Considerations for performing companion animal skin microbiome studies.

ABSTRACT

The microbiome field has grown significantly in the past decade, and published studies have provided an overview of the microorganisms inhabiting the skin of companion animals. With the continued growth and interest in this field, concerns have been raised regarding sample collection methods, reagent contamination, data processing and environmental factors that may impair data interpretation (especially as related to low-biomass skin samples). In order to assure transparency, it is important to report all steps from sample collection to data analysis, including use of proper controls, and to make sequence data and sample metadata publicly available. Whilst interstudy variation will continue to exist, efforts to standardise methods will reduce confounding variables, and allow for reproducibility and comparability of results between studies. Companion animal microbiome studies often include clinical cases, and small sample sizes may result in lack of statistical significance within small datasets. The ability to combine results from standardised studies through meta-analyses would mitigate the limitations of these smaller studies, providing for more robust interpretation of results which could then inform clinical decisions. In this narrative review, we aim to present considerations for designing a study to evaluate the skin microbiome of companion animals, from conception to data analysis.

Le domaine du microbiome s'est considérablement développé au cours de la dernière décennie, et les études publiées fournisse une vue d'ensemble des micro­organismes présents sur la peau des animaux de compagnie. Avec la croissance continue et l'intérêt concernant ce domaine, des interrogations ont été soulevées concernant les méthodes de collecte des échantillons, la contamination des réactifs, le traitement des données et les facteurs environnementaux qui peuvent nuire à l'interprétation des données (en particulier en ce qui concerne les échantillons de peau à faible biomasse). Dans un souci de transparence, il est important de rendre compte de toutes les étapes, de la collecte des échantillons à l'analyse des données, y compris l'utilisation de contrôles appropriés, et de rendre les données séquentielles et les métadonnées des échantillons accessibles au public. Même s'il y existe toujours des variations entre les études, les efforts de normalisation des méthodes réduiront les variables confusionnelles et permettront la reproductibilité et la comparabilité des résultats entre les études. Les études sur le microbiome des animaux de compagnie incluent souvent des cas cliniques, et la petite taille des échantillons peut entraîner un manque de signification statistique dans les petits ensembles de données. La possibilité de combiner les résultats d'études standardisées par le biais de méta­analyses atténuerait les limites de ces petites études et permettrait une interprétation plus solide des résultats, qui pourrait alors éclairer les décisions cliniques. Dans cette revue narrative, nous visons à présenter les considérations relatives à la conception d'une étude destinée à évaluer le microbiome cutané des animaux de compagnie, depuis la conception jusqu'à l'analyse des données.

RESUMO

A área dos estudos do microbioma cresceu significativamente na última década e trabalhos publicados forneceram uma visão geral dos microrganismos que habitam a pele de animais de companhia. Com crescimento do interesse neste campo, surgiram preocupações em relação aos métodos de coleta de amostras, contaminação de reagentes, processamento de dados e fatores ambientais que podem prejudicar a interpretação dos dados (especialmente no que diz respeito a amostras de pele com baixa biomassa). Para garantir a transparência, é importante relatar todas as etapas desde a coleta da amostra até a análise dos dados, incluindo o uso de controles adequados, e disponibilizar publicamente os dados da sequência e os metadados da amostra. Embora a variação entre estudos continue a existir, os esforços para padronizar os métodos reduzirão as variáveis de confusão e permitirão a reprodutibilidade e a comparabilidade dos resultados entre os estudos. Os estudos de microbioma de animais de companhia geralmente incluem casos clínicos, e amostras pequenas podem resultar na ausência de significância estatística em bases de dados pequenas. A capacidade de combinar resultados de estudos padronizados através de meta­análises reduziria as limitações destes estudos menores, proporcionando uma interpretação mais robusta dos resultados que poderiam então influenciar as condutas clínicas. Nesta revisão narrativa, pretendemos apresentar considerações para o delineamento de estudos de microbioma cutâneo de animais de companhia, desde a concepção até a análise dos dados.

RESUMEN

El campo del microbioma ha crecido significativamente en la última década y los estudios publicados han proporcionado una visión general de los microorganismos que habitan en la piel de los animales de compañía. Con el continuo crecimiento e interés en este campo, han surgido preocupaciones con respecto a los métodos de recolección de muestras, la contaminación de los reactivos, el procesamiento de datos y los factores ambientales que pueden afectar la interpretación de los datos (especialmente en relación con las muestras de piel de baja biomasa). Para garantizar la transparencia, es importante informar todos los pasos desde la recolección de muestras hasta el análisis de datos, incluido el uso de controles adecuados, y hacer que los datos de secuencia y los metadatos de muestras estén disponibles públicamente. Si bien seguirá existiendo variación entre estudios, los esfuerzos para estandarizar los métodos reducirán las variables de confusión y permitirán la reproducibilidad y comparabilidad de los resultados entre los estudios. Los estudios del microbioma de animales de compañía a menudo incluyen casos clínicos, y los tamaños de muestra pequeños pueden resultar en una falta de significancia estadística dentro de conjuntos de datos pequeños. La capacidad de combinar resultados de estudios estandarizados a través de metanálisis mitigaría las limitaciones de estos estudios más pequeños, proporcionando una interpretación más sólida de los resultados que luego podría informar las decisiones clínicas. En esta revisión narrativa, nuestro objetivo es presentar consideraciones para diseñar un estudio para evaluar el microbioma de la piel de animales de compañía, desde la concepción hasta el análisis de los datos.