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Vários estudos têm demonstrado que os morcegos são importantes reservatórios naturais de vírus com alta patogenicidade tanto para animais quanto para humanos. Apesar desta associação, existem poucos estudos descrevendo a comunidade viral em morcegos na Amazônia, principalmente trabalhos que envolvam a abordagem metagenômica. Sendo assim, nosso trabalho envolve caracterizar pela primeira vez a comunidade viral das espécies de morcegos presentes em regiões dos estados do Pará e Amapá pela abordagem metagenômica. As coletas foram realizadas entre novembro de 2015 e maio de 2017, nos municípios de Viseu e Carajás, no estado do Pará e nos municípios de Ferreira Gomes e Tartarugalzinho, no estado do Amapá. Foram coletados 74 indivíduos distribuídos em 22 espécies, sendo gerados dados individuais de leituras e contigs tanto para amostras de cérebro quanto para amostras de intestino. A família Retroviridae foi a que possuiu o maior número de contigs e leituras positivas em todas as amostras, enquanto que para as outras famílias, as distribuições variaram de acordo com a localidade e tipo de tecido, refletindo características de cada família viral, como tropismo por tipo de tecido; e características do próprio hospedeiro, como tipo de alimentação e localização. Foram recuperados 4 genomas completos ou quase completos. A partir de tecido cerebral de Desmodus rotundus foi sequenciado um retrovírus endógeno, pertencente ao gênero Betaretrovirus. Uma sequência com similaridade com o sorotipo 4 do Virus Dengue foi sequenciada de Platyrrhinus helleri, enquanto que a de Saccopteryx leptura e Carollia perspicillata, foram recuperados os genomas de sequencias similares com as famílias Astroviridae e Picornaviridae respectivamente. A utilização da ferramenta de metagenômica para a caracterização da microbiota viral se mostrou eficiente, uma vez que, uma grande porcentagem das leituras geradas teve similaridade com sequencias virais. Além da identificação de vírus já conhecidos, a ferramenta mostra grande potencial na identificação de novas cepas virais, atingindo o nosso principal objetivo que é a caracterização da comunidade viral presente em morcegos.