pIQPNNI: parallel reconstruction of large maximum likelihood phylogenies.

Minh, Bui Quang; Vinh, Le Sy; von Haeseler, Arndt; Schmidt, Heiko A

Minh, Bui Quang; Vinh, Le Sy; von Haeseler, Arndt; Schmidt, Heiko A.

Afiliação

Minh BQ; Albert-Ludwigs-University Freiburg, Germany.

Bioinformatics ; 21(19): 3794-6, 2005 Oct 01.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-16046495

ABSTRACT

ABSTRACT

SUMMARY:

IQPNNI is a program to infer maximum-likelihood phylogenetic trees from DNA or protein data with a large number of sequences. We present an improved and MPI-parallel implementation showing very good scaling and speed-up behavior.

Assuntos

Algoritmos; Metodologias Computacionais; Evolução Molecular; Modelos Genéticos; Filogenia; Alinhamento de Sequência/métodos; Análise de Sequência de DNA/métodos; Análise de Sequência de Proteína/métodos; Sequência de Aminoácidos; Animais; Sequência de Bases; Humanos; Funções Verossimilhança; Dados de Sequência Molecular

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Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Filogenia / Algoritmos / Alinhamento de Sequência / Análise de Sequência de DNA / Evolução Molecular / Metodologias Computacionais / Análise de Sequência de Proteína / Modelos Genéticos Limite: Animals / Humans Idioma: En Revista: Bioinformatics Assunto da revista: INFORMATICA MEDICA Ano de publicação: 2005 Tipo de documento: Article País de afiliação: Alemanha

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