Response Element Composition Governs Correlations between Binding Site Affinity and Transcription in Glucocorticoid Receptor Feed-forward Loops.

Sasse, Sarah K; Zuo, Zheng; Kadiyala, Vineela; Zhang, Liyang; Pufall, Miles A; Jain, Mukesh K; Phang, Tzu L; Stormo, Gary D; Gerber, Anthony N

Sasse, Sarah K; Zuo, Zheng; Kadiyala, Vineela; Zhang, Liyang; Pufall, Miles A; Jain, Mukesh K; Phang, Tzu L; Stormo, Gary D; Gerber, Anthony N.

Afiliação

Sasse SK; From the Department of Medicine, National Jewish Health, Denver, Colorado 80206.
Zuo Z; Department of Genetics and Center for Genome Sciences and Systems Biology, Washington University School of Medicine, St. Louis, Missouri 63108-8510.
Kadiyala V; From the Department of Medicine, National Jewish Health, Denver, Colorado 80206.
Zhang L; Department of Biochemistry, University of Iowa, Iowa City, Iowa 52242.
Pufall MA; Department of Biochemistry, University of Iowa, Iowa City, Iowa 52242.
Jain MK; Case Cardiovascular Research Institute and Harrington Heart and Vascular Institute, Department of Medicine, Case Western Reserve University School of Medicine, Cleveland, Ohio 44106-7290, and.
Phang TL; Department of Medicine, University of Colorado, Denver, Colorado 80045.
Stormo GD; Department of Genetics and Center for Genome Sciences and Systems Biology, Washington University School of Medicine, St. Louis, Missouri 63108-8510.
Gerber AN; From the Department of Medicine, National Jewish Health, Denver, Colorado 80206, Department of Medicine, University of Colorado, Denver, Colorado 80045 gerbera@njhealth.org.

J Biol Chem ; 290(32): 19756-69, 2015 Aug 07.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-26088140

Assuntos

Fatores de Transcrição Kruppel-Like/metabolismo; Proteínas Nucleares/metabolismo; Prolina Oxidase/metabolismo; Receptores de Glucocorticoides/metabolismo; Elementos de Resposta; Sacaropina Desidrogenases/metabolismo; Transcrição Gênica; Animais; Sequência de Bases; Sítios de Ligação; Brônquios/citologia; Brônquios/efeitos dos fármacos; Brônquios/metabolismo; Linhagem Celular; Dexametasona/farmacologia; Ensaio de Desvio de Mobilidade Eletroforética; Células Epiteliais/citologia; Células Epiteliais/efeitos dos fármacos; Células Epiteliais/metabolismo; Fibroblastos/citologia; Fibroblastos/efeitos dos fármacos; Fibroblastos/metabolismo; Regulação da Expressão Gênica; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala; Humanos; Fatores de Transcrição Kruppel-Like/química; Fatores de Transcrição Kruppel-Like/genética; Camundongos; Dados de Sequência Molecular; Proteínas Nucleares/química; Proteínas Nucleares/genética; Prolina Oxidase/química; Prolina Oxidase/genética; Regiões Promotoras Genéticas; Ligação Proteica; Receptores de Glucocorticoides/química; Receptores de Glucocorticoides/genética; Sacaropina Desidrogenases/química; Sacaropina Desidrogenases/genética; Transdução de Sinais

Palavras-chave

DNA-protein interaction; KLF15; binding site affinity; feed-forward loop; gene regulation; glucocorticoid receptor; systems biology; transcription enhancer

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Prolina Oxidase / Sacaropina Desidrogenases / Transcrição Gênica / Proteínas Nucleares / Receptores de Glucocorticoides / Elementos de Resposta / Fatores de Transcrição Kruppel-Like Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: J Biol Chem Ano de publicação: 2015 Tipo de documento: Article

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