho teve como objetivo reconhecer a biodiversidade viral de primatas não humanos mantidos em cativeiro no Centro Nacional de Primatas (CENP), mediante identificação do viroma existente nas fezes dos primatas selecionados, assim como avaliar as diferenças nas comunidades virais oriundas de animais pertencentes à mesma espécie e de espécies diferentes. Para tanto, foram coletadas amostras de fezes de quatro machos de primatas neotropicais (dois animais da espécie Saimiri collinsi e dois animais da espécie Alouatta caraya). Após extração do DNA e RNA virais e sequenciamento na plataforma Ion PGMTM System (Life Technologies), os viromas identificados distribuíram-se em mais de 10 famílias, 30 gêneros e 160 espécies virais diferentes, com destaque para as famílias Shiphoviridae, Myoviridae, Phycodnaviridae, Mimiviridae e Podoviridae, os gêneros Chlorovirus e Cafeteriavirus e as espécies Bacillus phage G, Streptococcus phage phiSsUD.1, Cafeteria roenbergensis virus e Bacillus phage proCM3. Na comparação da diversidade viral entre as espécies de primatas, os animais da espécie Alouatta caraya contribuíram com 98% da diversidade viral total detectada, enquanto que na comparação da diversidade intraespécie houve destaque para Saimiri collinsi 01 e Alouatta caraya 01.

Ocorrência do VHA1 e sua relação com os atuais indicadores de contaminação em água destinada ao consumo humano no município de Belém, Pará, Brasil

Resumo: O Vírus da Hepatite A 1 (VHA1) é o agente etiológico da hepatite A, doença diretamente relacionada ao baixo desenvolvimento econômico, falta de água potável e carência de saneamento. O Brasil é endêmico para hepatite A com destaque para as regiões Norte e Nordeste. A transmissão do vírus ocorre pela via fecal-oral, através da ingestão de água e alimentos contaminados ou por contato direto com uma pessoa infectada, que elimina grandes quantidades de partículas virais em suas fezes, contaminando os corpos hídricos. Este estudo teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica, físico-química e climatológica, incluindo a pesquisa do VHA1 em águas superficiais destinadas ao abastecimento público, bem como avaliar a água após tratamento no município de Belém no período de janeiro de 2012 a dezembro 2014. Um total de 108 amostras de água foram coletadas e analisadas mensalmente no Lago Bolonha (n=36), Lago Água Preta (n=36) e ETA (n=36). A concentração das amostras para detecção do VHA1 foi baseada no método de adsorção-eluição em membrana filtrante. O RNA viral foi extraído utilizando o kit comercial QIAamp Viral RNA (QIAGEN), seguida da transcrição reversa e NestedPCR. Para sequenciamento foram utilizados amplicons obtidos na Nested-PCR. Os produtos foram purificados com Kit comercial Pure Link® PCR Purification (InvitrogenTM) e submetidos a reação de sequenciamento utilizando o Kit BigDye® Terminator Cycle sequencing v 3.1 (Applied Biosystems), seguida de precipitação e posterior sequenciamento na plataforma 3130xlGenetic Analyzer (Applied Biosystems). Para alinhamento e edição das sequências utilizou-se o programa Geneious v. 7.1.8 e comparação com aquelas disponíveis no GenBank usando o programa BLAST do NCBI (National Center for Biotechnology Information). Para colimetria utilizou-se o kit comercial Colilert 18 IDEXX©. De um total de 108 amostras, 44% (48/108) foram positivas, com destaque para o Lago Água Preta que apresentou maior percentual de amostras positivas 37,75% (18/48), seguido do Lago Bolonha com 31,25% (15/48) e saída da ETA com 31,25% (15/48), entretanto, esta diferença não é significativa (p=0.435). A densidade de E.coli, entre os lagos Bolonha e Água Preta foi significativamente diferente, com destaque para o Bolonha que se mostrou mais contaminado (p=0.0001). Na saída da ETA, o exame bacteriológico foi sistematicamente negativo, entretanto, em 41,93% (15/36) das amostras o VHA1 foi detectado, mostrando a permanência do vírus mesmo após o tratamento da água a ser distribuída para população. Entre as variáveis físicoquímicas, foi observado associação positiva entre VHA1 e pH e associação negativa entre VHA1 e cloro livre e OD. Este estudo demonstrou a circulação de ambos os genótipos IA e IB em amostras de água superficial e na água de consumo humano. Os resultados apontam para degradação ambiental dos mananciais superficiais, além evidenciar que o processo de tratamento da água que resulta na ETA não interfere na ocorrência do VHA1, corroborando com a falta de correlação entre os indicadores bacteriológicos e a presença de vírus, o que chama atenção para necessidade de revisão da legislação vigente, tendo em vista, a disseminação do vírus no ambiente e o potencial de risco à saúde pública.

Caracterização genômica e análise filogenética de cepas antigênicamante relacionadas ao vírus Oropouche (Bunyaviridae, Orthobunyavirus) isoladas nas Américas

Resumo: O vírus Oropouche (VORO) pertencente à família Bunyaviridae, gênero Orthobunyavirus é o agente etiológico da febre do Oropouche e se apresenta como um dos mais importantes arbovírus causadores de doenças em humanos na Amazônia brasileira, com relevância em saúde pública. Dezenas de epidemias, entre 1961 a 2009, foram registradas nos diferentes centros urbanos da Amazônia brasileira. Também de importância foram as epidemias ocorridas em países como Panamá e Peru. O objetivo deste estudo retrospectivo foi a de caracterizar o genoma completo e descrever a epidemiologia molecular de diferentes cepas do VORO isoladas nas Américas. Para o desenvolvimento desse projeto, foram utilizadas 133 amostras, sendo 24 recebidas do Departamento de Patologia da Universidade do Texas, Galveston, Estados Unidos da América e 109 provenientes do Genbank, de amostras pertencentes à Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas do Instituto Evandro Chagas. As 24 amostras foram cultivadas em células VERO e tratadas com nucleases para posterior extração do RNA viral, empregando kits comerciais. Os RNAs foram submetidos ao sequenciamento pelo Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM). As sequências completas obtidas foram avaliadas quanto às características genéticas, à similaridade com outras sequências do VORO disponíveis no Genbank, filogenia e quanto à possibilidade de rearranjo genético. Como resultados principais, detectou-se a presença do genótipo I do VORO no Panamá, bem como se observou rearranjo viral entre as cepas do estudo e os VORO, vírus Iquitos e vírus Madre de Dios. Esses dados serão úteis para uma melhor compreensão da biologia molecular e da epidemiologia molecular desse importante vírus e sua disseminação nas Américas.

Sequenciamento completo e caracterização genética dos vírus MIS 0397 e INHRR 17a-10 (Bunyaviridae, Orthobunyavirus) isolados no Peru e na Venezuela

Resumo: Os vírus pertencentes ao gênero Orthobunyavirus , família Bunyaviridae , são agentes virais morfologicamente caracterizados por possuírem partículas esféricas com tamanho entre 80 e 120 nm de diâmetro, envelopadas e por conterem um genoma de RNA trissegmentado, ta simples, polaridade negativa que, em geral codi ca seis proteínas, sendo três proteínas estruturais (N, Gn, Gc) e três proteínas não estruturais (NSs, NSm, RpRd). Este estudo teve como objetivo realizar a obtenção do genoma completo de cepas virais isoladas no Peru e Venezuela, os vírus MIS 0397 (TVP 19261) e INHRR 17a-10 (TVP 19255), bem como caracterizar geneticamente os segmentos de RNA (S, M e LRNA), realizar a reconstrução logenética dos segmentos genômicos e avaliar a possibilidade de rearranjo genético em natureza, para estes vírus. As amostras virais foram isoladas de um caso febril humano ocorrido em um residente de Lima, Peru, e de um primata não humano ( Cebus sp ) utilizado como sentinela no município de Azoategui, Venezuela, respectivamente. As amostras virais foram submetidas a três etapas, i) extração do ácido nucleico (RNA) ; ii) obtenção das sequências nucleotídicas por pirosequenciamento e iii) análise computacional. As sequências completas evidenciaram tamanhos, organização genômica e características genéticas (número de resíduos de cisteínas, sítios de glicosilação, motivos conservados, sítios de clivagem, conteúdo A-U e complementariedade entre as regiões 3'-5' não codi cantes) compatíveis com o observado para os membros do gênero Orthobunyavirus . As análises de similaridade e logenia evidenciaram que os vírus MIS 0397 (TVP 19261) e INHRR 17a ­ 10 (TVP 19255) são geneticamente mais similares com os membros do grupo Simbu. Análises evolutivas levando em consideração os três segmentos de RNA genômico (S, M, L) possuem origens distintas, sendo os segmentos S e L associados ao VORO e os segmentos MRNA relacionados aos Vírus Iquitos (VIQT) e Vírus Madre de Dios (VMDD). Por m as análises de troca de segmento genômico (Simplot) evidenciaram claramente a presença de eventos de rearranjo entre os vírus estudados e o VORO con rmando o processo de rearranjo entre dois vírus parentais pertencentes ao grupo Simbu. Por m, os dados de caracterização do genoma completo e análise de rearranjo contribuirão para melhor entender a contribuição do processo de rearranjo genético envolvendo o VORO, um importante patógeno humano na Amazônia.