Incorporation of flexibility into rigid-body docking: applications in rounds 3-5 of CAPRI.

Smith, Graham R; Fitzjohn, Paul W; Page, Christopher S; Bates, Paul A

Smith, Graham R; Fitzjohn, Paul W; Page, Christopher S; Bates, Paul A.

Afiliação

Smith GR; Biomolecular Modelling Laboratory, Cancer Research U.K. London Research Institute, Lincoln's Inn Fields Laboratories, London, United Kingdom.

Proteins ; 60(2): 263-8, 2005 Aug 01.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-15981258

ABSTRACT

ABSTRACT

We have submitted models for all 9 targets in Rounds 3-5 of CAPRI and have predicted at least 30% of the correct contacts for 4 of the targets and at least 10% of the correct contacts for another 4 targets. We have employed a variety of techniques but have had the greatest success by combining established rigid-body docking with a variety of initial conformations generated by molecular dynamics.

Assuntos

Biologia Computacional/métodos; Mapeamento de Interação de Proteínas/métodos; Proteômica/métodos; Algoritmos; Simulação por Computador; Cristalografia por Raios X; Bases de Dados de Proteínas; Dimerização; Internet; Substâncias Macromoleculares; Modelos Moleculares; Modelos Estatísticos; Conformação Molecular; Mutação; Conformação Proteica; Dobramento de Proteína; Estrutura Terciária de Proteína; Reprodutibilidade dos Testes; Software; Eletricidade Estática; Homologia Estrutural de Proteína

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Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Biologia Computacional / Mapeamento de Interação de Proteínas / Proteômica Tipo de estudo: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Idioma: En Revista: Proteins Assunto da revista: BIOQUIMICA Ano de publicação: 2005 Tipo de documento: Article País de afiliação: Reino Unido

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