MD simulations reveal alternate conformations of the oxyanion hole in the Zika virus NS2B/NS3 protease.

Ren, Jinhong; Lee, Hyun; Kotak, Alpa; Johnson, Michael E

Ren, Jinhong; Lee, Hyun; Kotak, Alpa; Johnson, Michael E.

Afiliação

Ren J; Center for Biomolecular Sciences, University of Illinois at Chicago, Chicago, Illinois.
Lee H; Center for Biomolecular Sciences, University of Illinois at Chicago, Chicago, Illinois.
Kotak A; Research Resource Center Biophysics Core, University of Illinois at Chicago, Chicago, Illinois.
Johnson ME; Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy, University of Illinois at Chicago, Chicago, Illinois.

Proteins ; 88(2): 345-354, 2020 02.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31461176

Assuntos

Simulação de Dinâmica Molecular; Conformação Proteica; Serina Endopeptidases/química; Proteínas não Estruturais Virais/química; Proteínas Virais/química; Zika virus/metabolismo; Algoritmos; Ânions/química; Ânions/metabolismo; Cristalografia por Raios X; Estrutura Molecular; Oxigênio/química; Oxigênio/metabolismo; Inibidores de Proteases/química; Inibidores de Proteases/metabolismo; Inibidores de Proteases/farmacologia; Ligação Proteica; Serina Endopeptidases/metabolismo; Termodinâmica; Proteínas não Estruturais Virais/antagonistas & inibidores; Proteínas não Estruturais Virais/metabolismo; Proteínas Virais/antagonistas & inibidores; Proteínas Virais/metabolismo; Zika virus/fisiologia; Infecção por Zika virus/virologia

Palavras-chave

NS2B/NS3 protease; Zika virus; accelerated molecular dynamics simulation; conventional molecular dynamics simulation; oxyanion hole

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Conformação Proteica / Proteínas Virais / Serina Endopeptidases / Proteínas não Estruturais Virais / Simulação de Dinâmica Molecular / Zika virus Idioma: En Revista: Proteins Assunto da revista: BIOQUIMICA Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article

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