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Engineering DszC Mutants from Transition State Macrodipole Considerations and Evolutionary Sequence Analysis.
Neves, Rui P P; Ramos, Maria J; Fernandes, Pedro A.
Afiliação
  • Neves RPP; LAQV, REQUIMTE, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências, Universidade do Porto, Rua do Campo Alegre, s/n, 4169-007 Porto, Portugal.
  • Ramos MJ; LAQV, REQUIMTE, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências, Universidade do Porto, Rua do Campo Alegre, s/n, 4169-007 Porto, Portugal.
  • Fernandes PA; LAQV, REQUIMTE, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências, Universidade do Porto, Rua do Campo Alegre, s/n, 4169-007 Porto, Portugal.
J Chem Inf Model ; 63(1): 20-26, 2023 01 09.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-36534708
We describe an approach to identify enzyme mutants with increased turnover using the enzyme DszC as a case study. Our approach is based on recalculating the barriers of alanine mutants through single-point energy calculations at the hybrid QM/MM level in the wild-type reactant and transition state geometries. We analyze the difference in the electron density between the reactant and transition state to identify sites/residues where electrostatic interactions stabilize the transition state over the reactants. We also assess the insertion of a unit probe charge to identify positions in which the introduction of charged residues lowers the barrier.
Assuntos

Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Catálise Idioma: En Revista: J Chem Inf Model Assunto da revista: INFORMATICA MEDICA / QUIMICA Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article País de afiliação: Portugal

Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Catálise Idioma: En Revista: J Chem Inf Model Assunto da revista: INFORMATICA MEDICA / QUIMICA Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article País de afiliação: Portugal