Detalhe da pesquisa
1.
Tying the knot: Unraveling the intricacies of the coronavirus frameshift pseudoknot.
PLoS Comput Biol
; 20(5): e1011787, 2024 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38713726
2.
Shapify: Paths to SARS-CoV-2 frameshifting pseudoknot.
PLoS Comput Biol
; 19(2): e1010922, 2023 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36854032
3.
KnotAli: informed energy minimization through the use of evolutionary information.
BMC Bioinformatics
; 23(1): 159, 2022 May 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35505276
4.
Supervised promoter recognition: a benchmark framework.
BMC Bioinformatics
; 23(1): 118, 2022 Apr 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35366794
5.
Regulation of von Willebrand Factor Gene in Endothelial Cells That Are Programmed to Pluripotency and Differentiated Back to Endothelial Cells.
Stem Cells
; 37(4): 542-554, 2019 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30682218
6.
Knotty: efficient and accurate prediction of complex RNA pseudoknot structures.
Bioinformatics
; 34(22): 3849-3856, 2018 11 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29868872
7.
A fast and robust iterative algorithm for prediction of RNA pseudoknotted secondary structures.
BMC Bioinformatics
; 15: 147, 2014 May 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24884954
8.
Unveiling hidden structural patterns in the SARS-CoV-2 genome: Computational insights and comparative analysis.
PLoS One
; 19(4): e0298164, 2024.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38574063
9.
SparseRNAfolD: optimized sparse RNA pseudoknot-free folding with dangle consideration.
Algorithms Mol Biol
; 19(1): 9, 2024 Mar 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38433200
10.
DinoKnot: Duplex Interaction of Nucleic acids with pseudoKnots.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; PP2024 Feb 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38345958
11.
Pseudoknots in RNA Structure Prediction.
Curr Protoc
; 3(2): e661, 2023 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36779804
12.
In Silico Analysis to Explore Lineage-Independent and -Dependent Transcriptional Programs Associated with the Process of Endothelial and Neural Differentiation of Human Induced Pluripotent Stem Cells.
J Clin Med
; 10(18)2021 Sep 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34575270
13.
Novel and efficient RNA secondary structure prediction using hierarchical folding.
J Comput Biol
; 15(2): 139-63, 2008 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18312147
14.
RNA secondary structure prediction with pseudoknots: Contribution of algorithm versus energy model.
PLoS One
; 13(4): e0194583, 2018.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29621250
15.
AI-powered aptamer generation.
Nat Comput Sci
; 2(6): 356-357, 2022 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38177575
16.
Sparse RNA folding revisited: space-efficient minimum free energy structure prediction.
Algorithms Mol Biol
; 11: 7, 2016.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27110275
17.
Computational Approaches to Nucleic Acid Origami.
ACS Comb Sci
; 17(10): 535-47, 2015 Oct 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26348196
18.
An O(n(5)) algorithm for MFE prediction of kissing hairpins and 4-chains in nucleic acids.
J Comput Biol
; 16(6): 803-15, 2009 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19522664